(Değişik üçüncü fıkra: 8/8/2011-KHK-648/45 md. ) Mahalli idareler ile diğer kamu kurum ve kuruluşları Koruma Yüksek Kurulunda görüşülmesini istedikleri hususları bağlı, ilgili veya ilişkili oldukları bakanlıklar aracılığıyla bildirir. Koruma Yüksek Kurulunca karar verilen konular ilgili koruma bölge kurulunca tekrar görüşülmez.
(Değişik dördüncü fıkra: 8/8/2011-KHK-648/45 md. ) Koruma Yüksek Kurulunun gündemi Bakanlıkça belirlenir. Gündemin belirlenmesini müteakip Koruma Yüksek Kurulu toplantıya çağırılır. Toplantı sayısına bir sınırlama getirilmez. Koruma Yüksek Kurulu salt çoğunlukla toplanır, toplantıya katılan üyelerin salt çoğunluğu ile karar verir.
Koruma Yüksek Kurulunun çalışma usul ve esasları ile diğer hususlar bir yönetmelikle düzenlenir.