İkinci Dünya müharibəsindən sonrakı illərdə Azərbaycan futbolçuları xarici ölkələrdə əsasən “Neftçi”nin timsalında tanınıblar. Azərbaycan müstəqilliyini elan edən kimi futbol məmurlarının gördüyü ilk iş I Milli Çempionatı keçirmək oldu. AFFA-nın təşkil etdiyi ilk Azərbaycan çempionatında 26 komanda iki yarımqrupda mübarizəyə başladı. İlk milli çempionatda qalib gələn “Neftçi”ilk Azərbaycan çempionu kimi tarixə düşdü.
Müstəqillik dövrü Azərbaycan futbolu üçün Avropa kuboklarında iştirak etmək imkanı da yaratdı. 1994-cü ildə qitədə debüt edən klublarımız arasında “Neftçi” ilk xalı qazanmaqla tarixə düşüb. 1994/95 mövsümündə “Apoel”lə (Kipr) Sumqayıtda keçirilən cavab görüşü 0:0 hesabı ilə nəticələnib. 1995/96-da isə ilk matçda Bakıda “Lokomotiv” (Sofiya, Bolqarıstan) üzərində 2:1 hesabı ilə qələbə qazanan “Neftçi” klub turnirlərində ilk qələbəmizi qeyd etdi. 2004/05 mövsümündə isə Çempionlar Liqasında iştirak edən komandamız tarixində ilk dəfə olaraq Avropa kuboklarında ilkin mərhələni geridə qoydu. “Neftçi” Bosniya və Hersoqovinanın “Şiroki Briyeq” klubuna səfərdə 1:2 (qol: Zaur Tağızadə) hesabı ilə uduzsa da, Bakıda 1:0 (Emin Quliyev) qalib gələrək ikinci mərhələyə keçdi. Burada isə rəqib Rusiyanın MOİK (Moskva) klubu oldu. Tofiq Bəhramov adına stadiondakı ilk matçda hesab açılmasa da, Moskvada MOİK 2:0 hesabı ilə qalib gəldi. 2005-ci il də komandamız üçün uğurlu başladı. MDB və Baltikyanı ölkələrin çempionları arasında keçirilən “Birlik kuboku”nda Azərbaycanı təmsil edən “Neftçi” ölkəmizin tarixində ilk dəfə olaraq turnirin finalına yüksəldi. Həlledici matçda Rusiya “Lokomotiv”i 2:1 hesabı ilə qalib gəlsə də, gümüş medal da uğur sayıldı. Xüsusilə də, 1/4 finalda əbədi düşmənimiz Ermənistan çempionu “Pünik” üzərində 2:0 hesablı qələbə azarkeşlər tərəfindən böyük coşqu ilə qarşılandı. 2006-cı il bir il əvvəlki ilə müqayisədə daha uğurlu alındı. “Birlik kuboku”na daha iddialı yollanan komandamız 2006-cı ildə komanda “Birlik kuboku”nu Bakıya gətirdi. Bu dəfə də biabır olmaqdan qorxan ermənilər komandamızla qarşılaşmadan imtina edərək turnirdə iştirakını yarımçıq dayandırdılar. “Neftçi” isə finalda da “Kaunas”a (Litva) qalib gələrək (4:2) futbol tariximizdə ilk dəfə olaraq bu kuboku qazandı.
