Onlar mikro və mezofaunanın, mikroorqanizmlərin sayını və fəaliyyətini tənzimləyirlər. Beləliklə, ölü örtüyün parçalanaraq mineral torpağa qarışmasını təmin edirlər. Mezo-makrofauna fəaliyyətləri ilə digər torpaq canlıları üzərində təsirli olan mikrohabitatlar yaradırlar. Bu qrup ümumiyyətlə qarışqalar, termitlər və qurdlardan ibarətdir və digər orqanizmlərin qida ehtiyatlarından faydalanma qabiliyyətini birbaşa və ya dolayı yolla idarə etdikləri üçün onlara ekosistem mühəndisləri də deyilir.
1 mm-dən kiçik mikrofauna torpaq faunasının ən kiçik canlılarıdır və yalnız mikroskopla görünə bilər. Mikrofauna qrupunun iki ən mühüm torpaq canlısı nematodlar (dəyirmi qurdlar) və protozoa (birhüceyrəli orqanizmlər) dir. Hərəkət etmək üçün hissəcikləri əhatə edən nazik su təbəqələrini tələb edən yuvarlaq qurdlar, xüsusilə qumlu torpaqlarda yaygındır. Təkhüceyrəli protozoa kiçikdir və müxtəlif formalara malikdir. Enerjilərini üzvi karbon mənbələrindən alırlar və parçalanmış üzvi maddələrin kiçik hissələri, bakteriyalar və digər kiçik canlılarla qidalanırlar. Onlar torpaq ekosistemində ən çox bakteriya yaradan canlılardır. Protozoa torpaq ekosisteminin mühüm qrupudur. Otyeyən (onlar ot yeyənlər, bakteriyalar və digər ilkin istehsalçılarla qidalanırlar) protozoa parçalayıcıdır və üzvi maddələrin parçalanma dövrünü təmin edir.
Torpaqlarda da üç əsas mikrofauna növü vardır. Bunlar bakteriya, göbələk və viruslardır. Bakteriyalar, adətən mm-nin 1/1000-i (1 mikronmetr) olan tək hüceyrədən ibarət kiçik orqanizmlərdir. Torpaqda çoxlu sayda və müxtəlif bakteriya var. Bir çay qaşığı münbit torpaq adətən 100 milyon ilə 1 milyard arasında bakteriya ehtiva edir. Bu, hər iki hektardan bir inəyin kütləsinə bərabərdir. Hər hektar torpaqda bir ton mikroskopik bakteriya aktiv ola bilər. Karbon və enerji təmin etmək üçün torpaqda canlı və ölü maddələrə ehtiyacı olan göbələklər torpaqda çox olur. Göbələklərin ən mühüm rolu onların hüceyrədənkənar fermentləri ilə üzvi maddələrin parçalanmasını təmin etməkdir. Torpaq göbələkləri arasında mikoriza göbələkləri xüsusi yer tutur. Bütün bitkilərin təxminən 80-90 faizi hif şəbəkələrini meydana gətirərək simbiotik mikorizal göbələk əlaqələri yaradır. Hiflər əksər bitki kökcüklərinin diametrinin 1/60-ı qədərdir və bitkinin istehsal etdiyi şəkərlər müqabilində bitkiyə azot, fosfor, mikroelementlər və su əldə etməyə kömək edir. Viruslar torpaqda yaşayan ən kiçik, ən sadə canlılardır. Bütün viruslar parazitdir, yəni digər flora və faunada yaşayırlar. Torpaq virusları böyük əhəmiyyət kəsb edir, çünki onlar həm genləri anadan ev sahibinə ötürmək qabiliyyəti ilə, həm də mikrob ölümünün potensial səbəbi kimi torpaq bioloji icmalarının ekologiyasına təsir göstərə bilirlər. Torpaqda bir sıra bitki, həşərat və insan viruslarına rast gəlmək olar. Virusların sayına təsir edən torpaq şəraiti rütubət, torpaq aqreqatlarının və struktur vahidlərinin səthləri, bitkilərin kök sistemləridir.