Siyosiy faoliyatining boshlanishi Amir Temur oʻzining ilk harbiy faoliyatini qoʻl ostidagi navkarlari bilan ayrim viloyat amirlariga xizmat qilishdan boshlagan; ularning oʻzaro kurashlarida qatnashib, jasorat koʻrsatgan, janglarda chiniqqan, harbiy mahoratini oshirgan. Dongʻi butun Qashqadaryo vohasiga yoyilgan. Amir Temurning aqlu zakovati, shijoati va shuhrati uni Movarounnahrning nufuzli amirlaridan amir Xizr Yasovuriy va amir Qazagʻon bilan yaqinlashtirdi. Xondamirning yozishicha, otasi amir Taragʻoy Amir Temurni avval (1355) amir Joku barlosning qizi Nurmushk ogʻoga, soʻngra oʻsha yili (1355) Qazagʻonning nabirasi va amir Husaynning singlisi Oʻljoy Turkon og'oga uylantiradi. Keyingi nikoh tuayli Amir Temur bilan Balx hokimi amir Husayn oʻrtasida ittifoq yuzaga kelib, ular birgalikda moʻgʻullarga qarshi kurashadilar. Amir Temurning Movarounnahrni birlashtirish yoʻlidagi harakati 14-asrning 60-yillari boshlaridan boshlandi. 14-asr ning 50-yillari oxirida Movarounnahrda amirlarning oʻzaro kurashi kuchayib, amir Qazagʻon oʻddirildi. Mamlakatda siyosiy parokandalik avjiga chiqib, ogʻir tanglik sodir boʻldi. Xondamirning "Habib ussiyar" kitobida keltirilgan maʼlumotlarga qaraganda, ulus oʻnga yaqin mustaqil bekliklarga boʻlinib ketgan. Samarqand viloyatida amir Bayon sulduz, Keshda amir Hoji barlos, Xoʻjandda amir Boyazid jaloir, Balxda Uljoy Bugʻa sulduz, Shibirgʻonda Muhammad I Xoja Aperdi nayman, Koʻhistonda Badaxshon shohi amir Sotilmish, Xuttalonda Kayxusrav, Hisori Shodmon hududida amir Husayn va amir Xizr Yasovuriylar oʻzlarini hokimi mutlaq deb eʼlon qiladilar.
Bu davrda Chigʻatoy ulusining sharqiy qismi - Yettisuv va Sharqiy Turkistonda hukmronlik qilayotgan moʻgʻul xonlari Movarounnahrdagi ogʻir siyosiy vaziyatdan foydalanib, bu yerda oʻz hokimiyatini oʻrnatishga harakat kiladilar. Jeta xonlaridan Tugʻluq Temur va uning vorisi Ilyosxoja 1360-61 va 1365 y. larda Movarounnahrga bir necha bor bostirib kiradilar. Moʻgʻul xonlarining boskinchilik yurishlari va zulmiga karshi xalq harakati boshlanadi. Biroq, Movarounnahr amirlari xalqqa bosh boʻlib, moʻgʻul bosqinchilariga qarshi kurashga jurʼat eta olmaydilar. Ularning bir qismi dushman tarafiga oʻtadi, ikkinchi qismi esa el-yurtni tark etib, oʻzga mamlakatlardan boshpana izlaydilar. Amir Temurning amakisi, Kesh viloyatining hukmdori amir Hoji barlos Xurosonga qochadi. Mana shunday ogʻir pallada siyosat maydoniga Amir Temur kiradi. Moʻgʻullarga qarshi turish uchun kuchlar nisbati teng emasligini hisobga olgan 24 yoshli Amir Temur 1360 yilning boshida Tugʻluq Temur tomonidan Keshga yuborilgan beklar bilan kelishadi. Sharoit taqozosi bilan xon xizmatiga oʻtib, uning yorligʻi bilan oʻz viloyatining dorugʻasn etib tayin qilinadi. Shubhasiz, bu noilojliqdan qoʻyilgan siyosiy hamda strategik qadam boʻlib, bu bilan Amir Temur moʻgʻullarning navbatdagi talontarojining oddini olgan, mamlakat va xalqni falokatdan qutqargan edi. Biroq, Movarounnaxrning hukmdori etib tayin qilingan Ilyosxoja va uning lashkarboshisi amir Bekkichik bilan Amir Temurning murosasi kelishmay qoladi. Shu sababdan 1361 yilning oxirida u mamlakatni tark etishga majbur boʻladi.
Xivaning janubida, Urganjiy dashtida Amir Temur Tugʻluq Temurning yana bir raqibi - qaynogʻasi amir Husayn bilan uchrashadi. Amir Temur moʻgʻullar bilan kurashish maqsadida u bilan birlashib, ikkovlon kuch toʻplashga kirishadi. Dastlab ular Tugʻluq Temurxonning farmoniga binoan Amir Temurni taʼqib qilishga kirishgan Xiva dorugʻasi Toʻqol (Tavakkal) bilan jang qiladilar. Soʻngra 1362 yilning kuzida Seistonda viloyat hukmdori Malik Qutbiddinning tarafida turib mekroniylar bilan boʻlgan toʻqnashuvda Amir Temur oʻng kifti va oʻng oyogʻidan jarohatlandi.
Amir Temur va amir Husayn keyingi ikki yil davomida Ilyosxoja boshliq Jeta lashkari bilan bir necha marta jang qiladilar. Nihoyat, 1364 y. oxirida ular moʻgʻul qoʻshinlarini Movarounnahr hududidan quvib chiqarishga muvaffaq boʻladilar. Biroq, Movarounnahrni qoʻldan chiqarishni istamagan Ilyosxoja 1365 y. ning bahorida yana Turkiston ustiga qoʻshin tortadi. Toshkent bilan Chinoz oraligʻida ikki oʻrtada sodir boʻlgan jang tarixda "Loy jangi" nomi bilan shuhrat topadi. Jangda amir Husaynning xiyonati oqibatida magʻlubiyatga uchraydilar va oʻz qoʻshinlari bilan Amudaryo boʻylariga chekinib, Balx viloyatida oʻrnashdilar. Ilyosxoja esa hech qanday qarshilikka uchramay Xoʻjand, Jizzax va boshqa bir qancha shahar hamda qishloklarni egallab, Samarqand ustiga yuradi. Samarqand oʻsha paytlarda katta qoʻshinga qarshilik koʻrsata olmasdi. Shaharning na devori va na mustahkam istehkomlari, na qurollangan sipohiysi bor edi. Bek va amirlar shaharni tark etgan edi, lekin moʻgʻullarga qarshi xalq koʻtariladi, sarbadorlar shahar mudofaasini oʻz qoʻllariga oladilar. Shahar mudofaachilariga Madrasa tolibi ilmlaridan Mavlonozoda Samarqandiy, jun (paxta) tituvchilar mahallasining oqsoqoli Abu Bakr Kuluyi (Kalaviy) Naddof va mergan mavlono Xurdaki Buxoriylar boshchilik qiladilar. Sarbadorlar Samarqand shahrida moʻgʻullarga qaqshatqich zarba beradilar. Ilyosxoja dastlab Samarqandni, soʻngra butun Movarounnahrni tashlab chiqib ketishga majbur boʻladi. Sarbadorlarning moʻgʻullar ustidan qozongan gʻalabasi haqidagi xabar amir Husayn bilan Amir Temurga ham borib yetgan. Amir Temur qishni Qarshida, Husayn esa Amudaryo boʻyida oʻtkazib, 1366 y. bahorida Samarqandga yoʻl oldilar. Ular Konigita toʻxtab sarbadorlarning dushman ustidan qozongan gʻalabalaridan mamnun boʻlganliklarini va ular bilan uchrashmoqchi ekanliklarini bildiradilar. Biroq, sarbadorlarning boshliqlari amirlar huzuriga kelganlarida amir Husayn buyrugʻi bilan Abu Bakr Kuluyi (Kalaviy) Naddof bilan mavlono Xurdak Buxoriylar dorga tortiladi. Mavlonozodani esa Amir Temur. oʻz himoyasiga olib kutqarib qoladi. Shu tariqa sarbadorlar boshliqsiz qoldirilib, Movarounnahrda amir Husaynning hukmronligi oʻrnatiladi, ammo koʻp vaqt oʻtmay Husayn bilan Amir Temur oʻrtasidagi munosabat keskinlashib, ochiqdan-ochiq nizoga aylanadi. Amir Temurning nufuzi ortib borayotganligidan xavfsiragan amir Husayn Balxga qaytib, uning qalʼa devorlari va istehkomlarini mustahkamlashga kirishadi. Balx, Qunduz va Badaxshondan koʻp sonli lashkar ham toʻplaydi. Kesh va Qarshi viloyatlariga bosh boʻlgan Amir Temur ham amir Husaynga qarshi hal qiluvchi jangga hozirlik koʻradi. 1366 — 70 yillar oʻrtasida bir necha bor toʻqnashuvlar boʻlib oʻtadi.
„Buyuk amir“ sifatida saylanishi Sayyid Baraka Amir Temur faoliyatini qoʻllab-quvvatlab, unga oliy hokimiyat ramzi katta nogʻora — tabl bilan yalov — bayroq tortiq qiladi. Shubhasiz bu voqea katta siyosiy ahamiyatga ega edi. Chunki u saltanatlik ramzi edi. Amir Temur buni yaxshi tushunardi. Shuning uchun ham Balxga yetmasdan Oʻrpuz mavzeida u amir va noʻyonlari bilan kengash oʻtkazadi. Koʻpchilikning xohish va ixtiyori bilan, oʻsha davr qonun-qoidalariga koʻra, chingiziylar avlodidan boʻlgan Suyurgʻatmish oʻgʻlon Movarounnahr podsholigi taxtiga oʻtqazildi. Amir Temur qoʻshini to Balxga yetib borgunicha, unga yoʻl-yoʻlakay yangi-yangi kuchlar kelib qoʻshildi. Shu asnoda amir Husaynni koʻpchilik amirlari tark etdilar. Jangda amir Husayn qoʻshinlari yengildi, ikki kunlik qamaldan soʻng, 1370-yilning 10 apr.da Balx sh. Amir Temurga taslim boʻldi. Amir Husayn asir olinib, qatl etildi. Bu gʻalabadan soʻng Amir Temur Movarounnahrning chingiziylardan boʻlgan hukmdori Qozonxonning qizi Saroymulk xonimni oʻz nikohiga oladi. Xon qiziga uylanganligi munosabati bilan Amir Temur „koʻragon“, yaʼni „xonning kuyovi“ unvonini oldi.
1361yilning 11-aprelida Chigʻatoy ulusining barcha beklari, amirlari, viloyat va tumanlarning dorugʻalari hamda Termizning sayyidlari (xudovandzodalari), shuningdek Amir Temurning yoshlikdan birga boʻlgan quroldosh doʻstlari va piri Sayyid Barakaning ishtirokida oʻtkazilgan qurultoyda anʼanaga koʻra chingiziylardan Suyurgʻatmishxon mamlakat hukmdori deb eʼlon qilingan boʻlsada, amalda markaziy hokimiyatni Amir Temur oʻzi boshqardi, viloyatlardagi hokimiyatni oʻgʻillari, nabiralari va yaqin amirlari orqali idora qildi. Samarqand Amir Temur davlatining poytaxtiga aylantirilib, oʻsha yilning yozida shahar devori va qalʼasi tiklandi, saroy va qasrlar bino qilindi. Soqibqiron davrida Toshkent voҳacida barpo etilgan memoriy ObidalarAmir Temur saltanati davrida Movaraunnahr va unga indosh bulgan ulkalar
Gullab Yashnagan. Soqibqiron tomonidan Fargʻona oliidida, Sirdaryo va
Amu Darya búylarida, Toshkent voqasida, Eron, Hindiston, Kavkaz ulkalarida
Va boshka boshka boshka ulkan qurilish qamda bunedkorlik ishlari amalga
«OʻzA- Oʻ Son-sanoqsiz shahar va qishloqlar, madarsa va masjidlar,
Karvonsaroy wa gammomlar, shifohona wa kutubhonalar barpo qilingan.