Toxtamış xanın və Əmir Teymurun yürüşlərinin başlanması. XIV əsrin 80-ci illərində Azərbaycan iki böyük təhlükə ilə üzləşdi. Şimaldan Qızıl Ordu hökmdarı Toxtamış xan, Şərqdən isə Əmir Teymur Azərbaycanı işğal etməklə hədələyirdilər. Mərkəzi Asiyada qüdrətli hərbçi dövlət qurmuş Əmir Teymurun işğal hədəflərindən biri də Azərbaycan idi. Böyük bir ordu ilə 1385-ci ildə Azərbaycana daxil olan Əmir Teymur burada çox ləngimir. Mərkəzi Asiyada baş vermiş hadisələr onu geri qayıtmağa məcbur edir. Teymurun qayıtmasını fürsət bilən Toxtamış xan 1385-ci ildə 90 min nəfərlik qoşunla Dərbənddən Şirvana daxil olur və Təbrizə çatır. Şəhərin müdafiəsinə qalxan əhali 8 gün qəhrəmanlıqla müdafiə olunur. Vəziyyəti belə görən Toxtamış danışıqlar aparmaq məcburiyyətində qalır. Danışıqlar zamanı tərəflər arasında xərac vermək şərti ilə razılaşmaya inanan müdafiəçilər silahı yerə qoyurlar. Bu zaman Toxtamış xan hiyləyə əl atır və qoşunlarını şəhərə yeridir. Arxayınlaşan əhali ciddi müqavimət göstərə bilmir və şəhər işğal olunur. Təbrizdən sonra Marağanı tutub qarət edən Toxtamış yenidən Təbrizə qayıdır. Burada qoşunu dəstələrə bölür. Bir dəfə Mərənd və Naxçıvan tərəfə, digəri isə Əhər yolu ilə irəliləyir. Bu şəhərləri qətl-qarət edəndən sonra Qarabağda birləşən dəstələr öz yerlərinə qayıdırlar. Toxtamışın bu hücumu çoxlu qənimət və 200 min nəfərin əsir aparılması ilə nəticələnir. Bu qədər əsir aparılması Azərbaycanda işçi qüvvəsinə ciddi təsir edir. 1386-cı ildə daha ağır hadisələr baş verir. Baharda Əmir Teymurun hücumu başlayır. Teymurun «üçillik yürüşü» adlanan bu səfərdə Təbriz tutulur, Cəlairi əmirlərinin əsas hissəsi Bağdada, bir qismi Əlincə qalasına gedir. Teymur payızda Naxçıvana hücum edir. Xalq Şeyx Həsənin başçılığı ilə mübarizəyə qalxır. Teymur onların müqavimətini qırır və Əlincə qalasını mühasirəyə alır. Çox keçmir qalada su qıtlığı yaranır. Qalanın müdafiəçiləri Teymurla danışıqlar aparır və onu təslim etmək istədiklərini bildirirlər.
Buna əmin olan Teymur qoşunu qalanın ətəyinə endirir. Lakin müdafiəçilər qaladan çıxmamış güclü yağış yağır və bol su ehtiyatı yaranır. Müdafiəçilər vəziyyəti belə görüb Əlincəni təslim etmək fikrindən daşınırlar.
1387-ci ilin əvvəllərində Toxtamış xanın dəstələri yenidən Dərbənddən keçərək Azərbaycana daxil olur. Kür çayına qədər irəliləyir. Lakin Teymurun oğlu Miranşahın başçılıq etdiyi ordu burada onu dayandırır. Toxtamış məğlub olur və geri çəkilir. Həmin ildə Teymur Toxtamışın Buxara və Səmərqəndə hücumu ilə əlaqədar Azərbaycanı tərk edir. O, Azərbaycanın idarəsini qəddarlığı ilə xalq arasında «Maranşah»-yəni «İlanlar şahı» adlandırılan Miranşaha tapşırır. 1392-ci ildə Teymur ikinci dəfə Azərbaycana hücum edərək Təbrizə daxil olur.
Əlincə qalasının müdafiəsi. Əlincə qalasına çəkilmiş Cəlairi əmirləri Teymura tabe olmaqdan imtina edirlər. Qala Sultan Əhmədin oğlu Sultan Tahirin başçılığı ilə əvvəlcə Xacə Gövhər, sonra isə əmir Altun tərəfindən müdafiə olunur. Müdafiəçilərin sayı 300 nəfər idi. Əlincə qalasında Cəlairilərin xəzinəsi saxlandığından əmir Teymur onu tutmağa bir neçə dəfə cəhd edir. Lakin Əlincəyə dalbadal güclü qoşun hissələri göndərsə də, məqsədinə çata bilmir.
Bu zaman qala müdafiəçilərindən bir qrupu Əmir Altunun başçılığı ilə qaladan kənara çıxır. Onlar geri qayıdarkən qalanın mühasirəyə alındığını görürlər. Qəflətən hücuma keçən müdafiəçilər rəqibin böyük tələfat verməsinə nail olurlar. Çətin də olsa, əmir Altun öz dəstəsi ilə qalaya daxil ola bilir. Məqsədinə çata bilməyən Teymur, buradan Gürcüstana hücum edir, sonra Şəki hakimi Seydi Əlini itaətə gətirir.
1392-ci ildə Toxtamış yenidən Azərbaycana hücum edir. Buna cavab olaraq, 1395-ci ildə Teymur Dərbənddən Qızıl Ordu üzərinə yürüş edir. Terek çayı sahilindəki döyüşdə rəqibinə güclü zərbə vurur və Səmərqəndə qayıdır. Bu müddət ərzində Əlincə qalasının mühasirəsi davam edir.
Teymurilər Əlincədən başqa bütün Azərbaycanı özlərinə tabe edirlər. Lakin Cənubi Qafqazın, o cümlədən Azərbaycanın yerli feodalları mübarizəni davam etdirirlər. Bu mübarizənin əsas dayağı da Əlincə qalası olur. Qalanın müdafiəçiləri ilə birləşən Şəki və gürcü feodalları Teyumrilərə qarşı vuruşur, hətta qalib də gəlirlər.
Cənubi Qafqazda, o cümlədən Azərbaycanda baş verən hadisələrdən narahat olan Teymur 1399-cu ildə bu istiqamətdə yürüşə çıxır və Qarabağa gəlir. Bir sıra yerli feodallar, o cümlədən Şəki hakimi Seydi Əhməd Şirvanşah I İbrahimin himayədarlığı ilə Teymurla ittifaq bağlayırlar.
On dörd il Teymurun hücumlarına mərdliklə sinə gərən, cəsarətlə müdafiə olunan Əlincə qalası daxili çəkişmələr nəticəsində Teymura tabe olur. O dövrün tarixçi-salnaməçisi İbn Ərəbşahın yazdığına görə, Teymur Azərbaycanda olmayanda Əlincədə Sultan Tahir və Əmir Altun arasında ciddi münaqişə baş verir. Tahir ərzaq gətirmək üçün getmiş Altunu qalaya buraxmır. Buna görə də qalanın müdafiəçiləri Təbrizdən üz döndərirlər.
Vəziyyəti belə görən Tahir qalanı tərk edərək Bağdada qaçır. Nəticədə qalanı müdafəsiz görən Teymur 1400-cü ildə Əlincəni asanlıqla ələ keçirir. 1405-ci ildə Teymurun vəfatından sonra isə Azərbaycanın Şirvana qədər olan ərazisi Miranşahın oğlu Mirzə Ömər tərəfindən idarə olunur.