Vakuolalar. O'simlik hujayrasi uchun eng xarakterli bo'lgan organoiddir. O'simlik hujayrasida suv ko'p miqdorda bo'lgani uchun vakuola sistemasi yaxshi rivojlangan. Yosh hujayralarni endoplazmatik to'rida ko'p mayda pufakchalar bo'lib, ular o'zaro qo'shilib kattalashadi va endoplazmatik to'rdan ajrab chiqadi va yagona yirik vakuolaga aylanadi. Vakuolaning membranasini tonoplastdeyiladi, ichidagi suyuqlik hujayra shirasidan iborat. Vakuola shirasining tarkibi murakkab bo'lib o'z ichiga organik moddalar, mineral tuzlarni oladi hamda 96-98% suv tutadi.
Vakuolada moddalar almashinuvida ikkilamchi foydalanilishi mumkin bo'lgan aminokislotalar, uglevodlar, oqsillar va organik kislotalardan tashqari, fenollar, alkaloidlar, taninlar, antotsianlar kabi sitoplazmada moddalar almashinuvi natijasida hosil bo'lgan moddalar ham bor bo'lib, unda organik kislotalar, oqsillar, aminokislotalar, uglevodlar, glikozid va alkaloidlar, tuzlar, oshlovchi moddalar, pigmentlar bo'ladi. Vakuolalar shirasi ko'pincha nordon reaksiyaga ega.
Vakuolalarning muhit pHi ko'pchilik hollarda pH 5-5,6 atrofida bo'ladi. Bu esa vakuolalarni ikkilamchi lizosomalar sifatida qarashga imkon beradi. Vakuolalarning shirasi yanada nordon bo'lishi mumkin. Masalan, ushbu ko'rsatkich limonda-2, begoniya o'simligida-1 bo'lishi mumkin. Ayrim poliz ekinlarida masalan,
bodring, qovun va boshqa birqancha o'simliklar vakuolalarining pH muhiti, kuchsiz ishqoriy holatga ham ega bo'lishi mumkin. Vakuolalar hujayraning osmotik xususiyatini belgilaydi, bu esa o'z navbatida hujayrani so'rish kuchi, turgor bosimi va suv rejimini belgilaydi. Ayrim chiqindi mahsulotlar, masalan, alkaloid yoki polifenollar vakuolada to'planadi, zahira holida uglevod va oqsillar ham to'planadi.
Moddalarning vakuolaga kirishi har xil yo'llar bilan, masalan, tonoplastdiga ATF ga bog'liq H+-pompalarining ishi tufayli bo'ladi. ATF ga bog'liq H+-pompalarining faoliyati tufayli H+ ionlari sitoplazmada vakuolaga ko'chirilib turadi. Shuningdek ushbu nasosning ishi tufayli vakuolaga organik kislotalar, qandlar, aminokislotalar, anionlarning kirishi hamda K+ ionlarining kirishi va chiqishi boshqarilib turadi. Ayrim hollarda vakuolada hujayra uchun zarur ammo sitoplazmaga tushsa hujayraga zaharli ta'sir ko'rsatuvchi moddalar ham yig'iladi. Masalan, ayrim o'simliklar hujayra vakuolalarida to'planuvchi afyun va kauchuk moddalari.
Protoplazma. U hujayra ichidagi tsitoplazma va organoidlar bilan bir butunni tashkil qiladi va unda moddalar almashinuvining reaksiyalari sodir bo'ladi. Sitoplazma protoplazmaning asosiy qismini tashkil qiladi va u uch qavatdan iborat. 1. Plazmolemma, ya'ni tashqi membranasi. 2. Ichki qavat vakuola bilan chegaralab turadi va ichki membrana tonoplastni tashkil qiladi. 3. O'rta qavati, uni mezoplazma deyiladi. Barcha faol organoidlar ana shu mezoplazma qavatida joylashadi. Sitoplazma shilimshiq, tiniq, rangsiz yarim suyuq, kolloid moddadir. Solishtirma og'irligi-1,055 ga teng. U qovushqoqlik va elastiklik xususiyatiga ega.