"chap01" 003/9/16 page #1 Chapter Bibliographic databases

Searchable content
Articles in digital format may be searched for words and phrases. Most bibliographic
databases provide a search engine that allows for content matching across all entries.
Once an article has been obtained, the ‘Find’ feature in your web browser can be used
to search within the article for specific words and phrases.
Hypertext links
Online articles displayed in HTML can exploit hypertext linking to create connections
between related content. Links can be made from references cited in the text, to its
listing in the bibliography, or to external information sources such as PubMed abstracts,
referenced citations, errata, sequence information, macromolecular structures (PDB
files), or even the author’s home page.
Multimedia
The content of traditional printed journals is restricted to what can be presented on
paper. However, online journals are able to ‘add value’ to articles with movies, audio, and
the inclusion of large data sets (an entire genome sequence, for instance). Additionally,
use of color figures does not generally represent a higher publishing cost for online
journals as it does for print journals.
11

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 12 — #12
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
Box 2 (Continued)
Accessibility
Electronic articles can be accessed over the Internet rather than visiting a library. This
is particularly useful for those in remote locations. Downloaded electronic articles can
be stored on your personal computer.
Flexible publishing model
Some scientific journals make their content available online before the printed copy.
Some journals even provide a ‘rolling model’ of publication where articles are accessible
online as soon as they are accepted for publication. Manuscript submission, online peer
review, and access of electronic content may be provided by some journals through the
Internet.
Table 2 Online full-text journals
Resource
Produced by
No. of
journals
a
Free
access
b
URL
Science
Direct
Elsevier
Science
1100
No
http://www.sciencedirect.com/
Link
Springer-Verlag
500
No
http://link.springer.de/
Interscience Wiley
300
No
http://www.interscience.wiley.com/
BioMed
Central
Current
Science
130
Yes
http://www.biomedcentral.com/
Society and
small
publisher
online
journals
c
Highwire Press
340
Some
http://highwire.stanford.edu/
and individual journal
URLs
PubMed
Central
d
The National
Library of
Medicine
150
Yes
http://www.pubmedcentral.gov
a
Journal figures given in round numbers. Figure represents the total number of journals in each resource;
not all of these may be life science journals.
b
In cases where access to the database is not free, consult your library for subscription information.
c
HighWire Press enables small publishers to make their journal content available online. It is not the
publisher of these journals.
d
PubMed Central is an active archive for journal content; it is not a publisher.
3.1
Access to the full text of research articles
In the absence of a search engine that indexes a good proportion of full-text life
science journals, the best route to finding full-text articles is not always obvious.
As mentioned above, access to an article is only possible if you or your library
has a subscription, or if the article is made freely available. Below we outline the
most common and useful routes to online journal articles.
3.1.1 Access through abstracts databases
Most of the databases listed in the previous section can make links between
abstracts and the corresponding online full-text article. There will be a link that
12

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 13 — #13
BIBLIOGRAPHIC DATABASES
leads the user seamlessly to the article if the following is true:
1 The journal (more specifically, the journal issue) is published online.
2 The publisher of the journal has agreed with the database to make the article
available via this route.
3 You or your library subscribes to the journal, or the publisher makes the article
freely available.
For example, a search of an abstracts database will result in a list of ‘hits’
consisting of the citation information for each article retrieved by the query (see
Box 1). If the abstract satisfies points (1) and (2) above, then there will be a link to
the journal publisher’s website (this may only become apparent when viewing
the complete abstract rather than the citation information). Clicking on this link
will take you to the full-text of the article if point (3) is satisfied. Many of the
freely available articles can be found in this way, and, as an example of scope of
access, about 4000 journals currently have links from PubMed abstracts to their
respective articles on the publisher’s site.
3.1.2 Access from publisher sites
Many publishers do not collaborate with all bibliographic databases to allow
access to their journals, and the most conservative may only allow access to their
journals by logging-on directly to their own website. In these cases, the only way
to access the full-text is through your library’s interface to the journal, or by a
direct visit to the journals’ website, if you hold a personal subscription. Here we
will list some of the most significant places where there is a collection of full-text
articles (see also Table 2).
3.1.2.1 HighWire Press
HighWire Press works with scientific societies and publishers to create online
counterparts to their print journals. There are currently over 340 journals that
are available at HighWire, of which about 150 now offer free access to back issues
of the journal.
The period of time after which the article becomes freely available depends on
the policy of the journal. Some journals, such as British Medical Journal (BMJ) have
an immediate free-access policy (i.e. anyone can look at the most current version
of BMJ). However, most HighWire journals operate under a delayed-release policy
for free full-text articles, ranging from 2 months to 5 years, with most opting for a
1–2 year delay. In total, there are now (Spring, 2001) around 250,000 free articles
available. HighWire allows a basic search across all the journals they collaborate
with, although the free articles are not clearly delineated.
3.1.2.2 Individual publishers
Many publishers have developed their own online interfaces to their journal
databases. Some of the largest of these are listed in Table 2, although there are
13

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 14 — #14
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
many smaller collections. For all these sites there is usually some free intro-
ductory content, but the journal content is almost always available only on a
subscription basis.
3.1.3 Archives for full-text articles
Publishing journals online is still a relatively new enterprise. Now that there is
a substantial volume of information available over the Internet, the question
of how to effectively archive the data and make the best use of the electronic
medium for searching and linking becomes obvious.
A recent initiative called PubMed Central, based at the National Library of
Medicine USA, is aimed towards creating an archive for full-text life science jour-
nal articles that can be browsed and cross-searched freely. The idea is that any
journal article available via the PubMed Central site can be viewed by anyone
with an Internet connection from anywhere in the world.
Currently, about 150 journals are making their content available via PubMed
Central, and though small at present, the potential of this kind of initiative for
the future makes PubMed Central worthy of mention.
4
Books and text-rich websites
While books have been less evident than journals in making the transition from
paper to electronic form, a few online texts do exist, although most require
a subscription or site license. A growing trend is for books to have associated
websites for further information and corrections (as this book has
∗
). These are
usually listed prominently in the book. Furthermore, as biological content on the
Internet evolves, so do content-rich websites that do not fit into any traditional
bibliographic mold; this category of bibliographic resource is not well-defined, so
here we will discuss just two of the larger and more stable resources (see Table 3
for URL).
4.1
Online Mendelian inheritance in man
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) is a catalogue of human genes and
genetic disorders (see Table 3 for URL). It now contains about 15,000 records, and is
authored and edited by Dr Victor A. McKusick and his colleagues at Johns Hopkins
and elsewhere. The online version has been developed by the NCBI.
The OMIM database is usually searched using the name of a genetic disorder
or the name of a gene to retrieve records, and it is possible to use Boolean search
constructs as well as field limitations, such as chromosome number (see Box 1).
Table 3 Online books
Resource
URL
Online Mendelian
Inheritance in Man
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
Online books at NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books
14

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 15 — #15
BIBLIOGRAPHIC DATABASES
OMIM does not contain any figures or graphics, but it does have links to PubMed,
gene, and protein information. OMIM is now one of the databases integrated
with PubMed, and can be accessed for searching by clicking the OMIM link on
the PubMed search page (see Figure 2).
4.2
Online books
A project to put biomedical textbooks online, make them searchable, and inte-
grate them with PubMed and other data resources has recently begun at the
NCBI (see Table 3 for URL). There are currently about 24 books participating in the
project, which broadly cover the subject areas of basic molecular and cell biology
and genetics (Figure 3); more books are set to become available in the near future.
The book collection may be searched directly, using a similar interface to
PubMed. In addition, all PubMed abstracts have a ‘Books’ link; clicking on this
link brings up a facsimile of the abstract with hyperlinked terms and phrases that
lead to the most relevant sections of the book(s) for the linked phrase. PubMed
abstracts are rich in information, but they do not explain the terms or concepts
used, so linking abstracts to books as background information may help address
this shortfall. The quantity and subject area of hyperlinked phrases in an abstract
will depend on how much the content of the abstract overlaps with that of the
books available.
While the complete contents of the book are free to use in this way, for some
books it is not possible to navigate across the whole book content, from chapter
to chapter. In these cases, access is limited to ‘stand-alone’ chapters or sections.
4.3
Text-rich websites:a word of caution
Any web search engine can also be used to search for molecular biology infor-
mation. Many publishers, biotech companies, research labs, teachers, and others
display information that can be browsed freely.
Information found in this way should be carefully evaluated. Be aware that
anyone can publish almost anything on the Internet, so a key factor in assessing
the validity of any information found is the reliability of its source. It is important
to assess what qualifies the individual or organization to publish the information,
and what their motivation for doing so has been. As with any literature search,
the information found should be cross-checked and critically evaluated before
believing.
5
Summary
Bibliographic information on the Internet for molecular biologists continues to
grow. This chapter must really be considered a snapshot, serving as an introduc-
tion to the potential for exploring online literature resources. For this reason we
have chosen to discuss only the most stable of resources, and have not discussed
the specific use of any one search interface. The websites and databases discussed
undergo constant evolution, and new resources are continually launched and
developed. The Internet moves faster than the print world; we hope that this
chapter will at least be in the same race for some time!
15

---

“chap01” — 2003/9/16 — page 16 — #16
BARTON W. TRAWICK AND JOHANNA R. MCENTYRE
Figure 3 How to access the books at NCBI. (a) All books can be searched directly from
the books homepage (see Table 3 for URL), as well as indirectly, through hyperlinked
phrases in PubMed abstracts. Each PubMed abstract obtained by searching PubMed has
a ‘Books’ link. Clicking on this link displays the same abstract with some hyperlinked
phrases, as shown here. (b) Executing a books search or clicking on a hyperlink within a
PubMed abstract displays a summary list of books in which that term is found. The
number on the right indicates the number of book sections that are relevant for the
term. This link leads to a book-specific list of sections, figures, and tables. Figures and
tables are indicated by the icons shown. (When less than 20 relevant book sections are
found, the book summary step is omitted.) (c) The section, table or figure titles lead to
the book content. The books are displayed as one chapter section per page, and it is
possible to navigate around a minimum of one chapter at a time. The books contain links
to the figures and tables of the book, PubMed abstracts, and in the future will be more
extensively linked to molecular biology information.
Acknowledgements
We would like to thank Kathi Canese and Edwin Sequeira for carefully reading
this manuscript.
16