21) Azərbaycan XVI əsrin sonları-XVII əsrdə 1587-ci ildə Mürşüdqulu xan, qızılbaşların Xorasan qrupu Qəzvində 16 yaşlı Abbası şah elan etdilər. Bu vaxta qədər Qarabağ, Ərdəbil, Lənkəran istisna olmaqla, Azərbaycanın bütün vilayətləri Osmanlılar tərəfindən tutulmuşdu.
Şah Abbas hakimiyyətə gələndən sonra hərbi-inzibati islahat keçirdi. Qızılbaşların təkbaşına silah gəzdirmək hüquqları ləğv edildi. Başqa tayfalara da qoşuna daxil olmaq hüququ verildi. Müxtəlif dərəcəli qoşun növləri yarandı: 1) Qızılbaşlar; 2) Qulamlar; 3) Tüfəngçilər; 4) Artilleriya-topçular.
1598-ci ildə paytaxtın Qəzvindən İsfahana köçürülməsi nəticəsində Qarabağdan, Qəzvindən Azərbaycan türkləri köçüb gəldi..Şah I Abbas hərbi-köçmə qızılbaş əyanlarının müqavimətini qırdı. O, 44 min nəfərlik güclü nizami ordu yaratdı.Beləliklə, Şah Abbasın islahatları nəticəsində mərkəzi hakimiyyət xeyli qüvvətləndi.Səfəvi-Osmanlı müharibəsinin ikinci mərhələsi 1590-cı il İstanbul sülh(Bu müqavilə ilə Azərbaycan torpaqlanmn böyük hissəsi itirilmiş və Səfəvilər öhdəlik götürmüşdülər ki, ölkə əhalisi içərisində məzhəb ayrılığına görə heç kim incidilməyəcək və ilk üç Xəlifəyə qarşı heç bir küfrə yol verilməyəcəkdir) müqaviləsi ilə başa çatdı.1593-cü ildən qızılbaşlara tabe edilən Azərbaycanın- Zəncan, Xalxal, Ərdəbil, Qaracadağ, Qızılağac, Lənkəran vilayətləri, Qızılüzən və Kür çayları arasında yerləşən geniş ərazi vahid Azərbaycan bəylərbəyiliyində birləşdirildi. XVI əsrin sonuna yaxın Səfəvi dövlətinin qarşısında 3 vacib məsələ dururdu:
1) şimal-şərq sərhədlərinin təhlükəsizliyini təmin etmək üçün Şeybanilər dövlətini əzmək və Xorasanı geri almaq; 2) 1578-1590-cı illərdə Səfəvi- Osmanlı müharibələri nəticəsində Osmanlılar tərəfindən işğal olunmuş Azərbaycan torpaqlarını geri qaytarmaq; 3) İran körfəzində Portuqaliyanın hegemonluğuna son qoymaq və Hind okeanına çıxış əldə etmək. I Şah Abbas 1599-cu ildə Şeybaniləri məğlub etdi və Xorasanı yenidən Səfəvi dövlətinin tərkibinə qaytardı. 1603-cü il sentyabrın 14-də Şah I Abbas Azərbaycana yürüşə başladı. 1603-cü il oktyabrın 21-də Təbriz tutuldu. Culfa və Naxçıvan tutulduqdan sonra 1603-cü il noyabrında İrəvan qalası mühasirəyə alındı və 1604-cü ilin avqustunda tutuldu. Şah I Abbas Osmanlı qoşununa qarşı ənənəvi “yandırılmış torpaq” taktikasını tətbiq etdi. Bununla da Cənuni Qafqazda yaşayan əhalinin köçürülməsinə başlandı. Əhali zorla İsfahana, Mazandarana və b vilayətlərə köçürülürdü. Bu köçürmə “böyük sürgün” adını aldı. Şah I Abbas 4 aylıq mühasirədən sonra 1606-cı ilin iyununda Gəncəni ələ keçirdi. 1607-ci ilin iyununda Şirvan azad edildi. 1607-ci ilin yanvarında Bakıda üsyan baş verdi. Şah bu münasibətlə osmanlılardan ələ keçirdiyi qənimətləri üsyançılara verdi. 1607-ci ilin martında Dərbənd qalası əhali tərəfindən tutuldu və Şah onları bütün vergilərdən azad etdi. Beləliklə, 1603-1612-ci illərdə Səfəvi-Osmanlı müharibələrinin III mərhələsi Səfəvilərin tam qələbəsi ilə başa çatdı. 1612-ci il oktyabrın 17-də Sərab şəhərində Osmanlı dövləti ilə müqavilə bağlandı- 1555-ci il Amasya sülhü bərpa edildi. Lakin osmanlılar bir sıra şərtlər irəli sürdülər- Səfəvilər rusların tikdiyi Terek(Tərki) qalasının dağıdılması barədə sultanın əmrinə mane olmamalı idilər.
Şah Abbas 1613-cü ilin oktyabrında Azərbaycanın şimal vilayətlərinə və Gürcüstana yürüşə başladı. Sultan I Əhməd 1612-ci il müqaviləsini pozaraq 1616-cı ilin yazında yenidən Səfəvilərlə müharibəyə başladı. Sərab vilayətində, Sınıq körpü adlı yerdə döyüş baş verdi. Osmanlılar ağır zərbə aldılar. Onlar sülh danışığına başladılar. 1618-ci ilin sentyabrında Mərənddə Şah I Abbasla Osmanlı Xəlil paşa arasında sülh müqaviləsi imzalandı və Osmanlı-Səfəvi müharibəsinin IV mərhələsi bitti. Mərənd sülhü tezliklə Səfəvilər tərəfindən pozuldu. Şah I Abbas 1622-1623-cü illərdə Bağdadla birlikdə İraqı ələ keçirdi. Şah I Abbasın nəvəsi I Şah Səfi (1629-1642) Səfəvi Rüstəm xanı Azərbaycan bəylərbəyi və Təbrizin hakimi təyin etdi. 1634-cü ilin yayında Sultan IV Murad hücum edərək İrəvanı və Təbrizi ələ keçirdi. Lakin ərzağın və yemin çatışmaması, qışın yaxınlaşması, Səfəvi qoşununun hücum təhlükəsi Osmanlıları Təbrizdən çıxmağa məcbur etdi. 1639-cu ilin mayın 17-də Qəsri-Şirində Səfəvi elçisi Sarıxan Osmanlı nümayəndəsi Qara Mustafa paşa ilə sülh sazişi imzaladı. Sazişə görə Ərəb İraqı osmanlılara, Zəncir qalasından şərqdəki torpaqlar Səfəvilərə verildi. Beləliklə, Səfəvi- Osmanlı sülhü XIII əsrin ikinci rübünə kimi 2 dövlət arasındakı münasibətləri nizama saldı. XII əsrin 2-ci yarısında Azərbaycan ərazisi inzibati cəhətdən Təbriz, Çuxursəd, Qarabağ və Şirvan bəylərbəyiliklərinə bölünmüşdü. Səfəvi dövləti ilə Rusiya arasında olan münasibətlər siyasi marağa və qarşılıqlı iqtisadi əlaqələrə əsaslanırdı. XII əsrin ortalarında ruslar Şimali Qafqazda bir sıra qalalar tikməyə başladılar. Bu Şah II Abbasın (1642-1666) sarayında etirazla qarşılandı. Münaqişə 1662-ci ilədək davam etdi. Lakin Rusiya çarı A.M.Romanov münaqişənin daha da genişlənməsinə imkan vermədi. 1667-ci ildə müqavilə imzalandı. XII əsrin 2-ci yarısında Xəzəryanı bölgələrə soxulmuş Don kazaklarına qarşı mübarizə Azərbaycanın siyasi həyatında əhəmiyyətli yer tuturdu. Rusiya dövləti nəyin bahasına olursa-olsun Volqa-Xəzər su yolunu kazakların basqınlarından qorumağa çalışırdı. XVII əsrin 2-ci yarısında Volqa-Xəzər su yolu, həmçinin Azərbaycandan keçən quru ticarət yolu ölkələrarası əhəmiyyətini saxlayırdı.