Gastrointestinal sistemi oluşturan dokular otonom sinir sisteminin kontrolü altındadır.
Otonom sinirler bahsinde bu sinirlerin gastrointestinal sistemin hangi bölgelerini ne şekilde
etkiledikleri anlatılmıştır. Görüldüğü gibi parasematik sinir olan n. vagus'un kolları
özogafagusun kasılmasına ve mide girişindeki sfinkterin gevşemesine yol açmaktadırlar. Yine
aynı sinirin kolları, midenin peristaltik hareketlerini arttırırken pylorik sfinkteri inhibe
etmektedirler. Bağırsak hareketlerini de hızlandıran bu sinirler internal anal sfinkteri inhibe
ederler.
Sematik sinirlerin gastrointestinal dokular üzerindeki etkileri ise parasematikler ile zıtlık
gösterir. Sematik sinirler özofagus hareketlerini azaltır, kardiyak sfinkteri kasılmaya sevk eder,
mide hareketlerini yavaşlatır, pylorik sfinkterin kasılmasına yol açar, bağırsak hareketlerini
inhibe eder, ileocecal ve internal sfinkterlerin kasılmalarını sağlar.
Özetleyecek olursak, parasematik sinirler besin maddelerinin özofagustan anusa doğru ilerlemelerini ve artıkların anustan dışarı atılmalarını kolaylaştıracak yönde etki yaparken, sematik sinirler bu ilerlemeyi engelleyecek şekilde fonksiyon yaparlar. Otonom sinir sisteminin gastrointestinal bezlerin sekresyonu üzerindeki etkileri de şu şekilde olmaktadır: Parasematik sinirlerin uyarımı tükrük, mide, safra, pankreas ve bağırsak sekresyonlarını arttıran yönde etki ederken, sematik uyarım bu sekresyonları azaltır.
