"chap01" 003/9/16 page #1 Chapter Bibliographic databases

Boolean searching
Boolean expressions (named in honour of the English mathematician George Boole)
allow the user to combine ‘AND’, ‘OR’, and ‘NOT’ operators with specific search terms
in order to create a more defined query. In most search engines, operators may be
combined (solved in order from left to right), and parentheses ‘( )’ may be employed
to clarify terms, group them together, and change the order in which expressions are
solved.
3

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 4 — #4
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
Box 1 (Continued)
The following expressions:
Will return references that contain:
Watson AND Crick
at least both terms ‘Watson & Crick’
Watson OR Crick
Either ‘Watson’ or ‘Crick’,
or ‘Watson &
Crick’
Watson NOT Crick
‘Watson’ but not ‘Crick’
Wilkins AND Watson AND Crick
at least ‘Wilkins & Watson & Crick’
(Watson AND Crick) OR Wilkins
‘Watson & Crick’ or ‘Watson, Crick & Wilkins’
or ‘Wilkins’
Wilkins AND (Watson OR Crick)
‘Wilkins & Watson’ or ‘Wilkins & Crick’ or
‘Wilkins, Watson, & Crick’
Watson AND Crick NOT Wilkins
at least both terms ‘Watson & Crick’ with no
occurrences of ‘Wilkins’
Limiting searches to fields
In addition to using Boolean expressions to define a more specific output, it is also
possible to limit individual terms to fields. For example, the term ‘Crick’ may be limited
to ‘Author Name’ and ‘Nature’ may be limited to ‘Journal Name’. The number of possible
fields that are in a given database may vary, but at a minimum usually include: Author
Name, Author Affiliation, Journal Name, Article Title, Publication Date, Page Number,
Issue, and Volume.
History functions
The results of two or more searches can be combined to form a third output, or additional
terms may be added to results from previous searches through the use of ‘history’ func-
tions. This can be particularly useful for reducing large search results into smaller, more
focused ones or for combining several different terms with a single common term. For
example, independent queries for ‘cancer’, ‘DNA repair’, ‘1995’, ‘Vogelstein’, ‘human’,
and ‘mouse’ could be used in various permutations and combinations (linked by Boolean
expressions) to form new queries. Additionally, some bibliographic databases can be
customized so that useful queries can be stored for future use.
For an example of how these search techniques can be combined to search PubMed,
see Protocol 1.
2.1
Databases—in all their forms
There are several abstracting and indexing services available online, many of
which require a subscription. There is considerable content overlap among the
major bibliographic databases, and for this reason your library is unlikely to
subscribe to all of them.
When considering the use of any of these databases, it is important to make
a distinction between the database itself (i.e. the physical collection of abstracts)
and the access route into the information. Several of the large databases can
be accessed from more than one place, because the owners of the data (i.e. the
abstracts collection) lease or sell their data, or have allowed service providers to
furnish a portal to the information.
Table 1 lists the major abstracts databases for molecular biology, along with
the owner of the database and a list of access points into the data. MEDLINE, for
example, is one of the most widely used abstracts databases. Some of the abstracts
of MEDLINE can be distributed freely (those under copyright require permission
to reproduce them), so many organizations have developed clones or interfaces
to MEDLINE that generate alternative portals to the same information. This can
4

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 5 — #5
Table
1
Abstracts
databases
Resource
Produced
by
Examples
of
access
Free
access
*URLs
PubMed/MEDLINE
The
National
Library
of
PubMed
Yes
http:/
/www.pubmed.gov
Medicine
(NLM)
BioMedNet
Yes
http://research.bmn.com/medline
Ovid
No
http://www.ovid.com/
BIDS
Yes
http://www.bids.ac.uk/
ISI
Citation
Database
Institute
for
Scientific
Web
of
Science
No
http://www.isinet.com/isi/journals/
(Web
of
Science)
Information
(ISI)
Current
Contents®
Institute
for
Scientific
Current
Contents
Connect
No
http://www.isinet.com/isi/journals/
Information
(ISI)
Ovid
No
http://www.ovid.com/
BIOSIS
Previews®
BIOSIS
BIOSIS
No
http://www.biosis.org/
(comprising
biological
abstracts
Ovid
No
http://www.ovid.com/
and
biological
abstracts/RMM®
Pascal
Institut
de
l’Information
BIDS
Yes
http://www.bids.ac.uk/
Scientifique
et
Technique
EMBASE
Elsevier
Science
EMBASE.com
No
http://www.embase.com/
Ovid
No
http://www.ovid.com/
The
Cochrane
Reviews
The
Cochrane
Library
The
Cochrane
Library
Yes
http://www.update-software.com/
(abstracts)
abstracts/crgindex.htm
*
In
c
ases
where
access
to
the
database
is
not
free,
consult
your
library
for
subscription
information.
5

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 6 — #6
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
provide a useful addition to a publisher’s website, or it may produce an interface
in a language other than English.
2.1.1 The databases
2.1.1.1 PubMed/MEDLINE
PubMed was developed at the National Center for Biotechnology Information
(NCBI), within the National Library of Medicine (NLM), USA. It encompasses the
over 12 million abstracts in MEDLINE, and currently covers about 4000 biomedical
journals, dating back to 1966. MEDLINE abstracts have a controlled vocabulary
associated with them known as Medical Subject Heading (MeSH) terms. Several
terms are assigned to each MEDLINE abstract, and are used for indexing articles
to provide a consistent way to retrieve information.
As well as enabling abstract searches (e.g. see Protocol 1), PubMed offers the
following additional functions:
1 Links to biological sequence information, including data such as GenBank
protein and nucleotide sequences, and macromolecular structures.
2 Links to the full-text of journal articles (about 4000 journals are currently
linked in this way). Whether the full text can be viewed without purchasing the
journal depends on the journal policy (see section below on full-text articles).
3 Links to ‘Related articles’. For each abstract, similar articles in the database
have been identified, based on a statistical analysis of words and phrases found
in the abstract text. This is an easy way to expand on a PubMed search when
a useful abstract has been found.
4 Links to resources outside of the NLM. The ‘LinkOut’ feature allows other
providers of information, such as organism-specific databases like FlyBase,
to link to related abstracts.
5 Links to textbooks. A new collaborative project at the NCBI is linking the
content of textbooks to PubMed abstracts to serve as background information
(see Section 4.2).
PubMed is primarily a biomedical database that historically has not collected
abstracts from non-medical areas of molecular biology. However, more recently,
the scope of PubMed has widened to include coverage of those areas, such as the
plant sciences. PubMed does have the significant advantage that it can be used
free-of-charge from anywhere in the world.
Protocol 1
Using PubMed
The PubMed page (Figure 2(a)) consists of the following: (1) A sidebar that contains links
to PubMed information and services; (2) A query boxfor entering search terms; (3) A
feature bar that contains links for advanced searching; and (4) Links to other integrated
molecular biology databases.
6

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 7 — #7
A
B
C
D
Sidebar
Query box
Integrated database links
Tool bar
OMIM
link
Figure 2 The PubMed search interface. (a) The PubMed page has a sidebar that links to
related services and information, links to integrated databases, a query box for entering
search terms, and a tool bar that contains links for advanced searching. (b) Previous
searches can be viewed using the history feature. Searches can be combined through
use of search numbers and Boolean operators. (c) The ‘Limits’ feature allows searches
to be constrained to various information fields, such as Author Name or Review Article.
(d) The field restrictions are found only in the ‘All Fields’ pull-down menu.
7

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 8 — #8
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
Protocol 1 continued
As an example of how a PubMed search can be conducted, we will look for review arti-
cles on CD95 (or Fas, a lymphocyte receptor) and apoptosis, written by P. H. Krammer.
Method
1 Enter the search term ‘apoptosis’ in the query boxand click the ‘Go’ button to the
right of the boxto initiate the search (Figure 2(a)). Conducting a search using a broad
term without any field restrictions usually returns a large number of hits; in this case,
more than 70,000 citations are found.
2 PubMed retains the most recent search term in the query box. Click the ‘Clear’ button
to the right of the query boxto remove the previous search term (‘apoptosis’) and
replace it with the new search term ‘CD95’ and click ‘Go’. The search for ‘CD95’
returns several thousand references.
3 Click on the ‘History’ tab located in the feature bar. The results of the two previous
searches are now displayed chronologically in a numbered list. These results may
be reviewed individually by clicking on the number of returns for each query in the
‘Results’ column (Figure 2(b)).
4 Searches stored in History may be combined using Boolean operators (see Box 1) to
form a new search. Search for references that contain both ‘apoptosis’ and ‘CD95’ by
typing ‘#1 AND #2’ in the query boxand clicking on the ‘Preview’ button. Selecting
‘Preview’ will display the search results in History summary format, rather than
listing each article found. (Note: PubMed is case-insensitive for search terms but
case-sensitive for Boolean operators: make sure ‘AND’ is in capitals.)
5 New queries may be combined with previous searches. To find references associ-
ated with
a
the name P. H. Krammer, type ‘#3 AND krammer ph’ into the query box
(Figure 2(b)) and click ‘Go’.
6 Queries can be limited to various fields such as: journal name, author name, title
word, MESH term, publications type, publication date (or date range), or language.
To employ limits in PubMed, click on the ‘Limits’ tab in the feature bar. Limit the
‘Publication Types’ pull-down menu to ‘Review’ (Figure 2(c)). Check that the search
term ‘krammer ph’ is still present in the query boxand click ‘Go’. The result displays
a summary view of all review articles associated with
a
P. H. Krammer that contain
the query terms ‘apoptosis’ and ‘CD95’.
7 Limits will remain in effect for subsequent searches unless they are deselected by
clicking the check boxto the left of the ‘Limits’ tab in the feature bar. Additional limits
are located in the ‘All Fields’ pull-down menu (Figure 2(d)). For a more comprehensive
account on advanced searching of PubMed, consult the help documentation, listed
in the sidebar on the PubMed homepage.
a
When searching for authors by last name only, rather than for abstracts that merely
cite the author’s last name, the search should be carried out with the field limited to
8

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 9 — #9
BIBLIOGRAPHIC DATABASES
Protocol 1 continued
Author Name. For example, a search for ‘Crick’ without any field limits will return
abstracts that contain the word ‘Crick’, such as in the term ‘Watson–Crick base pair’.
Similarly, a search for articles in the journal ‘Cell’ needs to be executed with the field
limited to Journal Name, otherwise the results will list any abstract that contains the
word ‘cell’.
2.1.1.2 Web of science
The Institute for Scientific Information (ISI) produces the ‘Web of Science’—an
interface to the ISI Citation Database that contains more than 5300 scientific
articles, dating from 1980, that is updated weekly. The Web of Science is a
subscription-based service, available from many (but not all) university libraries.
The Web of Science shares some features with PubMed, such as links to biological
sequence information and full-text articles, but also has some that are unique:
1 Links to related articles. The way in which related articles are calculated in the
Web of Science differs from the related articles of PubMed. In Web of Science,
the list of records related to a given article consists of papers that cite at least
one source also listed in the original (parent) article, with the source that has
most common citations listed first.
2 Links to (i) the Derwent Innovations Index, a patent database; (ii) BIOSIS Pre-
views, a database of references to primary journal literature, meetings, and
books; (iii) ISI Chemistry Server, for newly reported structural chemistry.
For many molecular biologists, one of the most valuable attributes of the Web
of Science comes from the use of the citations associated with each abstract.
Through the references cited within an article, it is possible to:
(a) View the abstracts of all articles cited in the original (parent) article,
(b) Find all articles published, since the original (parent) article, that have cited
it, and
(c) Find all the articles that have cited a particular author.
2.1.1.3 Current contents
The Web of Science also interfaces with the ISI Current Contents databases, for
which a subscription is required. Current Contents used to be a paper publication,
distributed weekly and consisting of the contents of recently published journals,
divided into broad subject categories, such as the Life Sciences (coverage of about
1400 journals). The Current Contents database can be searched, abstracts of arti-
cles found can be viewed, and from there the table of contents of the journal
issue can be displayed and browsed.
9

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 10 — #10
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
2.1.1.4 EMBASE
EMBASE (1974–present) is a bibliographic database produced by Elsevier that
covers over 4000 journals in the biomedical and pharmacological sciences. Its
online presence now incorporates selected MEDLINE records, thus increasing the
scope and scale of EMBASE to over 13 million abstracts. Like PubMed and Web
of Science, EMBASE has links from appropriate abstracts to selected full-text arti-
cles and gene sequence information. EMBASE is available by library subscription
only.
2.1.1.5 The Cochrane Abstracts
The Cochrane Reviews is a collection of reports that collate and summarize pub-
lished health care evidence on a wide range of medical disorders and conditions.
The target audience is very broad, ranging from those receiving care, to those
responsible for research, teaching, funding, and administration of health care at
all levels.
The reports are written and maintained by international panels of clinicians,
who are organized into groups on the basis of area of expertise. There are cur-
rently about 50 Collaborative Review Groups that cover areas such as breast
cancer, schizophrenia, HIV/AIDS, and tobacco addiction. Once a review is written,
it is checked regularly and updated as needed.
While a subscription is required to access the full Cochrane Reviews, anyone
can browse or search the Cochrane Abstracts without charge. The abstracts alone
are quite substantial (usually about 300–500 words). They outline the background
for the study, the source data, search strategy, and criteria for inclusion, and then
state the results and conclusions. The Cochrane Abstracts, while more focused on
clinical trials and therapies than basic molecular biology, are a high-quality and
useful adjunct for those who work on molecular biology problems with clinical
applications.
2.1.1.6 BIOSIS Previews
BIOSIS Previews is made up of two databases: Biological Abstracts, which con-
tains about 12 million records from more than 5000 journals, and Biological
Abstracts/RRM, which covers reports, reviews, and meetings—information not
formally published in scientific research journals. This includes references to
items from meetings, symposia, and workshops, review articles, books, book
chapters, software, and US patents related to the life sciences. It covers the biolog-
ical sciences, from biochemistry to zoology, and is available by subscription only.
2.1.2 Access providers: BIDS and Ovid
BIDS and Ovid are companies that aggregate databases created by other orga-
nizations into convenient packages for libraries to use. BIDS may be the
best-known bibliographic service for academics in the United Kingdom and Ire-
land. It provides access to a number of databases, some of which are freely
10

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 11 — #11
BIBLIOGRAPHIC DATABASES
available, and links to full text articles via Ingenta Journals (see Section 3).
Many databases and services formerly provided by BIDS, including Medline, are
now provided free to UK academics via the ISI’s Web of Knowledge interface
(http://wok.mimas.ac.uk)
.
Your library may also use Ovid as a provider of several bibliographic databases,
including BIOSIS Previews®, Current Contents®, EMBASE (Excerpta Medica
Database), and MEDLINE, among others.
Database aggregators often implement databases in their own way, so the
interface for searching the databases may have several features that differ from
the implementations of other providers.
3
Full text of research articles
Most of the databases described above concern abstracts of published research
articles. Although not considered traditionally as bibliographic information, no
discussion of online text resources would be complete without considering the
increasing availability of full-text articles.
Several thousand molecular biology journals are now available in electronic
form (Figure 1)—most are online counterparts to paper journals, but some are
online-only publications (see Box 2 for a summary of the advantages of online
articles over articles printed on paper). All can be viewed via a web browser,
providing that, with a few exceptions such as the Journal of Clinical Investigation, you
have a subscription. However, more recently, some journals have made articles
from back issues freely available, and new publishing ventures that offer free
access to articles are emerging (see Table 2).
Box 2 Advantages of online journals over paper journals