H. F. Əliyeva 1, Ə.Ü. Abduləzimova


NƏTİCƏLƏR  VƏ  ONLARIN  MÜZAKİRƏSİ



Yüklə 363,31 Kb.
Pdf görüntüsü
səhifə2/17
tarix26.12.2016
ölçüsü363,31 Kb.
#3424
1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   17
düyüdə 26%/74%) qeyri-TATA tip promotorlar üstünlük təşkil edirlər.   

 

Açar sözlər: Ali bitki, plastid, nüvə, genom, gen, zülal, promotor, kompüter analizi 

 

 

GİRİŞ 

 

2000-ci ilin dekabr ayında ali bitkilərin ilk nü-

mayəndəsinin - kəsəkotunun (Arabidopsis thaliana

nüvə genomunun (The Arabidopsis Genome Initia-

tive, 2000), 2002-ci ilin aprel ayında isə  düyünün 

(Oryza sativa L. ssp. ındica və Oryza sativa L. ssp. 



japonica) növmüxtəlifliklərinin (Yu et al., 2002; 

Goff et al., 2002) nüvə genomlarının qaralama 

variantları oxunmuşdur. Bütövlükdə, son 13 ildə 10-

dan çox bitkinin nüvə genomu tam yaxud qaralama 

variantında, onlarla bitkinin plastid və mitoxondri 

genomu isə tam oxunmuşdur (http://www.ncbi.nlm. 

nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html; Hamilton 

and Buell, 2012). Lakin bu genomların gen tərkibi, 

bu genlərin funksiyası  və ekspressiyasının tənzim-

lənməsi mexanizmləri ilə bağlı bir çox suallar hələ 

də cavabsızdır. Həmin suallara cavab tapmaq üçün 

aparılan tədqiqatlarda geniş  tətbiq olunan yanaşma-

lardan biri təcrübi və bioinformatik üsullarla növda-

xili və növlərarası müqayisəli analizdir.  

Genlərin genomda təşkili və funksiyası, təka-

mülü, onların promotor nahiyyələrindəki transkrip-

siya tənzimləyici elementləri haqqında yeni biliklər 

əldə olunmasında  ortoloji  (müxtəlif növlərdə eyni 



mənşəli və eyni/oxşar funksiyalı) genlərin müqayisəli 

analizi ən səmərəli yollardan biridir. Bundan başqa, 

sistematika və təkamül biologiyası sahələrində aparı-

lan tədqiqatlarda da ortoloq genlərin təsdiqlənmiş 

dəstlərinin müqayisəli analizi önəmli rol oynayır 

(Wu et al., 2006; Balaji et al., 2006; Kim et al., 

2008). Məsələn, məməli və bitki ortoloq genlərinin 

promotor nahiyyələrinin konservativ xüsusiyyətləri-

nin tədqiqi göstərmişdir ki, transkripsiyanın start 

nöqtələri, TATA-boks və digər mühüm tənzimləyici 

elementlər onların  ətrafındakı digər ardıcıllıqlara 

nisbətən statistik cəhətdən əhəmiyyətli dərəcədə da-

ha konservativdir. Bu müşahidələr  əsasında insan/ 

heyvan və bitki orqanizmlərdə Pol II promotorlarının 

axtarışı üzrə  PromH  və  PromHP kompüter proq-

ramları yaradılmışdır və  həmin proqramlar, digər 

müvafiq üsullar ilə  müqayisədə, daha yüksək dəqiq-

liyə (85-95%) malikdirlər (Shahmuradov and Solov-

yev, 2003;  http://www.softberry.com/berry.phtml).

 

Beləliklə, bu məsələlərin həlli üçün əvvəlcə  



müvafiq ortoloji  genlər kolleksiyası yaradılmalıdır.  

İndiyə  qədər həmin istiqamətdə müəyyən cəhdlər 

və  uğurlar olsa da, bu məsələnin tam həlli çox 

çətindir.   

Ortoloqların müəyyənləşdirilməsində istifadə 

olunan alqoritmlərin  əksəriyyəti iki və daha çox 

növün gen/zülal yaxud bütöv genom ardıcıl-

lıqlarının müqayisəsinə  əsaslanır. Bu müqayi-

sələrdə ən çox istifadə olunan  kompüter vasitsəsi 

BLAST proqramıdır (Altschul et al., 1997; 

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).    

İndiyə  qədər 20 bitki növünü təmsil edən 

500000-dən çox məlum  və ya güman olunan poli-

peptid annotasiya olunmuşdur. Bu ardıcıllıqların cüt-

cüt (500000 x 500000) BLAST müqayisəsi nəticəsin-

də çoxsaylı potensial ortoloqlar aşkar olunmuşdur. 

Həmin ortoloqların sonrakı analizi nəticəsində  


1   2   3   4   5   6   7   8   9   ...   17




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azkurs.org 2022
rəhbərliyinə müraciət

    Ana səhifə