Abdullaxon II markaziy hokimiyatni susaytirishga uringan har qanday xatti-harakat tashabbuskori hamda ishtirokchilarini sha

Boqimuhammad (1601—1605) davlatni boshqarish tizimini mustahkamlashga ko'p urindi. Buning sababi, birinchidan, shayboniy Pirmuham­mad davrida markaziy hokimiyatning nihoyatda kuchsizlanib qolganligi bo'lsa, ikkinchidan, sulola almashuvi jarayonida bu holatning yanada kuchayganligi edi. Xususan Marv, Xorazm va Balx ajralib chiqish yo'lini tutdilar. Shayboniy Abdullaxon II Xorazmni juda katta qiyin-chilik bilan Buxoro ixtiyoriga kiritgan edi. Uning o'limidan so'ng Xorazm turkmanlar yordamida Buxoroga bo'ysunmaslik yo'lini tutdi. Boqimuhammad Xorazm masalasini tinch yo'l bilan hal etdi. 1602-yilda esa Balxni kuch bilan bo'ysundirdi va unga ukasi Valimuhammadni hokim etib tayinladi. Boqimuhammadxon yana qator hududlarni Buxoroga bo'ysundirishga muvaffaq bo'ldi. 1603-yilda Eron safaviylari qo'shini Balxga hujum qilganida bu qo'shinlarni mag'lubiyatga uchratdi. Boqimuhammadxon endi Xurosonda ham Buxoro hokimiyatini tiklash maqsadi yo'lida harakat qila boshladi. Xuroson yurishi 1604-yilga mo'ljallangan edi. Ammo, 1604-yilda qozoq xoni Kelimuhammadning qo'shinini mamlakat hududidan haydab chiqara oldi. Buning uchun esa ancha vaqt zarur bo'ldi. Buning ustiga Boqimuhammadxon 1605-yilda vafot etdi. Boqimuhammad vafotidan keyin uning inisi Balx hokimi Valimuhammadxon (1605—1611) taxtga o'tqazildi. Biroq, uning yirik amaldorlar bilan munosabatida dushmanlik paydo bo'ldi. Bunga Valimuhammadxonning Xuroson masalasi xususida Eronga nisbatan tutgan kelishuvchilik siyosati sabab bo'lgan. Chunki, bu kehshuv oqibatida Buxoroning Xurosondagi mavqei amalda qo'ldan chiqarilgan edi. Endi. buxorolik amirlar unga qarshi isyon uyushtirmoqchi bo'lganda ikki o'g'lini olib Eronga qochib ketdi. Amirlar Boqimuhammadning o'g'li Imomqulixonni taxtga o'tqazganlar (1611—1642). Bu vaqtgacha Imomqulixon Samarqand hokimi edi. U Valimuhammad boshlab kelgan Eron qo'shinlarini tor-mor keltirib mamlakat mustaqilligini saqlab qoldi. Imomqulixon davlatiga katta xavf solayotgan kuchlardan biri Jung'orlar (qalmoqlar) davlati edi. Jung'orlar (ular oyrat deb ham atalganlar) avvallari Sibir va Koshg'ar oralig'ida hamda Oltoydan to Ila daryosigacha bo'lgan hududlarda istiqomat qildilar. Keyinchalik ular g'arb sari tobora siljib, Jung'orlar davlati deb atalgan davlatga asos solgan edilar. Ular qozoqlarning ayrim guruhlarini egallab turgan hududlaridan siqib chiqara boshlaganlar. Bu hududlardan siqib chiqarilgan qozoqlarning ba'zi guruhlari Movarounnahr sarhadlariga kirib kela boshlaganlar. Jung'orlarning qo'shinlari bilan bo'lgan urushda Imomquhxon qo'shinlari g'alaba qozondi. Imomqulixon Toshkent yerlaridan qozoqlarni siqib chiqarish maqsadida 1613-yilda shaharga hujum boshladi. U Toshkentni egallagach, o'g'li Iskandar sultonni Toshkent hukmdori etib tayinladi. Iskandar sulton Toshkent aholisiga nisbatan qattiq zulim o'tkazdi. Xususan, boj, xiroj va soliqlarni ko'paytirdi. Bunga qarshi Toshkentda qo'zg'olon boshlandi. Qo'zg'olon natijasida Iskandar sulton o'ldirildi. Bu voqeadan xabar topgan Imomqulixon Toshkent ustiga qo'shin tortib borib qo'zg'olonchilarni ayovsiz jazolagan. O'shanda Tosh­kentda katta qirg'in uyushtirilgan. Imomqulixon o'g'lining xuni uchun toshkentliklardan ayovsiz o'ch oldi. Buxoroda Imomqulixon hukmronligining oqibati shu bo'ldiki, uning davrida xon hokimiyati nisbatan mustahkamlandi. Nufuzli amirlar va zodagonlar ham xon hokimiyatiga nisbatan dushmanlik munosabatlarini to'xtatib turishga majbur bo'ldilar. Biroq, shunga qaramay, Imomquhxon mamlakatdagi siyosiy tarqoqlikning oldini ololmadi. Imomqulixon qattiqqo'l va berahm odam bo'lishiga qaramay, o'z davrining ilm-ma'rifatli hamda bunyodkor kishilaridan biri edi. U ayni paytda darvishlarni qo'llab-quvvatlagan o'z atrofiga olimlar, shoirlarni ham to'plagan, hatto o'zi ham she'rlar yozgan. Imomqulixon hukmronligi davrida sug'orish inshootlari kengaydi, eskilari ta'mirlandi. Natijada, qishloq xo'jalik ishlab chiqarishi birmuncha jonlandi. Manbalarda Imomqulixon haqida quyidagilar ham qayd etilgan: «Imomqulixon nochorlar ishini yengillashtirdi. Arz bilan kelganlarni qaytarmadi. Uning zamonida kambag'al ham, bechora ham qolmagandi. Chiqargan farmonlari ijrosi borasida amaldorlarga qattiq turdi. Qorong'i tushishi bilan oddiy kiyim kiyib vaziri va qo'rchi bilan bozoru mahallalarni aylanardi. Oddiy xalqning haqiqiy turmushidan boxabar bo'lib turardi». Qudratli mahalliy hukmdorlardan Samarqand hukmdori amir Yalangto'shbiy hamda Badaxshon hukmdori Mahmudbiy qatag'onlar katta bunyodkorlik ishlari olib bordilar. Jumladan, amir Yalangto'shbiy davrida Samarqandda ulkan ikkita madrasa — Sherdor va Tillakori madrasalari bunyod etildi. Samarqandning bosh maydoni bo'lmish Registon ham o'sha davrda bugungi qiyofaga keltirildi. Bu maydon Samarqand shahrining eng go'zal maydonlaridan biri bo'lib qoldi. Imomqulixondan keyin Buxoro taxtini uning inisi