Blact dasturida aminokislotalar ketma ketligini taqqoslash. Vatranslyantlarning olinishi

Илова - 2
BLACT DASTURIDA AMINOKISLOTALAR KETMA KETLIGINI TAQQOSLASH.VATRANSLYANTLARNING OLINISHI.
REJA
1. BLAST dasturlarining tasnifi
2. BLAST dan foydalanadigan maxsus - amaliy dasturlar:
3.BLAST nukleotidlarining ketma-ketligi dasturi

BLAST (Berkeley Lazy Abstraction Software Verification Tool) - bu C tilini namunaviy tekshirish dasturi.

BLAST (Basic Basic Alignment Search Tool) - asosiy tuzilish (ketma-ketlik) yoki uning bo'lagi ma'lum bo'lgan oqsillar yoki nuklein kislotalarning homologlarini qidirishda foydalaniladigan kompyuter dasturlari oilasi. BLAST-dan foydalanib, tadqiqotchi o'z ketma-ketligini ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar bilan taqqoslashi va taxmin qilinayotgan homologlarning ketma-ketligini topishi mumkin. Bu molekulyar biologlar, bioinformatika, sistematikalar uchun eng muhim vositadir.
BLAST dasturlarining tasnifi
BLAST dasturlar 5 asosiy guruhga bo'lingan:

• 
  Nukleotid - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini ketma-ket nuklein kislotalari va ularning bo'limlari bazasi bilan taqqoslash uchun yaratilgan:
  
• 
  megablast - juda o'xshash ketma-ketlikni topish uchun tez taqqoslash
  
• 
  dmegablast - ozgina o'xshashlikni ko'rsatadigan ajratuvchi ketma-ketlikni topish uchun tez taqqoslash
  
• 
  blastn - shunga o'xshash barcha ketma-ketlikni topish uchun sekin taqqoslash va hk.
  

Protein - o'rganilayotgan oqsilning aminokislotalar ketma-ketligini mavjud oqsillar bazasi va ularning bo'limlari bilan taqqoslash uchun mo'ljallangan:

• 
  blastp - barcha o'xshash ketma-ketlikni topish uchun sekin taqqoslash
  
• 
  cdart - domen arxitekturasi bo'yicha homologik oqsillarni qidirish uchun taqqoslash
  
• 
  rpsblast - konservativ domen ma'lumotlar bazasini taqqoslash
  
• 
  psi-portlash - kichik o'xshashlik bilan ketma-ketlikni topish uchun taqqoslash
  
• 
  phi-blast - foydalanuvchi tomonidan belgilangan namunani o'z ichiga olgan oqsillarni qidirish va hk.
  

Tarjima - nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotaga aylantirishi mumkin:

• 
  blastx - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini kodlangan aminokislotalarga tarjima qiladi va keyin mavjud aminokislotalar oqsillari bazasi bilan taqqoslaydi
  
• 
  tblastn - o'rganilgan aminokislotalar ketma-ketligi nuklein kislotalar bazasining tarjima qilingan ketma-ketligi bilan taqqoslanadi
  
• 
  tblastx - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'zgartiradi va keyin uni ketma-ket nuklein kislotalar bazasining tarjima qilingan ketma-ketligi bilan taqqoslaydi.
  

Genom - o'rganilgan nukleotidlar ketma-ketligini organizmning (odam, sichqon va boshqalar) genom ma'lumotlari bazasi bilan taqqoslash uchun mo'ljallangan.