BTQ-nin maliyyələşdirilməsi Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 21 fevral 2007-ci il tarixli Fərmanına əsasən həyata keçirilir. Bu funksiyanın yerinə yetirilməsi Dövlət Neft Fonduna həvalə olunmuşdur. Kreditləşmənin təşkili və bank xidmətinin həyata keçirilməsi üzrə agent bank kimi isə “Azərbaycan Beynəlxalq Bankı” ASC təyin olunmuşdur. 2013-cü ilin aprel ayının 1-nə olan məlumata görə BTQ-nin maliyyələşdirilməsi üçün Dövlət Neft Fondu tərəfindən Nəqliyyat Nazirliyinə ümumilikdə 433 milyon ABŞ dolları ayrılmışdır. Layihə üzrə Azərbaycan tərəfindən uzunluğu 29 kilometr olan Qars- Axalkalaki dəmir yolu xəttinin və uzunluğu 160 kilometr olan mövcud Axalkalaki- Marabda dəmir yolu xəttinin reabilitasiyakonstruksiyasına 775 milyon ABŞ dollarının kredit kimi ayrılması nəzərdə tutulmuşdur. Bundan 200 milyonu illik dərəcəsi 1% olmaqla 25 il müddətinə (uzadılması şərti var) və 575 milyonu isə illik dərəcəsi 5% olmaqla təşkil edir. Türkiyə höküməti BTQ-nin ölkə ərazisindən keçən hissəsinin inşasına 345 milyon dollar ayırıb.
