Birinci şöbə – fototrof prokariotlar (Photobacteria) adlanır.
İkinci şöbə – işığa laqeyd olan prokariotlardır (Scotobacteria).
Onların hər biri 3 sinifə bölünür. Birinci şöbənin siniflərinə aiddir:
sinif – göy-yaşıl yosunlar.
sinif – qırmızı rəngli fotobakteriyalar.
sinif – yaşıl rəngli fotobakteriyalar.
İkinci şöbəyə 3 sinif aid edilir:
sinif – bakteriyalar.
sinif – rikketsilər (eukariot hüceyrələrin obliqat parazitləri).
sinif – mikoplazmalar (hüceyrə divarı olmayan bakteriyalar).
İkinci istiqamətdə də prokariotlar aləmi 2 şöbəyə bölünür: bakteriyalara və
sianobakteriyalara.
Bercenin 1974-cüil təyinedicisində Bacteria şöbəsinə üstünlük verilir.
Bakteriyaları təsnif edərkən hüceyrənin forması, fizioloji əlaməti, maddələr
mübadiləsi və qohumluq əlaqəsi nəzərə alınır.
Bütün bakteriyalar 4 sinfə bölünürlər:
1. Aktinomisetlərə – Actinomycetes;
2. Əsil bakteriyalara – Bacteriaceae;
3. Miksobakteriyalara (selikli bakteriyalar) – Myxobacteriaceae;
4. Spiroxetlərə - Spirochaetaceae.
