540-yillarning boshidan boshlab Yustinian ilohiyot masalalarini chuqurroq o'rgana boshladi. Monofizitizmni yengish va cherkovdagi kelishmovchilikni tugatish istagi uni tark etmadi. Shu bilan birga, imperator Teodora monofizitlarga homiylik qilishni davom ettirdi va bir yilda arab-g'asoniy shayxi al-Horis (al-Horis) iltimosiga binoan sayohatchi monofizit episkopi Yoqub Baradeyni tayinlash orqali monofizitlar ierarxiyasining shakllanishiga hissa qo'shdi. . Yustinian dastlab uni qo'lga olishga harakat qildi, ammo bu muvaffaqiyatsizlikka uchradi va keyinchalik imperator Baradeyning imperiyaning chekkasidagi faoliyati bilan kelishishga majbur bo'ldi. Empress Teodora pravoslav cherkovi bilan yarashganidan keyin bir yilda vafot etgan bo'lsa-da, u imperatorga Konstantinopolning Hormizd saroyida shu vaqtgacha yashiringan taniqli monofizitlarni ta'qib qilmaslikni vasiyat qilgan. Qanday bo'lmasin, pravoslav imperatori monofizitlarni ta'qib qilishni kuchaytirmadi, balki boshqa yolg'on ta'limotlarni qoralab, imonlilarni yagona cherkovga to'plashga harakat qildi.
Taxminan 540-yillarning boshlarida imperator Origenni rasmiy qoralash masalasini ko'tardi. Muqaddas Minaga yo'llagan maktubida uni 10 ta bid'atda ayblab, bir yilda imperator poytaxtda Origen va uning ta'limotini qoralagan Kengash chaqirdi.
Shu bilan birga, imperatorning ilohiyot bo'yicha maslahatchisi Teodor Askida muborak Teodoret Kirr, Edessa Willow va Teodor Mopsuetning Nestorian xatolari ifodalangan ba'zi yozuvlarini qoralashni taklif qildi. Garchi mualliflarning o'zlari, uzoq vaqtdan beri vafot etgan bo'lsa-da, cherkovda hurmatga sazovor bo'lgan bo'lsa-da, ularning noto'g'ri qarashlarini murosa bilan qoralash monofizitlarni pravoslavlarga tuhmat qilish, ularni Nestorianlikda ayblash imkoniyatidan mahrum qiladi. yili Yustinian deb atalmish qarshi farmon e'lon qildi. "Uch bob" - yuqorida aytib o'tilgan uchta o'qituvchining pravoslav bo'lmagan yozuvlari. Biroq, monofizitlarni cherkov bilan yarashtirish o'rniga, bu G'arbda norozilikka sabab bo'ldi, u erda ular "Uch bosh" ni qoralashda pravoslavlikka urinishlarni ko'rdilar. Konstantinopol Patriarxi Avliyo Mina imperator farmonini imzoladi, ammo Papa Vigilius uzoq vaqt rozi bo'lmadi va hatto Konstantinopol cherkovi bilan aloqani buzishga ham bordi.
Imperiya uzoq vaqt davomida Afrikada qo'zg'olon ko'targan, yangi bosib olingan erlarni o'zaro taqsimlashga umid qilgan qo'shinlarga qarshi kurashdi. Faqat bir yil ichida qo'zg'olonni muvaffaqiyatli bostirish mumkin edi, shundan so'ng Shimoliy Afrika imperiyaning bir qismiga aylandi.
540-yillarning oxirida Italiya yo'qolgandek tuyuldi, ammo Papa Vigiliy va Konstantinopoldagi boshqa olijanob Rim qochqinlarining iltijolari Yustinianni taslim bo'lmaslikka ko'ndiradi va u yana yiliga u erga ekspeditsiya yuborishga qaror qildi. Kampaniya uchun to'plangan ko'p sonli qo'shinlar birinchi navbatda Frakiyaga ko'chib o'tdilar, buning natijasida g'azablangan slavyanlar u erdan ketishdi. Keyin, yiliga, katta Rim qo'shinlari nihoyat Narses boshchiligida Italiyaga etib kelishdi va ostgotlar ustidan g'alaba qozonishdi. Tez orada yarim orol qarshilik cho'ntaklaridan tozalandi va yili Po daryosining shimolidagi ba'zi erlar ham bosib olindi. Ko'p yillik mashaqqatli kurashdan so'ng, ma'muriy markazi Ravennada joylashgan qonsiz Italiya imperiyaga qaytarildi. Yilda Yustinian Totilaning barcha yangiliklarini bekor qilgan "Pragmatik sanksiya" chiqardi - er o'zining sobiq egalariga, shuningdek, qirol tomonidan ozod qilingan qullar va ustunlarga qaytarildi. Imperator imperator ma'murlarining vakolatiga ishonmay, Italiyadagi ijtimoiy, moliyaviy va ta'lim tizimlarini boshqarishni yepiskoplarga topshirdi, chunki cherkov vayron bo'lgan mamlakatdagi yagona ma'naviy va iqtisodiy kuch bo'lib qoldi. Afrikada bo'lgani kabi Italiyada ham arianizm ta'qibga uchradi.
Taxminan bir yil davomida Xitoydan ipak qurti tuxumining import qilinishi sezilarli muvaffaqiyat bo'ldi, u shu paytgacha ipak ishlab chiqarish sirini qat'iy saqlagan. Afsonaga ko'ra, imperatorning o'zi Fors Nestorian rohiblarini unga qimmatbaho yukni etkazib berishga ko'ndirgan. Shu vaqtdan boshlab Konstantinopol o'z ipaklarini ishlab chiqarishni boshladi, buning ustiga davlat monopoliyasi o'rnatildi, bu xazinaga katta daromad keltirdi.