Ikkinchi bosqich - sertifikatlashtirish idoralari tomonidan muvofiqlik sertifikati berishdagi faoliyat.
Bunda akreditatsiyadan o‘tgan Idoralar sertifikatlashtirish faoliyatiga qo‘shimcha ravishda, tadbirkorlik subyektlarining yozma arizasiga muvofiq davlat sanitariya nazorati organlarida, davlat veterinariya nazorati va o‘simliklar karantini bo‘yicha davlat xizmati organlarida, shuningdek tabiatni muhofaza qilish davlat organlarida sertifikatlashtirishni o‘tkazish va barcha zarur xulosalarni olish yuzasidan agentlik xizmatlari ko‘rsatishga haqlidir.
Bunda namunalar tanlab olinishi, shuningdek ular to‘g‘ri tanlanganligi va ular tegishli davlat organlariga taqdim etilishi uchun sertifikatlash Idoralari javobgarlikni o‘z zimmalariga olishga majbur.
Muvofiqlik sertifikatini rasmiylashtirish va berishning umumiy muddati ishlarning murakkabligi darajasiga, ko‘p mehnat talab qilishi va o‘ziga xosligiga qarab, barcha zarur hujjatlar taqdim qilingan vaqtdan boshlab 10 ish kunidan 1 oygacha doirada belgilanadi.
O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 2004 yil 6 iyulda №318-sonli «Mahsulotlarni sertifikatlashtirish tartibotini soddalashtirishga doir qo‘shimcha chora-tadbirlar to‘g‘risida»gi qarorigacha oldingi xatboshida keltirib o‘tilgan talab yo‘q edi, buning oqibatida sertifikatlashtirish ishlari asossiz ravishda cho‘zilib, tadbirkorlarning noroziligiga sabab bo‘lar edi. Shu bilan birga ushbu Qaror asosida tadbirkorlarga sertifikatlashtirish jarayonlarining xolisligini ta’minlash maqsadida ham qator qulayliklar yaratildi.