Mavzu: Drosophila melanogaster genomidagi mutasion kontekstlar tahlili Reja: I kirish II asosiy qism

Celera Genomics va Berkeley Drosophila Genome Project (BDGP) hamkorlikda butun genom ov miltig'i (WGS) yig'ilishini amalga oshirdi va an'anaviy P1 va bakterial sun'iy xromosoma (BAC) ga asoslangan sekvensiyani o'rnini bosuvchi euxromatin (1, 116) ketma-ketligini yaratdi. 1999 yil oxiriga kelib 29 Mb ketma-ketlikni (taxminan 25%) ishlab chiqardi. Birinchi yig'ilishda (WGS1) faqat plazmid va BAC-juftlangan so'nggi ketma-ketliklardan foydalanilgan, ikkinchisida esa BAC va P1-ga asoslangan tayyor va qoralama ketma-ketliklar qo'shilgan (3-jadvalga qarang). Tafsilotlar uchun (1) dan]. Ushbu qoʻshma yigʻilish GenBankga 1-reliz sifatida taqdim etildi. Bu ketma-ketlikda koʻplab boʻshliqlar va past ketma-ketlik sifatiga ega hududlar mavjud edi.²

2000-yil oktabr oyida 2-reliz 1-nashrda mavjud boʻlgan kichik iskalalarning tartibi va yoʻnalishidagi xatolarni tuzatdi va bir necha yuzlab kichik ketma-ketlik boʻshliqlarini toʻldirdi. Celniker va boshqalar. (26) Release 2 assambleyasining sifatini Release 3 yuqori sifatli evromatik ketma-ketligi bilan solishtirish orqali baholadi (pastga qarang), ular orasidagi har qanday farqlarni WGS yig'ilishidagi ketma-ketlik xatolariga bog'lash; Release 2 ketma-ketligi tugallangan ketma-ketlikning 97,7% dan ortig'ini ifodalaydi. Noyob ketma-ketlikning otosomal hududlarida 2-relizning xato darajasi 20 000 ta asosiy juftlikdan bittasini tashkil etdi (bp). Biroq, X xromosomadagi xato darajasi pastroq ketma-ketlikni qamrab olganligi sababli yuqoriroq edi va bu yig'ilishdagi takrorlanuvchi ketma-ketliklar faqat qoralama sifati edi.

Dastlabki WGS ketma-ketligi hisobotidan beri ikki yarim yil ichida BDGPda ishtirok etgan ikkita sekvensiya markazi (Lorens Berkli Milliy Laboratoriyasi Drosophila Genom Sequencing Center va Baylor Medical College of Human Genom Sequencing Center) bo'shliqlarni yopadigan tugatish jarayonini amalga oshirdi, ketma-ketlik sifati yaxshilandi va yig'ilish tasdiqlandi. Bu genomik ketma-ketlikning 3-chiqarishiga olib keldi (26). Jarayon har bir markazdagi tajriba va tajribadan foydalangan holda klon-klon va WGS yondashuvlari o'rtasidagi gibrid edi. WGS dan olingan ketma-ketlik izlari va alohida BAClarning qoralama ketma-ketliklari BAC o'lchamli segmentlarga yig'ildi. Ushbu segmentlar standart usullar bilan yuqori sifatga keltirildi va keyin har bir xromosoma qo'lini qayta tiklash uchun hisoblash usuli bilan birlashtirildi.