Mavzuning o`rganilish darajasi: Turkiston Muxtoriyati tarixini o`rganish murakkab, og`ir va shubhasiz muhim yo`lni bosib o`tdi. Uni shartli ravishda uch davrga bo`lish mumkin.
Birinchisi – sovet davri. Sovet voqeligi sharoitida uzoq yillar Turkiston Muxtoriyati tarixi soxtalashtirildi va buzib ko`rsatildi.
Mavjud ilmiy adabiyotlarni batafsil o`rganish shuni ko`rsatdi-ki, sovet davri tadqiqotchilari mafkuraviy va ma`muriy nazorat iskanjasida bo`lib erkin fikr bildirish imkoniyatiga ega emas edilar. Ilmiy izlanishlar metadologiyasi asosan markscha-lenincha mafkuraga tayanardi. Natijada ilmiy muomalaga ko`plab manbalar ko`plab faktik materiallar kiritilganligiga qaramay, tarixiy jarayonlar butun ziddiyati va murakkabligi bilan baholanmay haqqoniy ilmiy bilimlar o`rniga vaziyatni to`g`ri aks ettirmaydigan soxta tarixiy manzaralar yaratildi.
Turkistonda sovet hokimiyati o`rnatilishi hamda ijtimoiy-siyosiy harakatlarni o`rganishga, shuningdek, jadidchilikni tadqiq etishga qaratilgan. 80-yillar oxirlarigacha yaratilgan deyarli barcha ilmiy tadqiqotlarda Turkiston Muxtoriyatining mohiyati va tushunchasini atay toraytirish maqsadida unga “Qo`qon Muxtoriyati” degan nom berilib, uning tashkilotchilari “pan islomchi”,”panturkchi”,”aksilinqilobchi deb ataladi.
Ikkinchisi – “qayta qurish” davri.So`nggi yillardagi adabiyotlarni o`rganish shuni ko`rsatadiki, 80-90-yillar davomida “qayta qurish” ta`sirida partiya mafkuraviy zug`umining birmuncha kuchsizlanishi va SSSRning parchalanishi bilan tarix fanida sog`lomlashish jarayoni namoyon bo`la boshladi. Ular tarixiy voqealarga sinfiy yondashuvdan qochish umuminsoniy qadriyatlar ustuvorligiga suyanishga,yo`nalish kabilarda uchraydi. O`z-o`zidan ma`lumki, o`zbek xalqining ozodlik va mustaqillik uchun kurash manbalariga e`tibor keskin kuchaydi. Shuni ta`kidlash lozimki, gazeta va jurnallardagi maqolalar bilan bir qatorda risolalar ham paydo bo`ldi. Biroq ularda bizning tahlilimiz ko`rsatishicha, muammoning ayrim qirralari ko`rilsa, Turkiston Muxtoriyati harakatining idrok qilinishiga bag`ishlangan tadqiqotlar olib borilmadi. Xususan mahalliy demokratlarning Muxtoriyat uchun kurashda ko`zlangan asosiy maqsadlari ularning Turkiston jamiyatini taraqqiyot yo`liga tadrijiy islohotchilik asosida yetarli o`rganilmadi.Jadidlarning 1917-yil fevraldan oktabrgacha bo;lgan davrdagi faoliyatining dasturiy, tashkiliy tomonlari ularning Turkiston ozodligi va mustaqilligi uchun kurashda mahalliy aholini birlashtirish uchun olib brogan harakatlari tadqiqotchilar e`tiboridan chetda qolmadi.
Uchinchisi – mustaqillik davri. Mustaqillik davrida olib borilgan izlanishlar natijasida quyidagi masalalar o`rganildi:
Turkistonda islohotchilik g`oyalarini shakllantirishga sharoit yaratgan tarixiy, ijtimoiy-iqtisodiy, siyosiy omillar;
Jadidchilik va Turkiston Muxtoriyatining o`zaro yaqin aloqasi;
Milliy demokratlar faoliyatining dasturiy, tashkiliy asoslari ularning konseptual qarashlari;