Evolyusion jarayonning o’rganish metodlari. T. I.: «uch parallel uslubi», morfologik, embriologik va paleontologik usullar, biogeografik va sistematik usul, genetik, molekulyar biologik va immunologik usullar

1) ma’lumotlarning yetarli emasligi. Ko’pchilik turlar ochilgan vaqtda taksonomist qo’lida bu tularga tegishli material miqdori cheklangan bo’ladi. Ushbu material tur individual rivojlanishining va fenotipik o’zgarishlarining barcha hollarini o’zida aks ettirmaydi. Bu esa turni ajratib olishda qiyinchilik, ishonchsizlikka sabab bo’ladi.

2) jinssiz ko’payish. Biologik konsepsiyada panmiksiya asosiy o’rinda ekan, jinssiz ko’payishning har qanday ko’rinishi mavjud turlarda bu konsepsiyani qo’llashda metodologik qiyinchilikni keltirib chiqaradi. Lekin ko’pincha jinssiz ko’payuvchi turlar orasida keskin morfologik farqlar bo’ladi.