Daha önce de belirtildiği gibi en korkulan komplikasyon kanamadır.
Kanama ya damara giriş yerinden ya da spontan bir şekilde gastrointestinal sistem, retroperitoneal veya inrakraniyal bölgeden kaynaklanabilir.
Bu nedenle trombolitik tedavi yapılması olası hastalarda özellikle damar ponksiyonu ve kateterizasyon gerektiren pulmoner anjiyografi yerine sintigrafik incelemeler (Ventilasyon / Perfüzyon) tercih edilmelidir.