Plumbaginaceae from saudi arabia using its sequences of nuclear ribosomal dna

Taxonomy 

GenBank accession number 

Ingroup  

Limonium dufourii  

AJ222840  

Limonium camposanum  

AJ222841  

Limonium gymnesicum  

AJ222842 

Limonium interjectum  

AJ222843  

Limonium girardianum  

AJ222845  

Limonium delicatulum  

AJ222846  

Limonium furfuraceum  

AJ222856 

Limonium dichotomum  

AJ222858 

Limonium echioides  

AJ222861  

Limonium narbonense  

AJ222838 

Limonium vulgare  

AJ222839 

Limonium tenuicaule  

AJ222857 

Limonium minutum  

AJ132332  

Limonium cavanillesii  

AJ222852  

Limonium angustebracteatum  

AJ222853 

Limonium virgatum  

AJ222855  

Limonium caesium  

AJ222859  

Limonium rigualii  

AJ222854  

Limonium aureum  

JN187115 

Outgroup 

Plumbago auriculata 

JF831220 

Taxon  

 

Classification   

Limonium dufourii 

Sect. Limonium,  

Subsections Densiflorae 

Limonium camposanum  

Sect. Limonium,  

Subsections Densiflorae 

Limonium gymnesicum  

Sect. Limonium, 

Subsections Densiflorae 

Limonium interjectum  

Sect. Limonium,  

Subsections Densiflorae 

Limonium girardianum  

Sect. Limonium,  

Subsections Densiflorae 

Limonium furfuraceum 

Sect. Limonium,  

Subsections Steirocladae 

Limonium virgatum  

Sect. Limonium,  

Subsections Steirocladae 

Limonium tenuicaule  

Sect. Limonium, 

Subsections Steirocladae 

Limonium minutum  

Sect. Limonium,  

Subsections Steirocladae 

Limonium dichotomum  

Sect. Limonium,  

Subsections Hyalolepidae 

Limonium narbonense  

Sect. Limonium,  

Subsections Limonium 

Limonium vulgare  

Sect. Limonium, 

Subsections Limonium 

Limonium cavanillesii  

Sect. Limonium,  

Subsections Dissitiflorae 

Limonium angustebracteatum 

Sect. Limonium,  

Subsections Dissitiflorae  

Limonium rigualii  

Sect. Limonium,  

Subsections Dissitiflorae 

Limonium delicatulum  

Sect. Limonium,  

Subsections Dissitiflorae 

Limonium caesium  

Sect. Polyarthrion 

 

Limonium echioides  

Sect. Schizhymenium 

 

---

|| Bioinfo Publications || 

 

117 

 

nrDNA ITS2 Secondary Structure Prediction 

Secondary  structure  of  nrDNA  ITS2  region  for  each  species  se-

quenced in the present study was explored using the minimum free 

energy (MFE) program MFOLD (45) in GCG version 8.1 available at 

http://rna.tbi.univie.ac.at/. 

Results 

Sequence Characteristics 

The combined length of the entire ITS region (ITS1, 5.8S and ITS2) 

from  taxa  sequenced  in  the  present  study  ranged  from  599-618 

nucleotides  (electrophenogram  of  one  of  he  representative  an-

nexed). The length of the ITS1 region and GC contents ranged from 

201-203 nucleotides and 45-50% respectively, the 5.8S gene was 

161-163 nucleotides long, the length of the ITS2 region and the GC 

content ranged from 233-253 nucleotides and 48-51% respectively 

[Table-6]. The aligned data matrix has a total number of 670 char-

acters (alignment annexed) of which 256 characters are constant, 

255 characters were variable but parsimony-uninformative and 159 

characters  werre  parsimony-informative.  Insertions  and  deletions 

(indels) were necessary to align the sequences. Indels ranged from 

1 to 52 bp. 

International Journal of Molecular Biology 

ISSN: 0976-0482 & E-ISSN: 0976-0490, Volume 6, Issue 1, 2015 

Phylogenetic Relationship Studies on the Genus Limonium Mill. Plumbaginaceae from Saudi Arabia Using its Sequences of Nuclear Ribosomal 

DNA