Hayatın erken dönemlerinde başta virüsler olmak üzere çeşitli mikroorganizmalara maruz kalma mukozal bağışıklık sisteminin olgunlaşması ve immün toleransın sağlanması için önemlidir.
Sadece bazı patojen mikropların varlığı değil, bağırsak mukozasında bulunan normal flora mikroplarının varlığı da mukozadaki normal immün toleransın sağlanmasında ve şekillenmesinde önemli roller oynarlar.