Fan metodlari umumilmiy, xususiy ilmiy va fanlararo tadqiqot metodlaridan iborat. Umumilmiy tadqiqot metodlari. Ular falsafa bilan maxsus fanlarning fundamental nazariy-metodologik qoidalari o‘rtasida o‘ziga xos «oraliq metodologiya» bo‘lib xizmat qiladi. Umumilmiy tushunchalar qatoriga ko‘pincha «axborot», «model», «tuzilma», «funksiya», «tizim», «element», «oqilonalik», «ehtimollik» singari tushunchalar kiritiladi.
Birinchidan, bir qancha xususiy fanlar hamda falsafiy kategoriyalarning alohida xossa, belgi va tushunchalari umumilmiy tushunchalarning mazmuniga «singdirib» yuborilganligi, ikkinchidan, (falsafiy kategoriyalardan farqli o‘laroq) matematik nazariya va simvolik mantiq vositalari bilan ularni formallashtirish, ularga aniqlik kiritish mumkinligi umumilmiy tushunchalarning o‘ziga xos jihatlaridir. Umumilmiy metodlar qatoriga tizimli va strukturaviy-funksional, kibernetik, ehtimoliy yondashuvlar, modellashtirish, formalizatsiya hamda boshqalar kiradi.
Xususiy ilmiy metodlar– materiya harakatining asosiy shakliga mos bo‘lgan muayyan fanda qo‘llaniladigan bilish usullari, tamoyillari, tadqiqot usullari va tartib-taomillari majmui. Mexanika, fizika, kimyo, biologiya va ijtimoiy-gumanitar fanlarning metodlari shular jumlasidandir.
Fan metodlari – ma’lum fan tarmog‘iga kiruvchi yoki fanlar tutashgan joyda vujudga kelgan muayyan fan sohasida qo‘llaniladigan usullar tizimi. Har bir fundamental fan, mohiyat-e’tibori bilan, o‘z predmetiga va o‘ziga xos tadqiqot usullariga ega bo‘lgan sohalar majmuidir.
Fanlararo tadqiqot metodlari–asosan fan sohalari tutashgan joyda amal qiladigan (metodologiyaning turli darajasi elementlarini birlashtirish natijasida yuzaga kelgan) bir qancha sintetik va integrativ usullar majmui. Mazkur metodlar kompleks ilmiy dasturlarni amalga oshirishda keng qo‘llaniladi.
Ijtimoiy-gumanitar fanlar metodlari.Ijtimoiy-gumanitar fanlarda kuzatish natijalari ko‘p jihatdan kuzatuvchining shaxsiga, uning hayotiy qarashlariga va boshqa sub’ektiv omillarga bog‘liq bo‘ladi. Mazkur fanlarda oddiy (odatdagi) kuzatish (faktlar va hodisalar chetdan turib qayd etiladi) va ishtirokchilikka asoslangan (ichdan turib) kuzatish (bunda tadqiqotchi ma’lum ijtimoiy muhitga qo‘shiladi, unga moslashadi va hodisalarni «ichdan» tahlil qiladi) farqlanadi. Psixologiyada kuzatishning o‘z-o‘zini kuzatish (introspeksiya) va empatiya (boshqa odamlarning ruhiy kechinmalariga kirib borish, ularning ichki dunyosi–sezgilari, fikrlari, xohish-istaklarini tushunishga intilish va h.k.) farqlanadi.
Etnometodologiya ichdan turib kuzatishning turlaridan biri bo‘lib, u ijtimoiy hodisa va voqealarni tavsiflash hamda kuzatish natijalarini ularni tushunish g‘oyalari bilan to‘ldirishni nazarda tutadi. Mazkur yondashuv hozirda etnografiya, ijtimoiy antropologiya, sotsiologiya va kulturologiyada tobora keng qo‘llanilmoqda.