Evolyutsiya nazariyasining asosiy prinsiplari Evolyutsion nazariyani tahlil qilish ikkita prinsipga asoslanadi. Ulardan biri tarixiy prinsipbo’lib, bu prinsipga muvofiq o’tgan davrlarda organik olamda sodir bo’lgan voqea-hodisalarnio’rganish asosida hozirgi tirik organizmlarning tuzilishi, kelib chiqishi aniqlanadi. Ikkinchi prinsipaktualizm hisoblanadi, mazkur prinsipga ko’ra, hozirgi tirik organizmlarning turli darajadagi tuzilishiniva funksiyasini o’rganish asosida qadimgi davrlarda organik olamning rivojlanishida ro’y bergan hodisalar haqida mulohaza yuritiladi.
Evolyutsiya jarayonini o’rganish usullari Evolyutsiyani tarixiy prinsipga asoslanib tadqiq qilish taqqoslash va genetik usullardan kengfoydalanishni taqozo etadi. Odatda, biologiyaning ko’p sohalarida taqqoslash usulidan kengfoydalaniladi. Chunonchi, anatomiya yordamida organizmlar tuzilishidagi o’xshashlik va farqqa qarab,ular o’rtasidagi qon-qarindoshlik aniqlanadi. Xuddi shunga o’xshash, taqqoslash usuli embriologiyada ham qo’llaniladi va turli organizmlar guruhlarida ontogenetik rivojlanishning dastlabki davrlaridagio’xshashlik va farqqa asoslanib, tekshirilayotgan organizmlar dastlab bir yoki har xil tarmoqdantarqalganligi to’g’risida xulosa chiqariladi. Taqqoslash usuli molekulyar biologiyada ham kengqo’llanilmoqda. Xususan, bir qancha organizmlar turlarini, oqsil va nuklein kislotalar molekulala- rinitaqqoslab, ular filogenetik jihatdan bir-biriga qanchalik yaqinligi aniqlanmoqda.
Makroevolyutsiyani tadqiq qilishda paleontologiya, morfologiya, biogeografiya usullaridan hamkeng foydalaniladi. Lekin shuni qayd etish kerakki, taqqoslash usuli organik olam evolyutsiyasinibilishda katta ahamiyatga ega bo’lsa ham, biroq uning yordamida u yoki bu xil organizmlarning kelibchiqish sabablarini aniqlab bo’lmaydi. Bu muammo faqat genetik usul bilan aniqlanadi. Genetik vapopulyatsion-statistik usullar mikroevolyutsiya jarayonlarini aniqlashda ayniqsa katta ahamiyatga egaekanligi keyingi vaqtda tobora ayon bo’lmoqda.
