Tarixi coğrafiyası Atropatenanın ərazisi indiki Güney Azərbaycan vilayətlərini, Azərbaycan Respublikasının bəzi ərazilərini və İran Kürdüstanının bir hissəsini əhatə edirdi.
Pəhləvi dilində yazılmış "Şatristanhaye İran" əsərində deyilir ki, Aturpatakanın patkustına Gəncək (Qazaka), Frasyak (Fraaspa), Turkert (Tavreş) şatristanları daxildirlər. Həmin mənbədə qeyd edilir ki, Gəncək (Qazaka) şəhəri turanlı Frasiyak (sonrakı mənbələrdə Əfrasiyab, türkdilli mənbələrdə isə daha çox Alp Ər Tonqa adlandırılır) tərəfindən bina edilmişdir.
Midiyadan dağlar vasitəsiylə ayrılan bu ölkə, Fasiddən Hirkan dənizinə (Xəzər) kimi geniş bir ərazini əhatə edirdi[23]. Matiana ilə Midiya arasında olan bu ərazinin hüdudlarında Spavta gölü yerləşirdi. Yay iqamətgahı Qazaka, qış iqamətgahı isə Vera idi[24].
Strabon Atropatenanın sərhədləri haqqında yazır: "Bu ölkə Ermənistan və Matianadan Şərqdə, Böyük Midiyadan Qərbdə və Şimalda yerləşir. Cənubdan o, Hirkan dənizilə sərhəddir.’’
Ərəb coğrafiyaşünası İstəxriyə görə, Azərbaycan (Adurbadaqan-Atropatena) Guhistan (Gilan) və Xəzər dənizi, Qərbdən Ermənistan (Şərqi Anadolu), Şimaldan Allan (Qafqaz Albaniyası), Qabk dağları (Qafqaz dağları), İraq Cəzirəsi ilə həmsərhəddir. Buradan məlum olur ki, müəyyən dövrlərdə Atropatenanın sərhəddi Qafqaz dağlarına qədər uzanmışdır.
Orta əsr ərəb coğrafiyaşünası İbn Haqvəlin yazdığına görə: "...bu ölkəni Şərqdən Cibal və Deyləm, həmçinin Xəzər dənizinin Qərb sahilləri, Qərbdən Ermənistan və Cəzirənin (Mesopotomiyanın) bir hissəsi, Şimaldan allanlar (Qafqaz albanları) və Qafqaz dağları, Cənubdan İraq hüdudları və Cəzirənin Şərq hissəsi əhatə edirdi. Bundan başqa İbn Haqvəl Ərməniyyə, Qafqaz Albaniyası və Atropatenanı bir iqlim hesab edir.
Atropatenanın parflar, ermənilər və suriyalılar kimi qonşuları olmuşdur. Atropatena hökmdarları yeri gəldikdə onlarla qohumluq əlaqələri də yaradırdılar.
Mərkəzi hakimiyyət üçün ağır olan illərdə Mada satrapı olduqca müstəqil bir siyasət yeridirdi; XI və XIV satraplıqlara daxil olan torpaqları öz əlinə almışdı. Atropat həmin satraplıqların sakinləri ilə müəyyən müttəfiqlik münasibətləri yaratmışdı. Məhz buna görə də kadusilər farslara boyun əyməyərək Qavqamela vuruşmasında bütün Əhəməni dövlətinin müttəfiqləri kimi yox, ancaq madalıların müttəfiqləri kimi çıxış edirdilər (madalılarla "birləşdirilmişdilər").
Albanlar və sakesinlər də Əhəməni imperiyasının təbəələri deyil, Mada satrapının müttəfiqləri idilər. Cənubi Azərbaycanın bütün ərazisi və Şimali Azərbaycan torpaqlarının xeyli hissəsi bu və ya digər dərəcədə Atropatın hakimiyyəti altında idi.
Belə güman etməyə bəzi əsaslar var ki, hələ Mada dövləti dövründə madalıların hakimiyyəti Qərbi Zaqafqaziyanın ayrı-ayrı rayonlarına, xüsusən tarixi Gürcüstanın vilayətlərinə də yayılırdı. Maraqlıdır ki, Herodota görə, "Kolxidadan Madaya girmək çətin deyil". Yenə də həmin müəllif məlumat verir ki, skiflər "Fasis (görünür, Rioni və ya Çorox çayının – İqrar Əliyev) yaxınlığında Madaya soxulmaq" niyyətində idilər. Güman etmək olar ki, tarixi Gürcüstanın torpaqları (və ya torpaqlarının bir hissəsi) Mada satraplığının tərkibinə daxil idi və ya onun himayəsi altında idi. Polibi e.ə. III əsrin son rübünün hadisələrindən danışarkən məlumat verir ki, Atropatenanın bəzi hissələri "Fasisdən yuxarıdakı yerlərdə Pontun (Qara dənizin – İqrar Əliyev) üzərində yüksəlir, digər tərəfdən o, Hirkan (Kaspi – İqrar Əliyev) dənizinə qədər çatır". Maqnessiya ətrafındakı məğlubiyyətdən sonra Asiyada Selevkilər hakimiyyəti xeyli zəiflədi, hərçənd o zaman Selevki çarları bəzən qələbələr qazanır, hətta şəhərlər də salırdılar.
Bu ərəfədə Qərbi İranın və Ermənistan yaylasının vilayətlərində bir neçə müstəqil dövlət – Elimaida, Xarakena, Persida, I Artaşesin Ermənistan çarlığı, Sofenada, Zariadrinin Ermənistan çarlığı meydana gəlir. Özünü padşah elan edən Mada satrapı Timarx Selevkilərdən ayrıldı və hətta öz sikkəsini buraxmağa başladı. Parfiya da asılılığın daşını atdı. Beləliklə, e.ə. 160-cı ilə yaxın Selevkilər şərq satraplıqlarının demək olar ki, hamısını itirmiş oldular.
Meydana gələn erməni çarlıqları, xüsusilə Artaşesin çarlığı lap əvvəldən özlərini çox təcavüzkar aparır, qonşularına qarşı fəal qəsbkarlıq siyasəti yeridirdilər. Strabon yazır: "...Artaksinin və Zariadrinin müharibələri əvvəllər kiçik bir ölkə olmuş Ermənistanı böyütdü... Onlar birlikdə qonşu xalqların torpaqlarının bir hissəsini qoparıb mənimsədilər. Onlar midiyalılardan (atropatenalılardan – İqrar Əliyev) Kaspiananı, Favnitidanı və Basoropedanı, iberlərden Pariadr dağlarının ətəklərini, Xorzenanı və Qoqarenanı... xaliblərdən və mossiniklərdən Karenitidanı və Kseroksenanı..., kataonlardan Akilisenanı və Antitavrboyu vilayəti, suriyalılardan Taronitidanı... tutub aldılar".