Xususiy ilmiy metodlar– materiya harakatining asosiy shakliga mos bo‘lgan muayyan fanda qo‘llaniladigan bilish usullari, tamoyillari, tadqiqot usullari va tartib-taomillari majmui. Mexanika, fizika, kimyo, biologiya va ijtimoiy-gumanitar fanlarning metodlari shular jumlasidandir.
Fan metodlari – ma’lum fan tarmog‘iga kiruvchi yoki fanlar tutashgan joyda vujudga kelgan muayyan fan sohasida qo‘llaniladigan usullar tizimi. Har bir fundamental fan, mohiyat-e’tibori bilan, o‘z predmetiga va o‘ziga xos tadqiqot usullariga ega bo‘lgan sohalar majmuidir.
Fanlararo tadqiqot metodlari–asosan fan sohalari tutashgan joyda amal qiladigan (metodologiyaning turli darajasi elementlarini birlashtirish natijasida yuzaga kelgan) bir qancha sintetik va integrativ usullar majmui. Mazkur metodlar kompleks ilmiy dasturlarni amalga oshirishda keng qo‘llaniladi.
Metodologiyaga faqat metodlarni emas, balki tadqiqotni ta’minlovchi boshqa vositalarni ham o‘rganish xos. Tamoyil, qoida va ko‘rsatmalar, shuningdek, kategoriya hamda tushunchalar mana shunday vositalar jumlasiga kiradi. Nomuvoziy, beqaror dunyo sharoitlarida voqelikni metodologik o‘zlashtirishning o‘ziga xos vositalarini ajratish fan rivojlanishining «postnoklassik», deb nomlangan hozirgi bosqichida ancha dolzarb ahamiyat kasb etmoqda.
Xususiy fanlar metodlarining o‘ziga xos xususiyatlari moddiy ifodasini topgan bilish vositalari: mikrofizikada zarralarni tezlatgichlar, tibbiyotda a’zolar faoliyatini qayd etuvchi turli o‘lchagichlar va shu kabilar hozirgi zamon metodologik tadqiqotining muhim tarkibiy qismi hisoblanadi.
Ijtimoiy-gumanitar fanlar metodlari.Ijtimoiy-gumanitar fanlarda kuzatish natijalari ko‘p jihatdan kuzatuvchining shaxsiga, uning hayotiy qarashlariga va boshqa sub’ektiv omillarga bog‘liq bo‘ladi. Mazkur fanlarda oddiy (odatdagi) kuzatish (faktlar va hodisalar chetdan turib qayd etiladi) va ishtirokchilikka asoslangan (ichdan turib) kuzatish (bunda tadqiqotchi ma’lum ijtimoiy muhitga qo‘shiladi, unga moslashadi va hodisalarni «ichdan» tahlil qiladi) farqlanadi. Psixologiyada kuzatishning o‘z-o‘zini kuzatish (introspeksiya) va empatiya (boshqa odamlarning ruhiy kechinmalariga kirib borish, ularning ichki dunyosi–sezgilari, fikrlari, xohish-istaklarini tushunishga intilish va h.k.) farqlanadi.