Ilmiy va madaniy sohalarda ham oʻzaro hamkorlik yoʻlga qoʻyildi. Yapon va oʻzbek olimlari tomonidan zilzilani oldindan aniqlash, sanoat mahsulotlarini statistik qabul qilish nazorati usullari atroflicha oʻrganildi va amaliyotga tatbiq etildi. Ayniqsa, tarix, tilshunoslik va arxeologiya fanlari boʻyicha samarali hamkorlik amalga oshirildi. Itaro Kumatsuning yaponlar uchun "Oʻzbek tili" qoʻllanmasi (1978), "Oʻzbekcha soʻzlashuv" (1983), "Oʻzbekchayaponcha lugʻat" (1980, 1985) kitoblari koʻp ming nusxada nashr etildi. 1950—80 yillarda adabiyot sohasida ham salmoqli aloqalar boʻldi. Xususan, 1956 yil Oʻzbekistonga kelgan tanikdi yapon yozuvchisi va tarjimoni Man Inoue atoqli shoir Gʻafur Gʻulom bilan uchrashgan hamda Yaponiyada chop etilgan "Toshkentda bir oqshom" asarida oʻzbek va yapon xalqlari madaniyati, anʼana va turmush tarzidagi mushtaraklik haqida hikoya qilgan. Shu davrda Yosie Xotta, Kobo Abe, Yasunari Kavabata, Ryunoske Akutagava, Takeo Arishima, Masuji Ibuse va boshqalar mashhur yapon ijodkorlarining 30 ga yaqin roman, qissa, sheʼr va hikoyalari oʻzbek tilida chop etilgan. Oʻz navbatida, Yaponiyada Alisher Navoiy, Sh. Rashidov, Zulfiya, Ramz Bobojon ijodi namunalari, Zahiriddin Muhammad Boburning "Boburnoma" asari yapon tiliga tarjima qilinib, bir necha marta nashr qilingan.
Ilmiy va madaniy sohalarda ham oʻzaro hamkorlik yoʻlga qoʻyildi. Yapon va oʻzbek olimlari tomonidan zilzilani oldindan aniqlash, sanoat mahsulotlarini statistik qabul qilish nazorati usullari atroflicha oʻrganildi va amaliyotga tatbiq etildi. Ayniqsa, tarix, tilshunoslik va arxeologiya fanlari boʻyicha samarali hamkorlik amalga oshirildi. Itaro Kumatsuning yaponlar uchun "Oʻzbek tili" qoʻllanmasi (1978), "Oʻzbekcha soʻzlashuv" (1983), "Oʻzbekchayaponcha lugʻat" (1980, 1985) kitoblari koʻp ming nusxada nashr etildi. 1950—80 yillarda adabiyot sohasida ham salmoqli aloqalar boʻldi. Xususan, 1956 yil Oʻzbekistonga kelgan tanikdi yapon yozuvchisi va tarjimoni Man Inoue atoqli shoir Gʻafur Gʻulom bilan uchrashgan hamda Yaponiyada chop etilgan "Toshkentda bir oqshom" asarida oʻzbek va yapon xalqlari madaniyati, anʼana va turmush tarzidagi mushtaraklik haqida hikoya qilgan. Shu davrda Yosie Xotta, Kobo Abe, Yasunari Kavabata, Ryunoske Akutagava, Takeo Arishima, Masuji Ibuse va boshqalar mashhur yapon ijodkorlarining 30 ga yaqin roman, qissa, sheʼr va hikoyalari oʻzbek tilida chop etilgan. Oʻz navbatida, Yaponiyada Alisher Navoiy, Sh. Rashidov, Zulfiya, Ramz Bobojon ijodi namunalari, Zahiriddin Muhammad Boburning "Boburnoma" asari yapon tiliga tarjima qilinib, bir necha marta nashr qilingan.
1991 yil Yaponiya OʻzR mustaqilligini tan olib, 1992 yil diplomatiya munosabatlari oʻrnatgach, 1992 yilda Yaponiyaning Toshkentdagi elchixonasi, 1996 yilda esa OʻzRning Tokiodagi elchixonasi oʻz faoliyatini boshladi. Ikki mamlakat oʻrtasida teng huquqli aloqalar oʻrnatildi. Oʻtgan 14 yil mobaynida ikki davlat oʻrtasida koʻplab rasmiy hujjatlar imzolandi. Shu davr davomida OʻzR Prezidenti I.Karimov 2 marta (1994, 2002) rasmiy tashrif bilan Yaponiyada boʻldi. Bundan tashqari, ikki davlat tashqi ishlar vazirlari, hukumatning rahbar va masʼul xodimlari, Parlament delegatsiyasi va boshqalarning oʻzaro tashriflari amalga oshirildi. OʻzR Prezidenti I.Karimovning 1994 yilning mayida Yaponiyaga qilgan birinchi tashrifi oʻzaro siyosiy muloqotni faollashtirdi.
