Innovatsiya vazirligi urganch davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti biologiya yo

II bob. ASOSIY QISM


2.1. I-TASSER dasturi haqida qisqacha ma’lumot.
I-TASSER (I TERATIVE T HREADING ASSE mbly R efinement) - aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalarining uch o'lchovli tuzilish modelini bashorat qilish uchun bioinformatika usuli. bu usul deb nomlangan barobar tan tomonidan oqsil ma'lumotlar banki tuzilishi shablonlari aniqlasa (yoki tish). To'liq uzunlikdagi tuzilish modellari replika almashinuvi Monte-Karlo simulyatsiyalari yordamida ipli shablonlardan tarkibiy qismlarni qayta yig'ish orqali qurilgan. I-TASSER jamoat miqyosidagi CASP tajribalarida oqsil tuzilishini bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli usullaridan biridir.


2.1.1-rasm
I-TASSER tuzilishga asoslangan oqsil funktsiyasini bashorat qilish uchun kengaytirildi, bu izohlarni beradi ligand majburiy sayt, gen ontologiyasi va fermentlar komissiyasi maqsadli oqsilning tarkibiy modellarini oqsil funktsiyalari ma'lumotlar bazalaridagi ma'lum oqsillarga tizimli ravishda moslashtirish orqali. bu Michigan universiteti Yang Chjan laboratoriya qurilgan bir on-line server bor, Ann Arbor, foydalanuvchilar ketliklar taqdim va tuzilishi va vazifasi taxmin olish imkonini beruvchi.

I-TASSER-ning mustaqil paketini i-TASSER veb-saytidan yuklab olish mumkin.

2.1.2-rasm

CASP-dagi reyting 2.1.3-rasm

I-TASSER ('Chjan-Server' sifatida) doimiy ravishda eng yaxshi usul sifatida tan olingan CASP, oqsillarni katlama va oqsil tuzilishini bashorat qilish sohasidagi eng yaxshi tuzilmani bashorat qilish usullarini taqqoslash uchun jamoatchilik miqyosidagi tajriba. CASP 1994 yildan beri har ikki yilda bir marta bo'lib o'tadi.

• 
  Yo'q 1 CASP7 yilda (2006)
  
• 
  Kaspiyda 1 yo'q 8 (2008): KASP8
  
• 
  CASP2-dagi 2 yo'q (2010): CASPS
  
• 
  CASP1-dagi 10-yo'q (2012): CASP10
  
• 
  CASP1-dagi 11-yo'q (2014): CASP11
  
• 
  CASP1-dagi 12-yo'q (2016): CASP12
  
• 
  CASP1-dagi 13-yo'q (2018): CASP13
  
• 
  CASP1-dagi 14-son (2020): CASP14
  

I-TASSER oqsil tuzilishi va funktsiyasini bashorat qilish uchun shablonga asoslangan usul. quvur liniyasi ketma-ket oltita qadamdan iborat:

• 
  1, PSSpred tomonidan ikkilamchi tuzilmani bashorat qilish
  
• 
  2, LOMETS tomonidan shablonni aniqlash
  
• 
  3, nusxa-almashish o'rnatilgan Karlo simulyatsiya yordamida qism tuzilishi montaj
  
• 
  4, SPICKER yordamida tuzilish aldovlarini klasterlash orqali Model tanlash
  
• 
  5, parcha-hidoyat molekulyar dinamikasi simulyatsiya (FG-MD) tomonidan atom-darajali tuzilishi tozalash^[] yoki ModRefiner
  
• 
  6, murabbiy tomonidan tuzilishga asoslangan biologiya funktsiyasi izohi
  

I-TASSER: oqsil 3D tuzilishini bashorat qilish va takomillashtirish uchun mustaqil I-TASSER to'plami.