II. Asosiy qism Uyg`r alifbosini yozuvda qo`llanilishi. Uyg`ur alifboida harflar soni ko`p emas – jami 18 ta.Harflar o`z tartibiga ega bo`lib, M.Qoshg`ariy tomonidan ko`rsatilgan alifbo quyidagi tartibdadir, a, w, x, в, з, k, й, к, дз, м, н, с, б, ч, р, ш, т, л.mazkur tovushlarga “a” qo`shish bilan ularning nomi kelib chiqadi(а, wa, xa…) .
Yodlashni qulaylashtirish maqsadida ularni uchta-uchtadan birlashtirib, harf birikmasi shaklida o`qilgan. Awaxa, вазака, йак, дза, манаса, бачара, шатала.
Alifbodagi harflar ozligining sababi, bir necha belgi bir necha tovushni ifoda eta olgan. Turli orfografik usul va qo`shimcha grafik shakllar vositasida tilning murakkab tovush qurilishini aks ettirishning imkoniyatlari bor edi.Shu kabi omillar natijasida uyg`ur xatidan turkey xalqlar hech bir qiyinchiliksiz foydalana olganlar. Unli harflarni ifodalashda bor yo`g`I alifbodagi uchta harfdan foydalanishgan. Lekin ularga grafik shakllar orttirish natijasida old va orqa qator unlilar farq qilingan, a, a~ э, ъ-и, у-о, v-o .
Odatda urxun enesiy va arab yozuvlarida unlilar yozuvda doimo ifoda etilavermagan. Uyg`ur xatida esa unlilar har doim ifoda etilgan.Yozuvning bu kabi xususiyatlari uning turkiy singarmonizm (unlilar uyg`unligi) qonuniga bo`ysunganligidan dalolat beradi.
Uyg`ur harfining afzalliklaridan yana biri unda cho`ziq unli harflarni ikkilantirish natijasida ifoda etilgan,
Undoshlar sistemasidagi murakkablik shundaki, qator harflar bir necha tovushni ifoda eta olgan.
5 Uyg`ur yozuvi uzoq tarixiy taraqqiyot davrini bosib o`tdi, tabiiyki uning zamoni va o`rniga bog`liq holda bir biridan farqlanuvchi shakllari ham bo`lgan . Turfondan topilgan yodgorliklarning yozuvi sug`d yozuvining kursiv shakliga yaqin. XIV-XV asrlarda O`rta Osiyoda qo`llanilgan yozuv shakli esa oldingilaridan farq qiladi. Ularda yozuvning o`ziga xos yangi uslubi aks etgan. Deakritik belgilarning kengroq qo`llanilishi, o`zlashgan so`zlarga xos grafik vositalarning aks etishi bilan mazkur yodgorliklar xati qadimgi turk davri yodgorliklari yozuvidan ajralib turadi. Uyg`ur xatidagi matnlar ikki xil tartibda o`ngdan chapga yoki tepadan pastga qarab yozilgan.