Qaraqoyunlu dövlətinin yaranması 24 may 1388 - Qara Məhəmmədin başçılıq etdiyi Qaraqoyunlu tayfasının qoşunları Teymurun müttəfiqi olan Cəlairi əmirlərinin müqavimətini qıraraq Təbrizə daxil olublar. Bu, Qaraqoyunlu qüvvələrinin Teymurun hökmranlığına qarşı ilk uğurlu döyüşü idi. 1408-ci ildə Teymurilər Azərbaycandan qovuldu, 1410-cu ildə isə Qaraqoyunlu dövlətinin yarandığı elan edildi.
Tanınmış Qaraqoyunlu hökmdarları Qara Məhəmməd (1380-1389), Qara Yusif (1390 – 1420), Qara Isgəndər (1420 – 1435), Cahan Şah (1435 – 1467) olmuşdur.
Qaraqoyunlu sülaləsinin banisi Baharlı tayfasından olan Bayram Xoca olmuşdur. Qaraqoyunlu tayfa ittifaqı hakimiyyətinin əsası 1380 - 1389-cu illərdə Qara Məhəmməd tərəfindən qoyulmuşdur. 1387-ci ilin yazında, Çapaqcur döyüşündə Qara Məhəmməd Əmir Teymurun hərbi qüvvələrini məğlub etdi. Lakin onun ölümündən sonra Əmir Teymurun orduları Qaraqoyunlu birliyinin mərkəzi olan Van şəhərini tutdular.
Qara Yusif dövrü Qaraqoyunlu dövlətinin banisi isə Qara Yusif olmuşdur. Teymurilər və Cəlairilərlə gərgin mübarizədə Qara Yusif Azərbaycandan başqa Ermənistan, Şərqi Gürcüstan, Ərəb və fars İraqını və həmçinin digər kiçik malikanələrin ərazilərini öz sərhədləri daxilində birləşdirən nəhəng bir dövlət yaratmağa nail olub. Tayfa ittifaqı kimi fəaliyyət göstərən qaraqoyunlular Teymurun hakimiyyətində olan Təbrizi ələ keçirtməyə çalışırdılar. 1394-cü ilin yayında Teymurun ordusu Bağdad yaxınlarında qaraqoyunlu və cəlayirli birləşmiş qoşunlarını məğlub edir. Bu məğlubiyyətdən sonra çarəsiz qalan Qara Yusif (1389-1420) cəlairli Sultan Əhmədlə birlikdə Osmanlı Sultanı İldırım Bəyazid in (1389-1402) himayəsinə girir.Teymur bu iki lideri geri tələb etsə də, İldırım Bəyazid bundan qəti surətdə boyun qaçırır. Qara Yusif vəziyyəti daha da gərginləşdirmək istəmədiyi üçün Osmanlı dövlətini tərk edərək, öz adamlarını ətrafında toplayır və Teymur əleyhinə ittifaq yaratmaq məqsədilə Sultan Əhməd Cəlairilə birlikdə Misirə getdi. Misir məmlük sultanı Berkuk onları yaxşı qarşılasa da onun varisi Fərəc Əmir Teymurun əmri ilə Qara Yusiflə Sultan Əhməd Cəlairini həbs etmişdi. Əmir Teymurun ölümündən sonra Qara Yusiflə Sultan Əhməd Cəlairi Azərbaycana qayıtdılar. Təbrizdə möhkəmlənən Sultan Əhməd ilk növbədə Əmir Teymura qarşı mübarizədə qətiyyətlə müqavimət göstərmiş Əlincə qalasının bərpa edilməsi və vergiləri azaltmaq haqqında fərman verdi.
Teymurun Azərbaycana hakim təyin etdiyi Miranşahın oğlu Əbubəkr Təbrizə yaxınlaşanda şəhər əhalisi Sultan Əhməd Cəlairiyə köməklik göstərmədi. Sultan Əhməd Bağdada qaçdı. Təbrizlilərin köməyinə yetişən Qara Yusif 1406-cı ilin payızında Şənbi Qazan yaxınlığında Əbubəkrlə təkbətək döyüşdə onu yendi və Teymuri ordularını darmadağın etdi. 1408-ci ildə Təbriz yaxınlığında, Acıçay (Sərdrud) sahilində oğlu Əbubəkrin qisasını almağa gələn Miranşahın ordusu da Qara Yusif tərəfindən 1408-ci ildə darmadağın edildi və Miranşah öldürüldü. Teymurilərin Azərbaycanda hakimiyyətinə son qoyuldu.
Keçmiş müttəfiqi Qara Yusifin nüfuzunun artmasından qorxuya düşən Sultan Əhməd Cəlairi Şirvanşah İbrahimlə ittifaqa girdi. Şirvanşah İbrahim Sultan Əhmədə oğlu Kəyumərsin başçılıq etdiyi hərbi dəstə göndərdi. Lakin onların birləşməsinə imkan verməyən Qara Yusif Kəyumərsin başçılıq etdiyi ordunu darmadağın etdi, onun özünü isə əsir aldı. Kəyumərsin cavanlığına qıymayan Qara Yusif onu azadlığa buraxsa da, doğma atası Kəyumərsini guya Qara Yusiflə işbirliyində suçlayaraq edam etdirdi. Qara Yusif 1410-cu ildə II Şənbi-Qazan döyüşündə Sultan Əhmədi məğlubiyyətə uğratdı. 1410-cu ildə paytaxtı Təbriz şəhəri olan, Şirvanşahlar dövləti istisna olmaqla bütün Azərbaycan torpaqlarını, indiki Türkiyə Cümhuriyyətinin şərq əyalətlərini, indiki Gürcüstanın şərqini (Borçalını), indiki Ermənistanı, Qərbi İran və İraqı əhatə edən Azərbaycan - Qaraqoyunlu dövləti yarandı. Dövlətin paytaxtı Təbriz şəhəri seçilir.Ali idarəçilik Qara Yusifdə olsa da, təngələrdə (pullarda) oğlu Pirbudağın adı göstərilirdi.
Şirvanşah I İbrahimin oğlu Kəyumərsi qoşunla Sultan Əhməd Cəlairiyə yardıma göndərməsi onunla Qara Yusif arasında düşmənçiliyə gətirib çıxarmışdı. I İbrahim Şəki hakimi Seyid Əhməd və Kaxetiya çarı II Konstantinlə birlikdə Qara Yusifə qarşı koalisiya yaratdı. 1412-ci ilin payızında Şirvanşah və onun müttəfiqlərinin birləşmiş qüvvələri ilə Qara Yusifin qoşunu arasında Kür çayı sahilində bir ay davam etmiş döyüş oldu. I İbrahim, Seyid Əhməd və II Konstantin məğlub olaraq əsir düşdülər. Şirvanşah İbrahimi taxtda öz yanında oturdan Qara Yusif onu 1200 İraq tüməni bac ödətdirdikdən sonra əsirlikdən azad etdi. Lakin İbrahim Qara Yusifdən vassal asılılığını qəbul etmək müqabilində Şirvanı idarə etmək hüququ da aldı. Lakin ona qoşularaq Qara Yusifə qarşı çıxmış müttəfiqlərinin aqibəti daha acınacaqlı oldu. Seyid Əhməd və 300 gürcü aznauru ilə birlikdə II Konstantin edam edildilər. Hələ 1407-ci ildə gürcü dəstələrini öz ərazilərindən qovmuş Borçalı türkləri 1416-cı ildə Qara Yusifin hakimiyyətini tanıdılar. Borçalıda möhkəmlənən Qara Yusif Üç qalanı (gürcücə Samtsxe) da tutdu.