Ashtarxoniylar davrida davlat tizimi va bosh¬qaruvi o’z tuzilishi, mohiyati jihatidan shay¬boniylar davridagidan deyarli farq qilmas edi. Davlatning ichki va tashqi siyosatiga doir masalalar rasman oliy hokimiyat boshlig’i Xon ixtiyori bilan hal qilinardi. Markaziy va mahalliy hokimiyat boshqaruvida ham shayboniylar davrida amalda bo’lgan lavozimlar saqlanib qolgan. Ashtarxoniylar davrida saroy qutlovi davlat lavozimi joriy etilib, u davlat mablag’i hisobiga amalga oshiriladigan qurilish, suv inshootlari barpo etish va obodonchilik ishlarini boshqargan. Buxoro xonligi ma’muriy jihatdan viloyatlarga, viloyatlar tumanlarga bo’linib boshqarilgan. Viloyat hokimlari xon tomonidan tayinlangan. Harbiy sohada doimiy qudratli harbiy qo’shin, markaziy harbiy qo’mondonlikning yo’qligi, qo’shinning zaonaviy qurol-yarog’lar, zambaraklar bilan ta’minlanmaganligi Buxoro xonligining harbiy jihatdan o’ta zaiflashuviga olib keldi. Ashtarxoniylar davrida yerga egalik qilishning, ilgarigi asrlarda amalda bo’lganidek mulki sultoniy, xususiy mulk, vaq fyerlari shakllari mavjud edi. Mulki sultoniy davlat yerlari hisoblanib, undan keladigan daromad xon xazinasiga kelib tushardi. Davlat yerlaridan o’sha joylarda yashagan dehqonlar foydalangan, ular yerni ishlatib, olingan hosildan xiroj solig’i to’laganlar. Xon davlat tasarrufidagi yerlarni, aholi yashaydigan qishloqlarni shahzodalarga, yirik din ulamolari va sayyidlarga suyurg’ol shaklida, harbiy qism boshliqlari, saroy amaldorlariga tanho shaklida in’om qilardi. Suyurg’ol qilingan katta yer egalari xon xazinasiga soliq to’lamas edi. Tanho shaklida in’om qilingan yerlar tanhodorning xususiy mulki bo’lmay, o’sha yerlarda ishlayotgan dehqonlardan soliq olish huquqi berilar edi. Xon ayrim shaxslarga hukmdorga ko’rsatgan alohida xizmatlari uchun ham yer-mulklar in’om etardi. Bunday mulklar soliqlardan ozod qilinardi va shu boisdan ular "Mulki xurri xolis" deb atalardi. Xususiy mulkchilik tobora kuchayib bordi. Xon tomonidan davlat yerlarini soliqqa tortmaslik sharti bilan yirik boylar va saroy amaldorlariga sotish hollari ham yuz berdi. Xususiy mulk egalari u yerlarda o’zlari ishlamas edi, yersiz dehqonlarga ijaraga berib, ularni zo’ravonlik bilan ishlatib, katta daromad olardilar. Diniy mahkamalarga mulki sultoniy hisobidan berilgan u yerlar, masjidlar, xonaqohlar, qabristonlar vaqf mulki hisoblanardi. Vaqf mulkidan ham soliq olinmas edi. Ko’chmanchi chorvador qabilalar ham katta-katta yerlarni egallab, o’troqlashib, dehqonchilik bilan shug’ullanadigan bo’ldilar. Natijada Qo’ng’irot, Mang’it, Nayman, Do’rmon va boshqa aholi yashaydigan yirik manzilgohlar vujudga keldi. Barcha mulk shakllariga xos xususiyat shunda ediki, ularda yersiz kambag’al dehqonlar ijara hisobiga mehnat qilganlar. Buxoro xonligidagi yerga egalik qilishning bunday tartibi oqibatda:
-qishloq xo’jaligidan tushadigan daromadlarning alohida shaxslar qo’lida to’planib borishiga;
-xon xazinasiga tushadigan daromadlarning kamayib davlatning kuchsizlanishiga;