Innovatsiya vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo

2.2. I-TASSER server foydalanuvchilarga avtomatik ravishda oqsil tuzilishi va funktsiyalari bashoratlarini yaratish

• 
  Kiritish
  

Majburiy:
Uzunligi 10 dan 1500 qoldiqgacha bo'lgan aminokislotalar ketma-ketligi
Ixtiyoriy (foydalanuvchi i-TASSER modellashtirishga yordam berish uchun ixtiyoriy cheklovlar va shablonlarni taqdim etishi mumkin):
--- Aloqa cheklovlari
--- Masofa xaritalari
--- Maxsus shablonlarni kiritish
--- Maxsus shablonlarni istisno qilish
--- Ikkilamchi tuzilmalar
--- Chiqish
Strukturani bashorat qilish:
--- Ikkilamchi tuzilmani bashorat qilish
--- Solventning mavjudligini bashorat qilish
--- LOMETS-dan yuqori 10 ta ipni tekislash

--- Top 5 to'liq metrajli atom modellari (Klaster zichligi asosida tartiblangan)

--- Top 10 bashorat modellari uchun tizimli eng yaqin bo'lgan PDB oqsillar
--- Bashorat qilingan modellarning taxminiy aniqligi
(shu jumladan barcha modellarning ishonch ballari, birinchi model uchun taxmin qilingan TM-Skor va RMSD va barcha modellarning qoldiq xatosi)
--- B-omilni baholash
Funktsiyani bashorat qilish:
--- Ferment tasnifi (EC) va ishonch darajasi
--- Gen ontologiyasi (GO) shartlari va ishonch ballari
--- Ligandni bog'laydigan saytlar va ishonch ballari
--- Bashorat qilingan ligandni bog'laydigan saytlarning tasviri

The I-TASSER Suite Yang Chjan laboratoriyasi tomonidan oqsil tuzilishini bashorat qilish va takomillashtirish va tuzilishga asoslangan oqsil funktsiyalari izohlari uchun ishlab chiqilgan mustaqil kompyuter dasturlarining yuklab olinadigan to'plamidir. i-TASSER litsenziyasi orqali tadqiqotchilar quyidagi mustaqil dasturlarga kirish huquqiga ega:

• 
  I-TASSER: oqsil 3D tuzilishini bashorat qilish va takomillashtirish uchun mustaqil I-TASSER to'plami.
  
• 
  Murabbiy: COFACTOR, TM-SITE va S-SITE-ga asoslangan funktsiyani izohlash dasturi.
  
• 
  Kofaktor: ligandni bog'laydigan sayt, EC raqami va GO atamasini bashorat qilish dasturi.
  
• 
  TM-sayt: ligandni bog'laydigan saytni bashorat qilish uchun tuzilishga asoslangan yondashuv.
  
• 
  S-sayt: ligandni bog'laydigan saytni bashorat qilish uchun ketma-ketlikka asoslangan yondashuv.
  
• 
  LOMETS: meta-server oqsillarini aniqlash uchun mahalliy o'rnatilgan tishli dasturlar to'plami.
  
• 
  MUSTER: ortiqcha bo'lmagan oqsil tuzilishi kutubxonasidan shablonlarni aniqlash uchun iplar dasturi.
  
• 
  SPICKER: tuzilish aldovlaridan mahalliy oqsil modelini aniqlash uchun klasterlash dasturi.
  
• 
  HAAD: oqsilli og'ir atomli tuzilmalarga vodorod atomlarini tezda qo'shish dasturi.
  
• 
  EDTSurf: oqsil molekulalarining uchburchak yuzalarini qurish dasturi.
  
• 
  ModRefiner: C-alfa izlaridan atom darajasidagi oqsil modellarini qurish va takomillashtirish dasturi.
  
• 
  NV-align: needleman-Vunsch algoritmi tomonidan oqsillarni ketma-ketlikda tekislash uchun mustahkam dastur.
  
• 
  PSSpred: proteinning ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish uchun juda aniq dastur.
  
• 
  Kutubxona: i-TASSER tizimli va funktsional shablon kutubxonasi har
  

hafta yangilanadi va I-TASSER foydalanuvchilari uchun erkin foydalanish mumkin.

Yordam hujjatlari

• 
  I-TASSER to'plamini qanday yuklab olish va o'rnatish bo'yicha ko'rsatmalarni readme-da topishingiz mumkin.txt.
  

I-TASSER: oqsil 3D tuzilishini bashorat qilish va takomillashtirish uchun mustaqil I-TASSER to'plami. 2.2.1-rasm