1865 yil 17 iyul kuni shahar aholisi taslim bo’ldi.
1865 yil 6 avgustda podsho Aleksandr II ning Orenburg general-gubernatorligiga bo’ysunadigan Turkiston viloyati tashkil etilganligi to’g’risidagi farmoni chiqdi.1866 yilning yanvarь oyida Chernyayev Jizzaxga hujum boshladi va bu jang uning mag’lubiyati bilan tugadi, natijada Chernyayev lavozimidan olib tashlandi. Hattoki, Turkiston o’lkasidan chiqarib yuboriliga sabab bo’ldi.
1866 yil mayda Turkistonning yangi gubernator D.I.Romanovskiy qo’mondonligi ostida Jizzaxga hujum uyushtirishdi. Buxoro amirligi Irjarda jangga kirdi Bu jangda dushmanlarning qo’li ustun kelib buxoroliklar birin-ketin Jizzax, Xo’jand, O’ratepa shaxarlarini tashlab orqaga chekindilar.
1867 yilda 2 iyulda Aleksandr II ning farmoni bilan Turkiston general-gubernatorligi tashkil topdi va K.P. Kaufman birishchi general-gubernator etib tayinlandi. Kaufman 1868 yil 25 yanvarda Qo’qon xoni Said Xudoyorxon bilan bitim tuzdi.
Bu esa Kaufmanning O’rta Osiyoda harbiy yurishlarni bemalol davom ettirishga imkon yaratib berdi.1868 yilda Kaufman Samarqandga yurish boshladi. 1868 yil 23 iyunda Rossiya bilan Buxoro o’rtasida shartnoma tuzildi. Shartnomaga ko’ra Buxoro amirligi 500 ming so’m oltin tanga hisobida tovon to’lash majburiyatini oldi va Samarqand va Kattaqo’rg’on shaharlarini Turkiston general-gubernatorligi tasarrufiga o’tkazildi.
Rossiya O’rta Osiyoni bosib olgandan keyin ma’muriy boshqarish masalasi kun tartibiga qo’yildi. 1886 yilda imperator Aleksandr II tasdiqlagan «Turkiston o’lkasini boshqarish haqidagi Nizom»da boshqaruv tartibi qonuniy jihatdan rasmiylashtirildi. Unga ko’ra Turkiston general-gubernator ligi beshta viloyatga bo’lindi: Sirdaryo, Farg’ona, Samarqand, Yettisuv, Kaspiy orti viloyatlari shaxsan imperatorning o’zi tayinlagan rus harbiy gubernatorlari boshqarar edi.
Bu beshta davlat o’z navbatida uyezd va volostьlarga bo’lib boshqarilgan. Sirdaryo viloyati quyidagi uyezdlarga bo’lib boshqarilgan: Toshkent, Avliyoota, Kazalinsk, Perovsk, Chimkent, Amudaryo bo’limi ham uyezdlarga bo’lingan. Farg’ona viloyatiga Marg’ilon, Qo’qon, Namangan, O’sh uyezdlari kirgan. Samarqand viloyatiga Jizzax, Xo’jand, Samarqand uyezdlari, Yettisuvgaesa Vernыy, Jarkent, Kopal, Lepsin, Pishpak, Prjevalьsk uyezdlari, Kaspiyorti viloyatiga Ashxobod, Krasnovodsk, Marv, Tajan uyezdlari kirgan.
Viloyatlarga harbiy gubernatorlar shaxsan rus podshosi tomonidan tasdiqlangan. Uyezd boshliqlari rus armiyasi polkovniklari, uchastka pristavlari esa kapitan unvonidagi zobitlardan tayinlangan. Volostь boshqaruvchilari, yuzboshi-oqsoqollar, ellikboshilar va o’nboshilar esa saylov asosida mahalliy aholi vakillaridan saylangan.
«Xalq sudyalari»-qozilar ham aholi tomonidan saylangan. Quyi ma’muriyat aholining sotqin badavlat tabaqa vakillaridan bo’lib, harbiy ma’muriyat ana shularga suyangan.
Turkiston general-gubernatori o’z qo’lida harbiy va fuqarolik hokimiyatini birlashtirgan. General-gubernator amir faoliyatini Rossiya imperator siyosiy agentligi (1885-1917) orqali, Xiva xonini esa Amudaryo bo’limi (1873-1918) boshlig’i orqali nazorat qilgan.
Turkiston general-gubernatori o’z qo’lida harbiy va fuqarolik hokimiyatini birlashtirgan. General-gubernator amir faoliyatini Rossiya imperator siyosiy agentligi (1885-1917) orqali, Xiva xonini esa Amudaryo bo’limi (1873-1918) boshlig’i orqali nazorat qilgan.Markaziy boshqaruvda general-gubernator mahkamasining ham ahamiyati katta bo’lgan. General-gubernator mahkamasi Bosh boshqarmaning ijroiya organi bo’lib, dastlab 4 bo’limdan iborat bo’lgan.
Turkiston general-gubernatorligi markaziy bosh boshqarmasi tarkibida general-gubernatorga bo’ysunmaydigan markaz vakillari-adliya, moliya, ziroat va davlat mulklari vazirlik idoralari ham bo’lgan.Rus mustamlakachilarining Turkistondagi asosiy tayanchi ma’muriy va majbur qiluvchi tashkilot-politsiya idorasi edi. U juda katta vakolatlarga ega edi. Bu idora mustamlakasilik qonun-qoidalariga amal qilishni nazorat ostiga olish, mahalliy xalq kayfiyatini va xatti-harakatlarini kuzatish, shubha ostiga olinganlarni qamash huquqlaridan keng foydalanishgan. General-gubernator-Bosh mirshab vazifasini o’tardi.
Xulosa qilib aytganda, XIX asrning oxiri XX asr boshlarida O’rta Osiyo xonliklari taraqqiyotida tanazzul bo’lib, xalqlar o’z erki va ozodligidan mahrum etildi. Xalq ikkiyoqlama zulm ostida (mahalliy amaldorlar va chorizm) ezildi. Shunday sharoitda istiqlol g’oyasi o’rtaga tashlangan milliy ozodlik harakatlapri boshlanib ketdi. Bu kurashlar yillar davomida uzluksiz davom etdi.
Podsho Rossiyasi Turkiston o'lkasini bosib olgach, jahonning eng yirik mustamlakachi davlatiga aylandi. Yevropada Rossiyaga nisbatan «ulkan miqdordagi mulk o'g'risi» degan kinoyali ibora ishlatila boshlandi. Yevropa va Osiyoning bir qismini o'z ichiga olgan bu imperiya boshqa mustamlakachi davlatlardan farqli ravishda o'ziga xos mustamlakachilik tizimini yuzaga keltirdi. Bunday zo'ravonlik va zulmga asoslangan mustamlakachilik tizimi Turkistonda keng ko'lamda amalga oshirila boshlandi. Bu siyosat mahalliy halqlarga mutlaqo ishonmaslik, ularni nazarga ilmaslik kabi o'ta millatchilik ruhidagi siyosat asosiga qurilgan edi.
Turkistonda boshqaruv tizimi butunlay harbiylashtirilgan hokimiyat ixtiyoriga to'laligicha topshirilgan bo'lib, ularning qo'lida cheklanmagan va hech qanday insoniy huquqlarni tan olmaydigan hokimiyat tizimi shakillantirilgan edi. «Bu joyda bizning umumiy dushmanimiz-musulmonlik va yovvoyilikdir» - deya harbiy vazir Milyutinga maktub yo'llagan general Kaufman 1868 yil 22 yanvarda Toshkent jamoatchiligi vakillari oldida so'zlagan nutqida ruslarni Turkiston aholisining katta og'alari degan fikrni ilgari surdi.