Molekulyar biologiya fanidan tayyorlagan

2.3 SVM yordamida tasniflash ______________________________9

2.4 Ma'lumotlar to'plami ___________________________________10

3.1 O'zgaruvchan harorat parametrining samaradorligi T ________13

3.2 Maksimal so'z hajmini o'zgartirish samaradorligi k max ______13

3.3 Har xil oyna o'lchamining samaradorligi ℓ Vt _______________13

3.4 SVM-Freescore ish faoliyatini baholash ___________________14

4 Munozara _____________________________________________14

5 Xulosa_________________________________________________ 15

KIRISH

Konotoksin dori ishlab chiqarishda samarali ekanligi isbotlangan va shizofreniya, asab-mushak kasalliklari va surunkali og'riqlar kabi turli kasalliklarni davolash uchun ishlatilishi mumkin. Konotoksinga bo'lgan qiziqish tez sur'atlar bilan o'sib borayotganligi sababli, yangi kashf etilgan ketma-ketliklar va tuzilmalar sonining ko'payishini tizimlashtirish uchun konotoksin superfamilasini aniq tasniflash vositalari maqsadga muvofiqdir. Biroq, konotoksinning ahamiyati va keng ko'lamli eksperimental tadqiqotlariga qaramay, bu vositalar intensiv ravishda o'rganilmagan.

Ushbu maqolada biz cheklangan uzunlikdagi so'zlarning suboptimal hizalanishini ko'rib chiqishni taklif qilamiz. Biz bepul ball deb ataladigan mahalliy hizalanish bo'limlari funktsiyalariga asoslangan reyting tizimini ishlab chiqdik. Skorlash tizimi qo'llab-quvvatlovchi vektorli mashina tasnifining xususiyatlarni ajratib olish bosqichida asosiy rol o'ynaydi. Konotoksin oqsillarini tasniflashda bizning SVM-Freescore usulimiz sezuvchanlik va o'ziga xoslikni mos ravishda 5,864% va 3,76% ga yaxshilangan. Umumlashtirish maqsadida, SVM-Freescore, shuningdek, ConoServer kabi tanlangan va yuqori sifatli ma'lumotlar bazasidan super oilalarni tasniflash uchun ham qo'llanildi. Superfamily tasnifi uchun o'rtacha hisoblangan sezuvchanlik va o'ziga xoslik mos ravishda 0,9742 va 0,9917 deb topildi.

Konotoksinlar Conus jinsining dengiz konus salyangozining zahridan ajratilgan neyrotoksik peptidlarning bir qismidir. Ular odatda 10-30 aminokislotadan iborat va beshtagacha disulfid aloqalarini o'z ichiga oladi [ 1 ]. Konotoksinlar turli xil ta'sir mexanizmlariga ega, ularning aksariyati hali etarlicha o'rganilmagan va shuning uchun to'liq tushunilmagan. Biroq, bu peptidlarning ko'pchiligi ion kanallarining faolligini modulyatsiya qiladi. Ion kanallari turli xil biologik jarayonlarning asosiy komponentlari bo'lib, yangi dori vositalarini izlashda tez-tez nishonlanadi [ 2 ]]. Shuning uchun dori ishlab chiqarishda samarali ekanligi isbotlangan konotoksin shizofreniya, ba'zi nerv-mushak kasalliklari, surunkali og'riqlar, epilepsiya, yurak-qon tomir kasalliklari va siydik pufagi disfunktsiyasini davolashda foydalanish uchun katta imkoniyatlarga ega. Hisoblash yondashuvidan foydalangan holda yangi ketma-ket konotoksinni tegishli superoilaga tayinlash ushbu toksinlarning biologik va farmakologik funktsiyalari haqida qimmatli dastlabki ma'lumotlarni olish yoki qo'shishning samarali usulini ta'minlashi mumkin. Konotoksinlar uchun uchta asosiy tasnif sxemasi mavjud: konotoksin mRNKning tarjima qilingan signal peptid ketma-ketligidagi o'xshashliklarga asoslangan gen superfamilalari; etuk konotoksin oqsilining translatsiyadan keyingi modifikatsiyalariga asoslangan sistein ramka guruhlari; va farmakologik oilalar,3 ]. Shunday qilib, o'n oltita super oila (A, D, G, I1, I2, I3, J, L, M, O1, O2, O3, P, S, T va Y) [ 2 - 8 ] va har bir superoilada mavjud. ikki yoki undan ortiq disulfid ko'prigi mavjudligiga ko'ra bir nechta guruhlardir [ 9 ]. Konotoksin tasnifi yaqinda ko'rib chiqildi va ma'lumotlar ConoServer ma'lumotlar bazasidan osongina mavjud [ 3 ]. Shunday qilib, konotoksinlar yangi tasniflash algoritmini sinab ko'rish uchun ideal protein guruhini taqdim etdi.