Molekulyar biologiya fanidan tayyorlagan

1.3 Taklif etilayotgan yechim

Biz misol sifatida konotoksinlarni ishlatib, oqsil ketma-ketligini tasniflashning aniqroq usulini taqdim etishni maqsad qilganmiz. Ushbu yangi usulning yakuniy ahamiyati uning dori-darmonlarni kashf qilish uchun muhim bo'lgan oqsil oilalarining aniq tuzilishi/funktsiyasi tasnifiga qo'llanilishida bo'ladi. Ushbu maqoladagi ish juft-juft moslashuv balli oqsil ketma-ketligi o'rtasidagi o'xshashlikning tegishli o'lchovini ta'minlaydigan kuzatuvga asoslanadi. O'xshashlik oqsillarning evolyutsion tizimli munosabatlari haqidagi biologik bilimlarni o'z ichiga olishi mumkin [ 23 ]. Biroq, etuk toksinlar ketma-ketligining yuqori o'zgaruvchanligi tufayli, o'xshashlik usullari ko'pincha barcha evolyutsion munosabatlarni ko'rsatish uchun etarlicha sezgir emas, ayniqsa homologiya zaif bo'lsa.

Proteinlarni moslashtirish yoki taqqoslash uchun ko'plab usullar taklif qilingan bo'lsa-da, keng ko'lamli protein ma'lumotlar bazalarida tezkor skrining va so'rovlar talabi tufayli muqobil o'xshashlik choralari hali ham kuchli talab qilinadi [ 38 ]. Ushbu tadqiqotda biz oqsillarni ifodalash uchun xususiyatni ajratib olishning tekislash turini kiritamiz. U tekislashga asoslangan SVM-Pairwise usuli g'oyasiga asoslanadi [ 20]. SVM-Pairwise usulida mualliflar oqsillar ketma-ketligini real sonlarning sobit uzunlikdagi vektori sifatida ifodalashning oddiy usulini taklif qilishdi, bunda natijada olingan vektorlar diskriminativ o'rganish algoritmiga kirish sifatida foydalanish mumkin. Asosiy g'oya shundan iborat ediki, oqsil ketma-ketligining qiziqarli xususiyatlari oqsilning boshqa oqsillarning katta to'plamiga qanchalik o'xshashligini o'lchash orqali samarali tarzda qo'lga kiritildi. Shuning uchun ma'lum bir protein to'plamdagi har bir oqsil bilan taqqoslandi. Biroq, bu holatda Liao va boshqalar tomonidan qo'llanilgan Smit-Waterman ballari. [ 20 ] ikkita aminokislotalar ketma-ketligini solishtirish uchun bepul ball deb ataladigan narsalar bilan almashtirildi. Asosiy model cheklangan o'lchamdagi so'zlarning mahalliy ketma-ketligini tekislashning "cheklangan harorat" versiyasidir.

Faqat optimal ballga e'tibor qaratish o'rniga (Smit-Uoterman algoritmida bo'lgani kabi) bepul ballar HMMdagi oldinga ko'rsatkichga o'xshash mumkin bo'lgan muqobil tekislashlarni o'z ichiga oladi. Mumkin bo'lgan muqobil tekislashlarni o'z ichiga olish, ayniqsa, ko'plab mustaqil yuqori ballli hududlar kutilayotganda muhim ahamiyatga ega [ 39 ], masalan, xususiyatlarni chiqarish bosqichida oynalarni almashtirish (quyida 2.1-bo'limga qarang). Shunday qilib, biz bepul ballar foydali bo'lishini kutamiz.

2-usul

Biz SVM-Freescore usuli deb ataydigan taklif qilingan usul ikkita asosiy bosqichdan iborat.

• Xususiyatlarni ajratib olish: har bir oqsil ketma-ketligini juftlik o'xshashlik ballari vektori bilan ifodalash. Juftlik o'xshashlik balli cheklangan haroratli so'zlarni tekislash yordamida hisoblanadi.

• Tasniflash: SVMlar bilan birgalikda foydalaniladigan xususiyat vektor tasvirlari orasidagi ichki mahsulotni yadro sifatida qabul qilish.