Innovatsiya vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo

I-TASSER dasturiga hamda Molekulyar/oqsil modellashtirish asoschisi

Mavzuning dolzarbligi
I-TASSER oqsil funktsiyasini ma'lumotlar bazasida ma'lum oqsillar bilan maqsadli oqsilning strukturaviy modellarini struktura bilan taqqoslash orqali ligand

bog'lanadigan joyga, gen ontologiyasiga va ferment komissiyasiga izoh beradigan tuzilishga asoslangan protein funktsiyasini taxmin qilish uchun kengaytirildi. Ann Arbor Michigan universitetining Yang Zhang laboratoriyasida qurilgan bo'lib, foydalanuvchilarga ketma-ketlikni namoyish qilish va tuzilish va funktsiyalar haqida bashorat qilish imkonini beradi. Mustaqil I-TASSER to'plamini I-TASSER veb-saytida yuklab olish mumkin. Uch o'lchovli protein tuzilmalarini aminokislotalar ketmaketligidan bashorat qilish hisoblash tizimli biologiyadagi eng muhim muammolardan biridir.

Mavzuning maqsadi
Oqsillarni ma'lumotlar bazasidan egilishni aniqlash (yoki oqim) usuli yordamida tuzilish naqshlarini aniqlaydi. To'liq uzunlikdagi tarkibiy modellar almashinuvchi Monte Carlo replika modellashtirish yordamida oqim shablonidan tarkibiy qismlarni
qayta yig'ish orqali qurilgan. ITASSER umuman CASP hamjamiyati tajribalarida oqsil tarkibini bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli usullaridan biridir.
Mavzuning vazifasi
I-TASSER (I terative T hreading ASSE mbly R efinement) - bu aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalari tuzilishining uch o'lchovli modelini bashorat qilish uchun bioinformatik usul


I bob. ADABIYOTLAR TAXLILI
I-TASSER Suite Yang Chjan laboratoriyasi tomonidan oqsil tuzilishini bashorat qilish va takomillashtirish va tuzilishga asoslangan oqsil funktsiyalari izohlari uchun ishlab chiqilgan mustaqil kompyuter dasturlarining yuklab olinadigan to'plamidir.
Molekulyar biologiyada vizualizatsiya alohida rol o'ynaydi, ularning o'rganish obektlari to'g'ridan-to'g'ri kuzatish uchun murakkabligi va imkoni yo'qligi bilan ajralib turadi. Yuqoridagilarning to'g'riligi, masalan, RasMol, PyMol, I-TASSER, VMD, Shveytsariya PdbViewer va boshqalar, molekulyar modellarni vizualizatsiya qilish uchun mo'ljallangan ko'plab dasturiy paketlar bilan tasdiqlangan.
Makromolekulalar aniq uch o'lchovli tuzilmalarga katlanadilar. Nazariy jihatdan mumkin bo'lgan har qanday makromolekula olishi mumkin bo'lgan uch o'lchovli tuzilmalar soni juda katta. Ammo, fiziologik sharoitda oqsil yoki uzatiladigan RNK kabi bir makromolekula, mahalliy konformatsiya deb ataladigan yagona kam energiya hosil qiladi. Bunday makromolekulalar faqat o'zlarining tug'ilishida bo'lganlarida faol bo'ladi. Boshqa molekulalar bilan o'zaro ta'sir qiluvchi makromolekula javoban mahalliy konformatsiya biroz o'zgarishi mumkin. O'ngdagi rasmda RNK molekulasining tabiiy konformatsiyasi ko'rsatilgan. Ushbu tasvir atomlarni o'zlarining van der Waals radiusiga yaqin radiusi bo'lgan sferalar shaklida ko'rsatadi.