Mikroorganizmlar tuproqlarning organik va mineral tuzilishini tubdan o’zgartirib yuborishiga qodir organizmlardir. Ular Yer ekotizimlari va biosferaning turg’unligini ta’minlashda muhim rol o’ynaydi.
Tuproqda mikroorganizmlarning bir qancha turlari uchraydi. Ularga: Bakteriyalar, lentasimon zamburug’lar (aktinomitsetlar), zamburug’lar, suv o’tlari va tuproq sodda hayvonlari kiradi.
Bakteriyalar – tuproqda eng ko’p tarqalgan mikroorganizmlar hisoblanadi. Bir gram tuproqda millyardlarcha bakteriya borligi aniqlangan. 1 ga haydaladigan yer qatlamida yashaydigan tirik bakteriyalarining og’irlik miqdori o’rta hisobda 4-5 tonnaga boradi.
Tuproqda yashaydigan bakteriyalar oziqlanishiga ko’ra prototrof (avtotrof) va metetrof (geterotrof) gruppalarga bo’linadi.
Prototrof(avtotrof) bakteriyalar karbonat angidrid gazidagi uglerod bilan oziqlanadi. Metetrof (geterotrof) bakteriyalar organik birikmalardagi uglerod bilan oziqlanadi. Bu bakteriyalar tabiatda juda ko’p tarqalgan bo’lib, ularning ba’zilari ayrim organik birikmalarnigina oziq va o’zi uchun energiya manbayi qilib oladi va shulardan foydalanadi.Bu bakteriyalar hayoti uchun ba’zi organik birikmalar yaroqsiz, hatto zaharli ham hisoblanadi.
Mikroorganizmlarning hayot faoliyati natijasida tuproq organik moddalarning o’zgarishi va yangi mineral birikmalarining vujudga kelishi kabi biokimyoviy jarayonlar bo’lib turadi. Umuman mikroorganizmlarning tuproq hosil bo’lishida o’rni beqiyos. Ular o’simlik qoldiqlarining chirish, bijg’ish jarayonlarida qatnashib, tuproqda organik – mineral hosilani vujudga keltiradi, chirindi (gumus)ni yaratilishi bevosita ishtirok etadi. Tuproqning azot muvozanatida ham mikroorganizmlar muhim ahamiyatga ega (atmosferadagi azotni o’zlashtirish). Ayrim mikroorganizmlar o’zlashtirgan erkin molekulyar azotni murakkab moddalarga aylantiradi va tuproqda azotli moddalarning ko’payishiga sabab bo’ladi. Mikroorganizmlarning to’g jinslarini yemirishdagi va yangi tuproq minerallarni hosil qilishdagi ishtiroki ham muhim.
Tuproqdagi mikroorganizmlar son jihatdan juda ko’pchilikni tashkil etadi. 1 g tuproqda bakteriyalar soni 1 dan 10 mlrd. gacha, ba’zan bir necha milliyard bo’lishi aniqlangan, ayrim zamburug’larning tolasi 100 va 1000 metrga yetadi.
Mikroorganizmlarning asosiy qismi tuproqning yuqorigi gumusli qatlamida mujassamlashgan bo’lib, pastga tushgan sari kamayadi. Biroq, shunday mikroblar (sporali) borki, salmog’i aksincha, pastgi mineral qatlamda to’planadi. Organik uglerodning nisbatan ancha qismi ham mikroblar biomassasida to’plangan. Shu tufayli tuproq katta miqdordagi ,,Tirik” uglerod zahirasiga ega.
Turli guruhga mansub mikroorganizmlar tuproq sharoitiga turlicha moslashadi. Tashqi muhitning o’zgarishi, mavsumiy o’zgarishlar bir xildagi tuproqlarda ham mikroorganizmlarning soni, biomassasiva tarkibini o’zgarishiga olib keladi, ya’ni nuproqqa mikrob turlarining uzluksiz almashinuvi (suksessiya) ro’y beradi.
Akademik YE.N.Mishustin mikrob turlarini geografik yondashuv asosida o’rganishi natijasida geografik zonallik qonuniyati mikroorganizmlarga ham talluqli ekanligiga iqror bo’ladi. U mikroorganizmlar, ya’ni sporali aerob bakteriya-batsill a tundradan chala-cho’llarga tomon tuproq zonalari bo’yicha son jihatdan o’zgarishini isbotladi. Demak, geografik zonallik qonuniyati bo’yicha tahlilga ko’ra ayrim ko’ra ayrim mikroorganizmlarma’lum tabiat zonasi tuproqlarida yashashga moslashgan holda boshqa tabiat zonasi tuproqlarida uchramasligi mumkin. Ayrim turlar bundan mustasnotarzda bo’lishi, ya’ni ba’zi turlar qo’ng’ir – o’rmon tuproqlarda, unuing boshqa xili qora, kashtan tuproqlar mintaqasida yashashga moslashgan bo’ladi.
Mikroorganizmlar – muhitdagi turli o’zgarishlarga keskin reaksiyalanuvchi, juda sezuvchi indikaturlardir. Ular yana shuningdek, tuproqning zararli moddalar (og’ir metallar, neft mahsulotlari va b.) bilan ifloslanishida ham indikatorlik qilishga moyildirlar.