O‘zbekiston respublikasi oliy ta’lim vazirligi urganch Davlat Universiteti Tabiiy fanlar fakulteti biologiya sirtqi ta’lim yo’nalishi

UniProt mos yozuvlar klasterlari (UniRef)
UniProt Reference Clusters (UniRef) UniProtKB va tanlangan UniParc yozuvlaridan tashkil topgan oqsil ketma-ketliklarining klasterli to'plamlaridan tashkil topgan uchta ma'lumotlar bazasidan (UniRef100, UniRef90 va UniRef50) iborat. UniRef100 ma'lumotlar bazasi bir xil ketma-ketliklarni va ketma-ketlik qismlarini (har qanday organizmdan) yagona UniRef yozuviga birlashtiradi. UniRef100 ketma-ketliklari CD-HIT algoritmi yordamida UniRef90 va UniRef50 qurish uchun klasterlangan. Oxirgi ikkita klasterning har biri mos ravishda kamida 90% va kamida 50% identifikatsiyaga ega bo'lgan ketma-ketliklardan iborat bo'lib, eng uzun ketma-ketlik topilgan. Hozirda UniRef qamrovi 4 000 000 manba ketma-ketligidan oshadi.
Ketma-ket klasterlash ma'lumotlar bazasi hajmini sezilarli darajada kamaytiradi: UniRef100, UniRef90 va UniRef50 ma'lumotlar bazasi hajmini mos ravishda ~10%, 40% va 70% qisqartiradi. Ortiqchalikni kamaytirish o'xshashlikni qidirish tezligini oshiradi va uzoqdan bog'liq bo'lgan oqsillarni qidirishning ishonchliligini oshiradi.
UniRef yozuvlarida protein ketma-ketligi haqidagi vakillik ma'lumotlari, a'zolar soni va klasterning umumiy taksonomiyasi, shuningdek, barcha qo'shilgan yozuvlar uchun ulanish raqamlari va biologik tadqiqotlarni osonlashtirish uchun UniProtKB-dagi izohlarga havolalar mavjud. UniRef UniREF FTP saytidan mavjud.
UniMrot (UniMes)
UniProt KB ma'lum manba taksonomiyasiga ega yozuvlarni o'z ichiga oladi. Yangi ishlanmalar oqsil ketma-ketligini izlash uchun yangi manbalarni kashf etishga olib keldi. Metagenomik ma'lumotlarning paydo bo'lishi UniProt KB-da tubdan yangi bo'limni, ya'ni alohida ma'lumotlar bazasini - UniProt metagenomik ketma-ketliklari va atrof-muhitdan noma'lum ketma-ketliklarni, UniMES (UniProt Metagenomic and Environmental Sequences ma'lumotlar bazasi) yaratishni talab qildi.
Metagenomika (metagenomika) mikroblar olamining faqat kichik qismini ifodalovchi laboratoriyada yetishtirilgan organizmlardan farqli oʻlaroq, atrof-muhitdan namunalardan ajratilgan mikroblarning keng koʻlamli genomik tahlilidir.
UniMES hozirda Global Okean Sampling ekspeditsiyasi (GOS) tomonidan taqdim etilgan, dastlab Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasiga (INSDC) taqdim etilgan dunyo okeanidagi organizmlarning oqsil ketma-ketligi haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi.
Dastlabki GOS ma'lumotlar to'plami 25 million DNK ketma-ketligidan, asosan okean mikroblaridan va 6 millionga yaqin prognoz qilingan oqsillardan iborat. UniMES prognoz qilingan oqsil ketma-ketligini Interpro tomonidan avtomatik tasniflash bilan birlashtiradi, bu protein oilalari, domenlar va funktsional saytlar uchun integratsiyalashgan manbadir. Shu sababli, UniMES noyob ma'lumotlar bazasi bo'lib, u namuna olish ekspeditsiyalaridan olingan genomik ma'lumotlar majmuasiga bepul kirish imkonini beradi. Ushbu ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan atrof-muhit namunasi ma'lumotlari UniProt ma'lumotlar bazasida yoki UniProt ma'lumot klasterlarida (UniRef) mavjud emas, lekin UniParc bilan birlashtirilgan.