L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

IBION bioinformatika uchun yangi mashinadan mustaqil va funktsional jihatdan to'liq tizimdir.
IP manzili, Internet protokoli manzili. IP-manzil noyobdir va faqat bitta kompyuterni ifodalaydi.
Java skripti mashhur skript tili boʻlib, u qalqib chiquvchi oynalar, animatsiyalar va sichqonchani ustiga olib kelinganda koʻrinishini oʻzgartiruvchi obʼyektlar kabi elementlarni veb-sahifalarga kiritish imkonini berish orqali gipermatnli hujjatning funksiyalarini kengaytiradi .
Java turli xil apparat platformalarida ishlaydigan ilovalarni yaratish uchun umumiy maqsadli va mashinadan mustaqil dasturlash tilidir. Java manba kodi "C++".
JCSG - Strukturaviy genomikaning qo'shma markazi
NCBI (Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi - Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi) 1988 yilda Qo'shma Shtatlarda "Milliy tibbiyot kutubxonasi" (Milliy tibbiyot kutubxonasi ) ning bo'limi sifatida tashkil etilgan va kampusda joylashgan.
NNPREDICT - (http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html - neyron tarmog'ini simulyatsiya qilish dasturi.
ORFlar (ochiq o'qish ramkasi) DNKning boshlang'ich kodon (atg) bilan boshlanadigan (ba'zi prokaryotlarda gtg va ctg boshlang'ich kodonlari ham bo'lishi mumkin) va to'xtash kodon bilan tugaydigan hududlardir.
ORF finder - bu siz kiritgan DNK ketma-ketligida ochiq o'qish ramkalarini (ORFs) qidiradigan dastur.
ORF Investigator - bu nafaqat kodlash va kodlanmagan ketma-ketliklar haqida ma'lumot beradigan, balki gen/DNKning turli mintaqalarini juftlik global ketma-ketligini moslashtirishni amalga oshiradigan dastur.
ORFik - bu ochiq o'qish ramkalarini topish va ORFni asoslash uchun keyingi avlod ketma-ketlik texnologiyalaridan foydalanish uchun Bioconductor-dagi R to'plami.
OrfPredictor - bu ifodalangan ketma-ketlik yorlig'idan (EST) olingan ketma-ketlikda protein kodlash mintaqalarini aniqlash uchun mo'ljallangan veb-server.
PDB - oqsil ma'lumotlar banki: oqsil ketma-ketliklari ombori va tarkibiy ma'lumotlar.
PERL ( Amaliy ekstraksiya va reporting L anguage ) umumiy maqsadli skript tili boʻlib, ketma-ketlik maʼlumotlarini tahlil qilishda keng qoʻllaniladi.
PHD ( http://www.predictprotein.org/ ) - simulyatsiya dasturi
neyron tarmoqlari..
Phylogeny.fr - bu biologik ketma-ketliklar orasidagi filogenetik munosabatlarni qayta tiklash va tahlil qilishga bag'ishlangan bepul, foydalanish uchun qulay veb-xizmat ( ­Mozilla Firefox veb-brauzeri tavsiya etiladi).
Phyton - bu 1998 yilda Guido van Rossum tomonidan yozilgan, ob'ektga yo'naltirilgan, talqin qilinadigan, portativ, o'ta yuqori darajadagi skript tili .
PIR ( http://pir.georgetown.edu/ ),
PRF ( http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind.prf ),
PSI-BLAST - so'rovning aminokislotalar ketma-ketligini protein ma'lumotlar bazalaridagi mavzular ketma-ketligi bilan taqqoslaydi.
PubMed - bu bibliografik ma'lumotlar bazasi.
P qiymati. Ko'pgina dasturlar P -qiymatlarini ishlab chiqaradi , bu hizalanish tasodifiylikdan yaxshiroq emas. Z-bal va P o'rtasidagi munosabatlar nazorat hizalamalarining og'irlik taqsimotiga bog'liq bo'lib , u normal taqsimotga amal qilmaydi.
PyMol bu GPL dasturi bo'lib, uning manba kodi mavjud sourceforge.net, uning Windows uchun ikkilik paketlari qimmatga tushadi va sotiladi: Linux uchun http://pymol.org/academic.html va binar paketlar qurilgan konchilar.
RasMol - bu makromolekulalarning fazoviy tuzilmalarini vizualizatsiya qilish uchun dastur.
SCOP - oqsillarning strukturaviy tasnifi
SeqDB, PDB - DNK ketma-ketliklarini tarjima qilish orqali olingan oqsil ketma-ketliklarining ma'lumotlar bazalari; Genom va xromosomalarning JB xaritasi, PDB dan uch o'lchovli oqsil tuzilmalari;
Swiss-Prot ( http://www.expasy.org/sprot/ ),
TBLASTN so'rov oqsillari ketma-ketligini oltita o'qish ramkalari (ikkala iplar) bilan dinamik ravishda tarjima qilingan nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan ketma-ketliklar bilan taqqoslaydi.