Sayyid Baraka Amir Temur faoliyatini qoʻllab-quvvatlab, unga oliy hokimiyat ramzi katta nogʻora — tabl bilan yalov — bayroq tortiq qiladi. Shubhasiz bu voqea katta siyosiy ahamiyatga ega edi. Chunki u saltanatlik ramzi edi. Amir Temur buni yaxshi tushunardi. Shuning uchun ham Balxga yetmasdan Oʻrpuz mavzeida u amir va noʻyonlari bilan kengash oʻtkazadi. Koʻpchilikning xohish va ixtiyori bilan, oʻsha davr qonun-qoidalariga koʻra, chingiziylar avlodidan boʻlgan Suyurgʻatmish oʻgʻlon Movarounnahr podsholigi taxtiga oʻtqazildi. Amir Temur qoʻshini to Balxga yetib borgunicha, unga yoʻl-yoʻlakay yangi-yangi kuchlar kelib qoʻshildi. Shu asnoda amir Husaynni koʻpchilik amirlari tark etdilar. Jangda amir Husayn qoʻshinlari yengildi, ikki kunlik qamaldan soʻng, 1370-yilning 10 apr.da Balx sh. Amir Temurga taslim boʻldi. Amir Husayn asir olinib, qatl etildi. Bu gʻalabadan soʻng Amir Temur Movarounnahrning chingiziylardan boʻlgan hukmdori Qozonxonning qizi Saroymulk xonimni oʻz nikohiga oladi. Xon qiziga uylanganligi munosabati bilan Amir Temur „koʻragon“, yaʼni „xonning kuyovi“ unvonini oldi.
1361yilning 11-aprelida Chigʻatoy ulusining barcha beklari, amirlari, viloyat va tumanlarning dorugʻalari hamda Termizning sayyidlari (xudovandzodalari), shuningdek Amir Temurning yoshlikdan birga boʻlgan quroldosh doʻstlari va piri Sayyid Barakaning ishtirokida oʻtkazilgan qurultoyda anʼanaga koʻra chingiziylardan Suyurgʻatmishxon mamlakat hukmdori deb eʼlon qilingan boʻlsada, amalda markaziy hokimiyatni Amir Temur oʻzi boshqardi, viloyatlardagi hokimiyatni oʻgʻillari, nabiralari va yaqin amirlari orqali idora qildi. Samarqand Amir Temur davlatining poytaxtiga aylantirilib, oʻsha yilning yozida shahar devori va qalʼasi tiklandi, saroy va qasrlar bino qilindi.
Mamlakatning siyosiy va iqtisodiy mavqeyini mustahkamlab, koʻpdan davom etib kelayotgan ichki tarqoqlikka barham berish, tinchlik va osoyishtalikni qaror toptirish maqsadida Amir Temur (1361-yil iyunida) Samarqandda katta qurultoy chaqirdi. Unda markaziy davlat tizimini shakllantirish va qoʻshin tuzish masalalari muhokama etildi.
El-yurtni boshqarishda harbiy kuchning ahamiyatini yaxshi tushungan Amir Temur qoʻshinning tuzilishiga katta ahamiyat berdi. U „amir“ va „amir ul-umaro“ kabi yuqori darajali harbiy unvonlar joriy qildi. Qoʻshinni harbiy jihatdan isloh qilar ekan, u ayniqsa lashkarboshilarni tanlash va ularni tarbiyalash, harbiy qismlar va ularning joylashish tartibi, navkar va sarbozlarning qurollanishi hamda intizom masalalariga nihoyatda eʼtibor beradi (yana q. Temuriylar harbiy sanʼati).
Amir Temur hokimiyat tepasiga kelgach, dastlabki vaqtlardayoq mamlakatda roʻy bergan ogʻir iqtisodiy tanglikni bartaraf qilish uchun eng avvalo soliq tizimini tartibga soldi. Davlat soliqlarini yigʻishda aminlar, kalontarlar va soliq yigʻuvchilarni raʼiyatga nisbatan insof va adolatli boʻlishga, qonunga xilof ish tutmaslikka chaqirdi, chunki saltanatning barqarorligi koʻp jihatdan raʼiyatning hol-ahvoli, uning davlat va davlat boshligʻiga boʻlgan sadoqatiga bogʻliq. Raʼiyatni himoya qilish qonun bilan mustahkamlangan, qonun barchaga barobar boʻlgan. Amir Temur nafaqat oʻz xalqini, balki zabt etilgan mamlakatlarning aholisini ham imkoni boricha qonun himoyasiga olgan. Ularni asirlik va talon-torojlardan saqlagan.