Muammo va metod uyg‘unligi. Ilmiy metod harakatlarning shunday bir usuliki, uning yordamida ma’lum turdagi ilmiy vazifalar echiladi. Metod haqidagi bilim maxsus yo‘riqnomalar, qo‘llanmalar va metodikalarda ifodalanadi. Ularda harakatlarni bajarish qoidalari ta’riflanadi, shuningdek metodni qo‘llash shartlari va maqsadlari, uning imkoniyatlari, metod yordamida erishiladigan natijalar xususiyati va hokazolar tavsiflanadi.
Metodni u haqdagi bilim bilan ayniylashtirish mumkin emas. Bir tomondan, metodni uni tavsiflovchi qoidalar va yo‘riqnomalarni bilmay turib ham o‘zlashtirish mumkin. Bunday bilim verballashtirilmagan, noaniq xususiyat kasb etadi, u faoliyatdan ajratilmaydi, balki unga kiritiladi va unda «ishlaydi». Boshqa tomondan, metodik qo‘llanmalar va yo‘riqnomalar matnini a’lo darajada bilish ham ularda tavsiflangan metodni o‘zlashtirganlikni anglatmaydi. Masalan, tibbiyotchi-talaba tashxis qo‘yish metodikasini miridan-sirigacha bilishi mumkin, lekin tegishli o‘rganish va mashqlarsiz u tashxis qo‘yish mahoratini lozim darajada o‘zlashtirishi amri mahol bo‘lsa kerak. Amalda ko‘rsatish va shaxsiy tajriba o‘rnini hech qanday og‘zaki yo‘l-yo‘riqlar bosa olmaydi. Ayni shu sababli olimning shogirdlari va hamkasblari bilan bevosita aloqalari ulkan rol o‘ynaydi: ular biron-bir yo‘riqnomada qayd etilmagan narsalar bilan o‘rtoqlashish imkoniyatini beradi.
Mazkur metod yordamida echish mumkin bo‘lgan vazifalar turi uning qo‘llanish sohasini tashkil etadi. Har qanday turdagi vazifalarni echish imkoniyatini beradigan universal metod fanda mavjud emas. Har qanday metod o‘zining muayyan qo‘llanish sohasiga ega bo‘ladi.
Har bir fan doirasida uning tadqiqot ob’ektlariga moslashtirilgan maxsus metodlar ishlab chiqiladi (masalan, fizikada – ko‘lamlarni tahlil qilish metodi, biologiyada - qushlarni halqalash metodi, psixologiyada – testlash metodi, sosiologiyada – anketa so‘rovi metodi, tilshunoslikda – tillarni qiyosiy tahlil qilish metodi va h.k.).
SHu bilan bir vaqtda hozirgi zamon fanida metodlarni bir fandan boshqa fanga ko‘chirish ulkan ahamiyatga egadir (masalan, fizik metodlardan kimyoda (spektroskopik metod), biologiya va tibbiyotda (rentgenoskopiya metodlari), tarixda (radioaktiv tahlil metodi) foydalanish, matematik metodlarni tabiatshunoslikda va ijtimoiy fanlarda qo‘llash).
Maxsus metodlar bilan bir qatorda ko‘pgina yoki hatto barcha fanlarda qo‘llaniladigan umumiy metodlar ham bor. Ular umumilmiy metodlar deb ataladi. Ularga oqilona fikrlashning barcha metodlari – tahlil, sintez, mavhumlashtirish, umumlashtirish, induksiya, deduksiya va boshqalar, shuningdek kuzatish, eksperiment, modellashtirish, ideallashtirish kabi metodlar kiradi.
Muammolar kabi, metodlarni ham haqiqiylik yoki soxtalik nuqtai nazaridan baholash mumkin emas. Metod yaxshi yoki yomon bo‘lishi, muayyan muammoni echish imkoniyatini berishi yoki bermasligi mumkin, lekin barcha hollarda u haqiqiy ham, soxta ham emas. Ba’zan biron-bir metodni «haqiqiy» deb nomlashlari mumkin, lekin bu faqat mazkur metod haqiqatning tagiga etishni ta’minlashini, ya’ni muayyan muammoni echishning «yaxshi», samarali vositasi hisoblanishini anglatadi. Xuddi shuningdek, biron-bir metodga nisbatan ishlatilgan «soxtalik» tushunchasi ham faqat metod mazkur muammoni echishga yaroqli emasligi, ya’ni «yomon», samarasiz ekanligini anglatishi mumkin.
Ilmiy dalillar nazariyaga nisbatan ham ikki xil vazifani bajaradi: mavjud nazariyaga nisbatan ilmiy dalil yo uni mustahkamlaydi (verifikasiya qiladi), yo u bilan to‘qnashadi va uning asossizligini ko‘rsatadi (falsifikasiya qiladi). Biroq, boshqa tomondan, nazariya empirik tadqiqot darajasida olingan ilmiy dalillar yig‘indisini shunchaki umumlashtirishgina emas. Uning o‘zi yangi ilmiy dalillar olish manbaiga aylanadi. SHunday qilib, empirik va nazariy bilim yaxlit hodisa – ilmiy bilim ikki tomonining birligi hisoblanadi. Bu tomonlarning muayyan ilmiy bilish jarayonidagi o‘zaro aloqasi va harakati, ularning o‘zaro nisbati nazariy bilimga xos bo‘lgan shakllarning izchil qatori yuzaga kelishini belgilab beradi. Nazariy bilimning asosiy shakllari: ilmiy muammo, gipoteza, nazariya, tamoyillar, qonunlar, kategoriyalar, paradigmalardir.