Innovatsiya vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo

O’ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY TA’LIM, FAN VA
INNOVATSIYA VAZIRLIGI
URGANCH DAVLAT UNIVERSITETI



TABIIY FANLAR FAKULTETI BIOLOGIYA YO'NALISHI
197-GURUH TALABASI YUSUPOVA UMIDANING
BIOINFARMATIKA FANIDAN

KURS ISHI

Mavzu: I-TASSER dasturida ishlash
Bajardi: Yusupova.U.Y


Tekshirdi: Ro’ziyeva. M.E


Urganch -2023

REJA:

Kirish.
I bob. Adabiyotlar taxlili.

II bob. Asosiy qism.
2.1. I-TASSER dasturi haqida qisqacha ma’lumot
2.2. I-TASSER server foydalanuvchilarga avtomatik ravishda oqsil tuzilishi va funktsiyalari bashoratlarini yaratish
2.3. I - TASSER va Modeller dasturlarining ishlash prinsipi RasMol dasturida oksil strukturalarining qo‘yilishi.
Xulosa.
Foydalanilgan adabiyotlar ro'yhati.

KIRISH.
Ilmiy ma'lumotlarning vizualizatsiyasi zamonaviy tadqiqotchilar tomonidan qo'llaniladigan eng keng tarqalgan usullardan biridir. Molekulyar biologiyada vizualizatsiya alohida rol o'ynaydi, ularning o'rganish obektlari to'g'ridan-to'g'ri kuzatish uchun murakkabligi va imkoni yo'qligi bilan ajralib turadi. Yuqoridagilarning to'g'riligi, masalan, RasMol, PyMol, I-TASSER, VMD, Shveytsariya PdbViewer va boshqalar, molekulyar modellarni vizualizatsiya qilish uchun mo'ljallangan ko'plab dasturiy paketlar bilan tasdiqlangan. Ko'rsatiladigan ma'lumotlarning ko'p qirrali tabiati axborotni taqdim etishning har xil usullarini talab qiladi. Ko'pgina hollarda, mavjud molekulyar grafikalar to'plamlari etarli 40 darajada va samarali emas. Kimyo molekulalarning tuzilishi bilan shug'ullanadi. Molekulalarning uch o'lchovli shakllarini bilish bizga ularning kimyosi haqida ko'p narsalarni tushunishga imkon beradi. Masalan, Jacobus Van't Hoff tomonidan 1874 yilda to'yingan uglerodning to'rtta almashtiruvchi moddasi tetraedral tizimda mavjudligi xirallikning molekulyar asoslarini tushunishga imkon berdi. Xuddi shunday, 1953 yilda Jeyms Uotson va Frensis Krik tomonidan DNK vodorod aloqalari bilan o'zaro ta'sirlashuvchi bepul nukleobazalar bilan qo'shaloq spiral hosil qilganligi, irsiylikning molekulyar asosini tushunishga imkon berdi. Ushbu ikkala kashfiyot tegishli uch o'lchovli modellarni qurish va tahlil qilishni o'z ichiga oladi. Biologik makromolekulalar odatda uchta usulda odatiy organik molekulalarga qaraganda ancha murakkabroqdir. Makromolekulalar ko'p miqdordagi kovalent bog'langan monomerik birliklardan tashkil topgan polimerlar bo'lib, ular qoldiqlar deb ataladi. Natijada, makromolekuladagi atomlar va kovalent aloqalar soni odatdagi organik molekulaga qaraganda ancha katta. Masalan, inson xujayralaridagi 14-xromosoma 87,410,661 taglik juftligini, β galaktozidazadagi

bitta polipeptid zanjiri esa 1023 aminokislotani tashkil etadi. O'ngdagi rasmda er-xotin spiral DNKning tuzilishi ko'rsatilgan. Ushbu tasvir atomlarni mayda shar shaklida va kovalent aloqalarni tayoq sifatida ko'rsatadi va shuning uchun ularni to'p-tayoq modeli deb atashadi. To'p va tayoq modeli polimerdagi alohida atomlar va qoldiqlarning holatini ko'rish imkoniyatini beradi (zinapoyadagi tizmalar individual nukleobaza juftlariga to'g'ri keladi). Biroq, to'p va tayoqcha vakili katta yoki undan ko'p sferik molekulalar uchun juda ko'p bo'ladi. Ikki dona spiral hosil qilish uchun bir-birining ustiga o'ralgan ikkita DNK ipini ko'rsatish uchun qanday rang ishlatilganiga e'tibor bering. Makromolekulalar aniq uch o'lchovli tuzilmalarga katlanadilar. Nazariy jihatdan mumkin bo'lgan har qanday makromolekula olishi mumkin bo'lgan uch o'lchovli tuzilmalar soni juda katta. Ammo, fiziologik sharoitda oqsil yoki uzatiladigan RNK kabi bir makromolekula, mahalliy konformatsiya deb ataladigan yagona kam energiya hosil qiladi. Bunday makromolekulalar faqat o'zlarining tug'ilishida bo'lganlarida faol bo'ladi. Boshqa molekulalar bilan o'zaro ta'sir qiluvchi makromolekula javoban mahalliy konformatsiya biroz o'zgarishi mumkin. O'ngdagi rasmda RNK molekulasining tabiiy konformatsiyasi ko'rsatilgan. Ushbu tasvir atomlarni o'zlarining van der Waals radiusiga yaqin radiusi bo'lgan sferalar shaklida ko'rsatadi. Modda atomlarning molekula ichidagi va atrofidagi bo'shliqni qanday to'ldirishini yaxshi ifoda etganligi sababli, bu tasvir kosmik to'ldirish modeli deb nomlanadi. Molekulaning spiral ikkilamchi tuzilishini ta'kidlash va antikodonni tashkil etuvchi uchta nukleotidni ajratib ko'rsatish uchun rang qanday 41 ishlatilganiga e'tibor bering. Agar makromolekula shunga o'xshash boshqa makromolekula yoki boshqa makromolekulalar bilan birlashishi mumkin, chunki ularning tarkibiy molekulalari ega bo'lmagan xususiyatlarga ega bo'lgan kattaroq supramolekulyar birikmalar hosil bo'lishi mumkin. Ko'pgina oqsillar dimers, trimerlar, tetramerlar yoki oligomerlar vazifasini bajaradi. Gemoglobin - bu to'rt polipeptid zanjiridan iborat

protein. Har bir zanjir gem guruhini o'z ichiga oladi va kislorod molekulasini mahkam ushlab turishga qodir. Biroq, faqat gemoglobinning tetrrameri kislorod kerak bo'lgan to'qimalarda bog'langan kislorodni chiqarishga qodir. Uyushma funktsiyasi uchun juda muhim bo'lgan yana bir misol, o'ng tomonda ko'rsatilgan molekula - OIV proteazidir. OIV proteazining ushbu ko'rinishi orqa miya atomlarining taxminiy pozitsiyalarini namoyish qilish orqali ushbu murakkab molekulaning atom tuzilishini sezilarli darajada osonlashtiradi. Ikkilamchi struktura elementlari multfilm shaklida ko'rsatiladi, bunda spirallar alfa-spiral-ikkilamchi tuzilishga ega bo'lgan oqsil qismlarini anglatadi va beta-varaqlarning individual zanjiri bo'lgan qismlar uchun o'qlar chiziladi.