Ma’muriy–hududiy tuzilishi va aholisi. XVIII asr oxirlarida xonlikning hududi faqat Farg‘ona vodiysidan iborat bo‘lib, bu davrda Norbo‘tabiy vodiydagi barcha beklik va viloyatlarni o‘z itoatiga kirgizib, ularni Qo‘qonga bo‘ysundirdi. Uning davrida Andijon va Marg‘ilon viloyatlari vodiydagi eng katta mulklar edi. Olimxon davrida xonlik hududlari Toshkent va uning atrofidagi yerlar hisobidan ancha kengaydi. Tarixiy manbalarda Toshkent mulki – viloyat, shahar, Toshkent va Dashti Qipchoq viloyati nomlari bilan tilga olinadi. Uning hududlariga Ohangaron, Chinoz, Toshkent atrofi, Sirdaryo bo‘ylaridagi Turkiston shahri va uning atroflari kirgan. Bu mulkning hokimlari manba va hujjatlarda hokim, hukmdor, voliy, noib atamalari bilan tilga olinadi. Umarxon davrida Xo‘jand, O‘ratepa va Jizzax atrofidagi yerlarga ham ketma-ket yurishlar qilinib, 1817 yilda O‘ratepa bosib olinadi.
Muhammadalixon davrida xonlikning hududlari yanada kengayadi. Bu davrda xonlik shimolda Rossiyaga qarashli Tashqi Sibir okrugi bilan, g‘arbda Xiva va Buxoro amirligi bilan, janubda Qorategin, Darvoz va undan uzoqroqdagi yerlar – Shug‘non, Ro‘shon va Vaxon (bu hudud Qo‘qonga nomigagiga qaram bo‘lgan) Ko‘lob bilan, sharqda Qashg‘ar bilan chegaralangan. Xonlik yerlariga Sirdaryo bilan Qorategin O‘rtasida joylashgan Farg‘ona hududlari, Sirdaryoning o‘ng qirg‘og‘ida joylashgan Namangan, Xo‘jand va boshqa shaharlar, Buxoro amirligi va Qo‘qon xonligi o‘rtasida joylashgan Qurama viloyati, Turkiston, Sirdaryoning quyi oqimidagi to Balxash ko‘ligacha bo‘lgan qirg‘izlar yashaydigan yerlar, ko‘chmanchi qirg‘izlar yashaydigan Billur tog‘ining sharqiy etaklari, 1830 yildan boshlab g‘arbiy etaklari ham kirgan.
XIX asr manbalarida Qo‘qon xonligi beklik, ba’zan viloyat va sarkorlik sifatida tilga olingan ma’muriy – hududiy qismlarga bo‘lingan hamda ularni xon tomonidan tayinlanadigan beklar, hokimlar va sarkorlar boshqargan. Ayrim manbalar (A. Kun) Qo‘qon xonligidagi 15 ta beklikning nomini keltiradi. Bular: Qo‘qon va uning atrofi, Marg‘ilon, Shahrixon, Andijon, Namangan, So‘x, Mahram, Buloqboshi, Aravon, Baliqchi, Chortoq, Navkat, Koson, Chust va Bobo darhon. “Turkestanskiye vedomosti” (1876, №13) to‘plamida esa Asaka, Marg‘ilon, Baliqchi O‘sh, So‘x, Koson va O‘zgan sarkorlik sifatida ham tilga olinadi.
Hokimlar va hududiy bo‘linma boshliqlari xon oilasi a’zolari, unga yaqin guruhlar, yuqori tabaqa vakillari hamda yetakchi qabilalar sardorlari orasidan tayinlangan. Misol uchun, Xudoyorxon davrida yettita beklik xonning o‘g‘illari va yaqin qarishdoshlari tomonidan boshqarilgan. O‘z navbatida hokimlar viloyat hududlarini o‘zlarining farzandlari va qarindoshlariga bo‘lib berganlar. Qo‘qon xonligining ma’muriy-hududiy boshqaruv tizimida bek (hokim, voliy) va uning o‘rdasi alohida o‘rin egallagan. Xon tomonidan tayinlangan hokim va qozi ko‘plab vakolatlarga ega bo‘lgan.
Bek o‘rdasida ham xon saroyidagidek yuzlab amal va unvonlar joriy etilgan bo‘lib, ular mahalliy aholidan yig‘iladigan soliq hamda to‘lovlar hisobidan kun kechirishgan. Beklar xonning itoatkor vassallari bo‘lib, mamlakatni idora etishida uni qo‘llab-quvvatlashlari, zarur bo‘lganda unga yordam berishlari, uning hurmat-izzatini joyiga qo‘yishlari, kerakli vaqtda o‘z qo‘shinlari bilan harbiy yurishlarda ishtiroq etishlari va sovg‘a-salomlar yuborib turishlari lozim bo‘lgan.
Qo‘qon honligida Qo‘qon, Toshkent, Andijon, Namangan, Marg‘ilon, Chimkent, Jizzax, O‘sh, Xo‘jand, O‘ratepa kabi aholisining soni jihatidan katta, hunarmandchilik va savdo rivojlangan, mamlakat ijtimoiy-siyosiy, iqtisodiy, madaniy hayotida muhim ahamiyatga ega bo‘lgan o‘nlab shaharlar mavjud bo‘lgan. Xonlikning poytaxti Qo‘qon shahri bo‘lib, u mamlakatning siyosiy, ijtimoiy-iqtisodiy va madaniy markazi edi.
XIX asrda xonlikning chegara hududlarini bir necha qal’a va istehkomlar muhofaza qilgan. Ular jumlasiga Oqmasjid, Avliyoota, Pishpak, To‘qmoq, Qurtka, Niyozbek, Mahram kabilarni kiritish mumkin. Chu vodiysi bo‘ylab bunyod etilgan istehkomlar esa nafaqat chegara muhofazasi uchun, balki ularning atrofidagi shahar va qishloqlarni itoatda ushlab turish uchun ham hizmat qilgan. Ushbu shahar va qal’alarda harbiy qism hamda ularga boshliq bo‘lgan botirboshilar bo‘lgan. Mudofaa maqsadlari uchun qurol va aslahalar saqlangan.
Xonlik tarkibiga kiruvchi hududlar aholisining joylashuvi va turmush tarzi bir – biridan farq qilgan. Toshkent vohasi va Farg‘ona vodiysining sug‘orilib dehqonchilik qilinadigan qismi aholi joylashuvi jihatidan zich bo‘lib, ular o‘troq hayot kechirganlar. Sahro, tog‘ va tog‘ oldi tekisliklaridan iborat hududlarda ko‘chmanchi va yarim ko‘chmanchi aholi yashagan.
Xonlikdagi aholi soni haqida manbalar turli ma’lumotlar beradilar. Bu ma’lumotlarga ko‘ra, XIX asrning boshlarida xonlikda (Toshkent va Turkistonni ham qo‘shib hisoblaganda) aholi soni 1 million, XIX asrning o‘rtalarida 1,5-2 million, XIX asrning ikkinchi yarmida 3 million kishi bo‘lgan bo‘lsa, Rossiya imperiyasi tomonidan ko‘plab hududlarning bosib olinishi hamda ularning bosqinchilar ma’muriyati tarkibiga kirishi natijasida xonlik tasarrufidagi Farg‘ona vodiysida 2 millionga yaqin aholi qolgani taxmin qilinadi.
Aholi tarkibida o‘troq aholi ko‘chmanchi va yarim ko‘chmanchi aholiga nisbatan ko‘pchilikni tashkil etgan. XIX asr boshlarida aholining 40 foizdan ortig‘i ko‘chmanchi va yarim ko‘chmanchi bo‘lsa, shu asrning oxiriga kelib ular 15 foizni tashkil etgan. Xo‘jalik mashg‘ulotlariga ko‘ra, o‘troq aholining asosiy qismi dehqonchilik, hunarmandchilik, kosiblik hamda savdo-sotiq bilan band bo‘lsa, ko‘chmanchi va yarim ko‘chmanchi aholi chorvachilik bilan shug‘ullangan.
Qo‘qon xonligi aholisining ko‘pchiligi o‘zbeklar bo‘lib, mamlakat shahar va qishloqlarida tojiklar ham yashagan. Xonlikda yana qirg‘izlar va qipchoqlar ham istiqomat qilganlar. Ular Sirdaryoning boshlanish joylaridan Balxash ko‘ligacha bo‘lgan tog‘li rayonlardan to Qashg‘ar chegarasigacha bo‘lgan yerlarda, Yettisuv, Talas vodiysi, Oloy tog‘lari, Badaxshon, Farg‘ona vodiysi hududlarida ko‘chmanchi va yarim ko‘chmanchi hayot kechirishgan. Bundan tashqari, Farg‘ona vodiysida qoraqalpoqlar, Toshkent atroflarida qozoqlar, xonlikning sharqiy qismida, Qo‘qon xonligini Buxoro va Rossiyadan ajratib turadigan cho‘llarda ko‘chmanchi qozoqlar yashaganlar.
Manbalarning ma’lumotlariga ko‘ra, XIX asrning boshlarida qirg‘izlar, qalmoqlar, uyg‘urlar, qoraqalpoq, qozoq va qipchoqlar Xitoy hukumati tazyiqi ostida Sharqiy Turkistondan Farg‘ona vodiysigacha ko‘chib kelishga majbur bo‘lganlar. Shuningdek, xonlikning ayrim shaharlarida lo‘lilar, hindlar, afg‘onlar, arablar va boshqa Osiyo xalqlari istiqomat qilganlar. Turkiston general-gubernatorligi tashkil topganidan so‘ng yahudiylar, armanlar va boshqa millat vakillari ham yashaganlar.