Biologiyaning muhim yutuqlaridan biri – tirik organizmlarning tabiiy sistemasining yaratilishidir, ya’ni turli shakllarning qarindoshlik darajasini aniqlanishi va ularni ketma-ket keladigan tartibli qatorlar ko’rinishidagi guruhlarga joylashtirishdir. Bunda aniqlanadigan evolyusion yoki qarindoshlik aloqalari sxemasi filogeniya yoki evolyusion daraxt deb nomlanadi. Filogenetik aloqalarni aniqlash va bu munosabatlarni aks ettiradigan grafik chizmasini yaratish filogenetik sistematika yoki kladistika deb ataladigan fanning predmeti hisoblanadi. Turli taksonlarning genetik umumiyligiga asoslangan o’xshashliklar gomologiya deb nomlanadi, konvergensiya tufayli tashqi qiyofaning o’xshashligi esa analogiya yoki gomoplaziya deb nomlanadi. Polifiletik taksonga misol qilib uchuvchi hayvonlarni olish mumkin. Qushlar, ko’rshapalaklar va hasharotlarning qanotlari gomoplaziyaga misoldir, ya’ni qarindosh bo’lmagan, analogik organlardir. Bu polifeletik taksonning a’zolarida qanotlar evolyusiya davomida mustaqil, har birida o’ziga xos yo’l bilan hosil bo’lgan. Monofiletik guruhlarda filogenetik munosabatlarni rekonstruksiyalashda faqat gomologik organlardan foydalanish zarur Turlar yoki turlar guruhlari orasidagi munosabatlarni aniqlashda kladistik usullarning qo’llanilishi dixotomik shoxlangan iyerarxik sxema (chizma) - filogenetik daraxt tuzish imkonini beradi. Bu chizmaning iyerarxik tavsifi turlarni yirikroq birliklarga, ularni esa yanada kattaroq birliklarga birlashtirilishini anglatadi. Masalan, krevetkaning qaysidir bitta turi qisqichbaqasimonlarga, qisqichbaqasimonlar esa jag’lilarga, jag’lilar esa bo’g’imoyoqlilar guruhiga, bo’g’imoyoqlilar esa hayvonlar guruhiga birlashtiriladi. Iyerarxik chizma oddiy jadvalni eslatadigan filogenetik sistema shaklida ham ifodalanishi mumkin: Filognetik daraxtni to’g’ri tuzish katta informasiya beradi. 1-rasmda turlar yoki yuqori taksonlarning o’zaro munosabati chiziqlar orqali ko’rsatilgan, har bir juft opa-uka taksonlar uchun sinapomorfiylar ko’rsatilgan. Bundan tashqari, «asos» turning autapomorfiylari gipotetik ajdod forma qiyofasini tasavvur qilish imkonini beradi va keyinchalik uni qazilma qoldiqlar (agar bunday topilmalar mavjud bo’lsa) bilan taqqoslash mumkin. Zamonaviy kladistikaning maqsadi taksonlar orasidagi filogenetik aloqalarni aniqlashdan iborat. Monofiletik taksonlar va ularning filogenetik sistemadagi o’rni aniqlangandan keyin taksonlar o’rtasidagi iyerarxik munosabatlar aniq bo’lib qoladi.
