Antoni van Levenhuk 1632-ci ildə Niderlandın Delft şəhərində orta sinifə aid səbət ustası Filips Toniszonun (nid. Philips Thoniszoon) ailəsində anadan olmuşdur. Anton özünə evinin yaxınlığındakı yerləşmiş "Şir darvazası"nın nid. Leeuwenpoort adına "huk" (nid. hoek mənası künc, bucaq, tin deməkdir) hissəciyi əlavə etməklə soyadı götürmüşdür.
Anton 6 yaşında olarkən atası vəfat edir. Anası Marqaret van Berç nid. (Grietje van den Berch) onu Leyden ətrafındakı gimnaziyaya oxumaıa göndərir. Əmisi ona riyaziyyat və fizikadan dərs vermişdir. 1648-ci ildə Antoni mühasibatçılıq oxumaq məqsədi ilə Amsterdama gələrək oxumaq əvəzinə qalanteriya dükanında işə düzəlia vəfat edir. O, Delfin qədim kilsəsində dəfn edilmişdir
