Çöpün toplanması için izlenecek aşamalar, yolculuk sırasında nelerin gemiden atılıp atılmayacağına ve liman tesisine verirken çöp türlerine göre tekrar kullanma ve geri dönüşüme uygunluğa bağlıdır. Toplandıktan sonra ayırma işlemini azaltmak ya da önlemek için, toplanırken ayrıştırmak amacıyla çöp bidonlarının kategorileri belirgin şekilde üzerlerine işaretlenmelidir.
Bu bidonlar aşağıdaki kategorilerde olmalıdır.
Plastikler ve içinde plastik olan çöpler
Yemek çöpleri
Pişirme yağları
Evsel atıklar, operasyonel atıklar ve geri dönüştürülebilir ya da tekrar kullanılabilir malzemeler (Kağıt ürünleri, üstüpü, cam, metal kutular, ahşap, porselen v.b.)*
Yağ üstüpüleri ve diğer yağlı malzemeler (gemiye ya da mürettebata zarar verebilecek çöpler)
Yük atıkları
Tıbbi atıklar
Hayvan ölüsü canlı hayvan taşımacılığında kullanılan yatakları da içererek (hastalık riski sebebiyle) canlı hayvanların bulunduğu alanların drenajları hariç tutularak (gemi tipine göre gerekli olabilir)
*Her geri dönüştürülebilir ve tekrar kullanılabilir malzeme için ayrı çöp bidonu kullanılabilir.
Petrol ürünlerinden oluşan çöplerin Ek 1’e göre tanzim edileceği göz önüne alınmalıdır. Güvertede ve makine dairesinde çöp toplanması için boş boya kutuları ve fıçılar kullanılabilir. Fakat bu kutular mutlaka sıkı kapaklar ile kapatılacaktır. Bütün çöp kutuları kaybı, saçılmayı ve kutudaki çöplerin kaybolmasını önleyecek şekilde emniyete alınmalıdır. Bütün çöp toplama bidonlarının tipleri içindeki çöp tipine göre açıkça işaretlenmelidir. Mürettebatın bu çöp bidonlarının, toplanması ya da boşaltılması ve uygun işleme ya da depolama için alınması konusunda görevleri tanımlanmalıdır.
Plastikler;
Plastikler bunlarla sınırlı kalmamakla beraber denizcilikte paketlemede (buhar geçirmez bariyerler, şişeler, konteynırlar, astar, poşet, kargo ambalaj malzemesi, köpük tampon malzemesi, vb.), gemi yapısında (fiberglas ve lamine yapılar, dış kaplama, boru, izolasyon, yer kaplama, yapılar, boya ve yüzey, yapıştırıcılar, elektrikli ve elektronik elemanlar, vb), tek kullanımlık yemek araçlarında (köpük tabak, kase, gıda kapları, bardak vb), ambalajlar, kaplama, şamandıralar, balık ağları, misina, bağlama bantları; sentetik elyaf kılıflı tel halat, kombine tel halat, halat, kablo; yelkenler; ve birçok diğer plastikten üretilen ürünlerde kullanılmaktadır. MARPOL Ek V Kural 3.2 gereği plastiklerin denize deşarjı yasaktır.
Yemek çöpleri;
Bazı ülkeler, dışarıdan gelen yemek atıklarının ve bunların malzemelerinin (yemek ambalajları ve tek kullanımlık yemek araçları v.b. gibi) insan, hayvan ve bitkilere verdiği zararları önlemek için kurallar konulmuştur. Bu kurallar, hastalık yapan organizmaları ortadan kaldırabilmek için çöplerin yakılması, sterilize edilmesi, iki kat poşetleme veya muhtemel virüs ve hastalığı bertaraf etmek için başka çöp arıtma işlemleri yapılmasını isteyebilir. Bu tür çöpler öteki çöplerden ayrı tutulacak ve gemi limanda atık alım tesisine deşarj yaparken çöpü alan ülkenin kurallarına uygun hareket edecektir.