Plumbaginaceae from saudi arabia using its sequences of nuclear ribosomal dna

Phylogenetic Analyses 

The nexus format of the aligned data matrix was imported to phylo-

genetic  analysis  software  PAUP,  and  executed  for  the  sequence 

data analyses. Strict consensus tree and bootstrap strict consensus 

tree  [Fig-4],  [Fig-5]  resulted  on  completion  of  the  analyses  were 

saved  for  presentation.  In  addition  with  parsimony  analyses,  NJ 

analysis  were  also  performed  using  PAUP  to  infer  NJ  tree  [Fig-5] 

based on branch length. 

The parsimony analysis (using  PAUP) of the entire ITS region re-

sulted  in  1280  maximally  parsimonious  trees  (MPTs)  with  a  total 

length  of  480  steps,  a  consistency  index  (CI)  of  0.754  (0.730  CI 

excluding  uninformative  characters),  a  homoplasy  index  (HI)  of 

0.456 (0.432 HI excluding uninformative characters), rescaled con-

sistency  index  (RC)  of  0.579  and  a  retention  index  (RI)  of  0.767. 

One of the MPTs has been shown in [Fig-5] in which number above 

the lines indicate the bootstrap support in 100 replicates. 

A perusal of all trees (Strict Consensus Tree, Bootstrap Strict Con-

sensus  Tree,  and  NJ  tree)  clearly  indicates  that  Limonium  carno-

sum  included  in  this  study  from  geographic  region  Saudi  Arabia 

phylogenetically  very  closely  related  with  Limonium  narbonense 

and Limonium vulgare. It is also clearly evident that Limonium cylin-

drifolium and Limonium axillare  does not nested deeply  within the 

phylogenetic tree, rather were found at the base of the phylogenetic 

tree  and  L.  lobatum  occupies  most  basal  position  in  phylogenetic 

tree.  Limonium  cylindrifolium  and  Limonium  axillare  shows  sister 

relationships; In ITS sequences both these two species differs in 5 

base pairs in ITS2 region. Therefore, ITS2 secondary structure for 

these two species, and additionally all taxon included in the analysis 

were  predicted  to  bring  molecular  morphological  signature  of  the 

Limonium distributed in Saudi Arabia. 

Average  Evolutionary  Divergence  over  all  Sequence  Pairs  was 

estimated. The number of base substitutions per site from averag-

ing over all sequence pairs was 0.129. The result was based on the 

pairwise analysis of 24 sequences included in the analyses. Anal-

yses  were  conducted  using  the  Maximum  Composite  Likelihood 

method  in  MEGA4  [46].  Maximum  Composite  Likelihood  Estimate 

of  the  Pattern  of  Nucleotide  Substitution  [Table-7]  was  performed 

using MEGA4 [46]. 

Table 7- Maximum Composite Likelihood Estimate of the Pattern of 

Nucleotide Substitution 

Each  entry  shows  the  probability  of  substitution  from  one  base  (row)  to 

another base (column) instantaneously.