Kompyuter sistemalarida viruslarni aniqlashning quyidagi metodlari mavjud: -skanerlash; -o’zgarishlarni bilib qolish; -evristik tahlil; -rezident qorovullardan foydalanish; -dasturni vaksinatsiyalash; -viruslardan apparat-dasturiy himoyalanish.
Skanerlash viruslarni aniqlashning eng oddiy metodlaridan hisoblanadi. Skanerlash skaner-dastur tomonidan amalga oshiriladi. Bu skaner dastur viruslarning tanituvchi qismini — signaturani qidirish maqsadida fayllarni ko‘rib chiqadi. Ko‘pincha skaner-dasturlar aniqlangan viruslarni yo‘qotishi mumkin. Bunday dasturlar polifaglar deb ataladi. Skanerlash metodi signaturalari ajratilgan va doimiy bo‘lgan viruslarni aniqlashda qo‘llanadi. O‘zgarishlarni bilib olish metodi dasturiy taftishchidan foydalanishga asoslangan. Bunday dasturlar, odatda, virus joylashadigan diskning barcha qismlari tavsifini aniqlaydi va eslab qoladi. Dasturtaftishchining davriy bajarilish jarayonida saqlanuvchi tavsiflari bilan disk qismlarini nazoratlash natijasidagi xarakteristikalar taqqoslanadi. Taftish natijasida dasturiy viruslar borligi xususida taxminga asoslangan axborotni beradi. Evristik tahlil metodi ham, o‘zgarishlarni bilib olish metodlari kabi, noma’lum viruslarni aniqlash imkonini beradi. Ammo bu metod fayl sistemasi xususidagi axborotni oldindan yig‘ish, ishlash va saqlashni talab etmaydi. Evristik tahlilning mohiyati viruslar yashashi ehtimol tutilgan makonlarni tekshirish va ulardagi viruslarga xos buyruqlarni (buyruqlar guruhini) aniqlashdan iboratdir.
Rezident qorovullardan foydalanish metodi hisoblash mashinasining asosiy xotirasida doimo saqlanuvchi va boshqa dasturlar harakatini kuzatuvchi dasturlarga asoslangan. Bu metodning jiddiy kamchiligi unda yolg'ondakam trevogalar foizining yuqoriligidir. Dasturni vaksinatsiyalash deganda, uning yaxlitligini nazorat qilish maqsadida maxsus modulning yaratilishi tushuniladi. Fayl yaxlitligining tavsifi sifatida, odatda, nazorat yig'indisidan foydalaniladi.Vaksinatsiyalangan fayl zaharlansa, nazorat moduli nazorat yig‘indisining o‘zgarishini aniqlaydi va foydalanuvchini bu xususda ogohlantiradi. Viruslarga qarshi apparat-dasturiy vositalardan foydalanishviruslardan himoyalanishning eng ishonchli metodi hisoblanadi. Hozir shaxsiy kompyuterlarni himoyalashda maxsus nazoratchilar va ularning dasturiy ta’minotidan foydalaniladi. Nazoratchi umumiy shinadan foydalana oladi va shu sababli disk sistemasiga bo'lgan barcha murojaatlarni nazorat qila oladi. Nazoratchining dasturiy ta’minotida ishlashning oddiy rejimida diskning o‘zgartirilishi mumkin bo‘lmagan qismlari xotirlanadi.