Yodda tuting. Bobur yosh bo’lganligi uchun davlat ishlarini ishonchli beklardan Hojiqozi va o’qimishli, oqila onasi Qutlug’Nigorxonim yordamida boshqarardi.
Bobur Mirzoning siyosat maydoniga chiqishi Temuriylar saltanatida harbiy-siyosiy vaziyat nihoyatda og’irlashgan sharoitga to’g’ri keldi. Bu holat Farg’onadagi siyosiy vaziyatda ham o’z ifodasini topdi. Chunonchi, 1494-yili Bobur Mirzoning amakisi Sulton Ahmad Mirzo Farg’ona ustiga yurish boshladi. Samarqand qo’shini Quvasoy ko’prigidan o’tayotganda falokat yuz beradi. Ko’prik sinib, natijada ko’p kishi suvga g’arq bo’ladi. Buning ustiga otlarga o’lat tegadi, qo’shin orasida vahima va sarosimalik ham boshlanadi. Ayni paytda mahalliy xalq g’animlarga qaqshatqich zarba bera boshlaydi. Chorasiz qolgan Sulton Ahmad Mirzo Samarqandga qaytib ketadi. Oradan ko’p vaqt o’tmay Bobur Mirzoning tog’asi-Toshkent hukmdori Sulton Mahmudxon Farg’ona ustiga yurish boshlaydi va Axsi qo’rg’onini qamal qiladi. Biroq Sulton Mahmudxon qanchalik urinmasin, Axsini olishga qurbi yetmadi. Axsi himoyachilarining mardonavor kurashayotganini ko’rgan Sulton Mahmudxon ham Toshkentga qaytishga majbur bo’ldi. Sulton Ahmad Mirzo Samarqandga yetmasdan yo’lda to’satdan vafot etadi. 1495-yilning yanvarida Samarqand taxtiga Sulton Mahmud Mirzoning ikkinchi o’g’li Boysung’ur Mirzo (1495-1497) o’tqazildi. Shunday qilib, Andijonda Bobur Mirzo, Samarqandda Boysung’ur Mirzo, Toshkentda Sulton Mahmudxon, Hirotda esa Sulton Husayn Boyqaro hukmron edilar. Bobur Mirzo ham barcha taxt da’vogarlariga xos xususiyatlardan xoli emasdi. U ham saltanat tuzish, buning uchun, avvalo, ulug’bobosi Amir Temur saltanatining markazi-Samarqand taxtini egallash ishtiyoqi bilan yonar edi. Tez orada Boysung’ur Mirzo bilan ukasi Sulton Ali Mirzo o’rtasida toj-u taxt uchun kurash boshlandi. Bundan xabar topgan Bobur Mirzo 1496-yilning 17-iyunida qo’shini bilan Samarqand qamaliga tutinadi. Qamalda Boysung’urga qarshi uning akasi Buxoro hukmdori Sulton Ma’sud Mirzo va ukasi Sulton Ali Mirzolar ham qo’l ko’tardilar. Ayni paytda, Bobur Mirzo tog’asi-Toshkent hukmdori Sulton Mahmudxondan yordam oladi. Biroq qish yaqinlashib qolganligi tufayli ittifoqchi shahzodalar Samarqand qamalini to’xtatib, yurtlariga qaytishga majbur bo’ldilar. 1497-yilning may oyida Bobur Mirzo ikkinchi marta Samarqandga yurish boshlaydi va ikkinchi marta Samarqand qamali boshlanadi. Bu vaqtda shahar ichida oziq-ovqat tanqisligi yuz bergani tufayli Boysung’ur Mirzo askarlari orasida parokandalik ro’y beradi. Qamalga bardosh berishga ko’zi yetmagan Boysung’ur Mirzo Dashti Qipchoq hukmdori Shayboniyxondan yordam so’raydi. Shayboniyxon qulay fursatdan foydalanib, tez orada Samarqandga kelib, Bobur Mirzo qarorgohining ro’parasiga joylashadi. Bobur Mirzo bor askari bilan Shayboniyxonga qarshi chiqishga shaylandi. Kutilmaganda Shayboniyxon shahar ichkarisiga qarab yurdi, biroq Boysung’ur uni shahatga kiritmadi. Boysung’ur uni shahar tashqarisida bo’ladigan jangda ittifoqchi bo’lishga taklif qilgan edi. Bundan ranjigan Shayboniyxon qo’shini bilan Turkistonga qaytib ketdi. Shunday bo’lsa-da, Shayboniyning Samarqandga kelishi behuda ketmadi. U bu yerga yana qaytishni, qaytganda ham qanday kuch bilan qaytishi zarurligini bilib oldi. Ikkinchidan, u temuriyzodalarning ahvoli, o’zaro urushlar oqibatida nochor holatga tushib qolganligini ko’rib qaytdi. Samarqand qamali 7 oydan ziyod davom etdi. Shayboniyxondan yordam ololmagan Boysung’ur Mirzo kam sonli qo’shini va yaqinlari bilan Qunduz hukmdori Xusravshoh huzuriga qochdi. Bobur Mirzo 1497-yilning noyabr oyi oxirida Samarqand taxtini egallashga muvaffaq bo’ldi. Biroq bu hol uzoqqa bormadi. Boburning Andijonga yuborgan ishonchli begi Uzun Hasan Boburning dushmani Ahmad Tanbal bilan til biriktirib, Boburning ukasi Jahongir Mirzoni Andijon taxtiga o’tqazish harakatiga tushgan edilar. Ular o’z maqsadlariga erishdilar ham. Vujudga kelgan harbiy-siyosiy tanglikni tushungan Bobur Mirzo qanday bo’lmasin Andijonni saqlab qolishga qaror qildi va Samarqandni yuz kun idora etgandan song uni tark etishga majbur bo’ldi. Samarqand taxtini Sulton Ali Mirzo egalladi. Ayni paytda, Bobur Mirzoning kichik ukasi Nosir Mirzo Andijonga hujum qildi va Uzun Hasan hukmronligiga barham berib, hokimiyatni Bobur Mirzoga topshirdi. Biroq vaziyat hamon og’irligicha qolaverdi. Chunonchi, Jahongir Mirzo hali taxt da’vosidan voz kechmagan edi. Qolaversa, Ahmad Tanbal ham hamon uni qo’llab-quvvatlayotgan edi. Nihoyat, 1500-yilda Bobur Mirzo bilan Jahongir Mirzo o’rtasida sulh tuzildi. Unga ko’ra, Sirdaryoning shimoliy tarafi Axsi shahri bilan Jahongir Mirzoga, daryoning janubiy tomoni Andijon shahri bilan Bobur Mirzoga berildi. Temuriylar saltanatining boshqa qismlarida ham Farg’onadagi kabi toj-u taxt uchun kurash davom etardi. O’sha davr tarixchisi Muhammad Solih yozganidek, "Hamma bir-biridan qo’rqar edi. O’zlancha shohlik talab qilib mamlakatda ig’vo urug’ini sochardilar". Temuriylar saltanatida,boshlangan toj-u taxt uchun ayovsiz kurash oqibatida saltanat inqirozga yuz tutdi. Natijada, ko’pdan buyon Temuriylar saltanati hududlarini egallashni o’z oldiga maqsad qilib qo’ygan Muhammad Shayboniyxonning Movarounnahr va Xurosonru egallab olishi uchun qulay sharoit vujudga keldi.